Несмотря на то, что B.C. Панкратов относился к числу так называемых «протестантов», тюремные власти все же сочли возможным ходатайствовать о его досрочном освобождении. Ходатайство удовлетворили, и в 1898 г. B.C. Панкратов вышел на свободу, проведя в Шлиссельбургском тюремном замке долгих 14 лет своей жизни. Оставшийся срок своего наказания B.C. Панкратов должен был отбывать в ссылке, местом которой ему был назначен далекий Вилюйск, в котором он был доставлен под конвоем в феврале 1899 г.
Якутская ссылка и оторванность от России не только не сломила воли B.C. Панкратова, но и заставила с еще большей энергией продолжать свою революционную деятельность. Именно там он знакомится со многими ссыльными революционерами и их семьями, дружба с которыми свяжет его на многие годы. В числе новых друзей, появившихся у B.C. Панкратова за годы ссылки, был В.А. Никольский, с семьей которого его связывали наиболее близкие отношения. Будучи в Якутии, B.C. Панкратов принимает самое деятельное участие в организации различной помощи ссыльным, а также способствует побегу некоторых из них.
Отбыв срок наказания, B.C. Панкратов в 1904 г. возвращается в Москву, где почти сразу же оказывается в самой гуще событий 1905 г. В кипящей страстями Москве он довольно быстро находит общий язык с самыми разными представителями новых политических партий и всевозможных политических организаций. Разобравшись в политической обстановке, B.C. Панкратов активно включается в революционную борьбу и в декабре 1905 г. участвует в Московском вооруженном восстании. После разгрома восставших B.C. Панкратов вновь переходит на нелегальное положение и помогает спасаться от расправы ушедшим в подполье товарищам. Прекрасно понимая, что его «декабрьские деяния» не составляют секрета для полиции, он решает уехать в глубь России, чтобы лишний раз не испытывать судьбу. С этой целью B.C. Панкратов уезжает в Сибирь с первой, подвернувшейся под руку научной экспедицией, место в которой ему обеспечили полученные в тюрьме знания по геологии и опыт человека, хорошо знавшего Якутию.
Годы реакции B.C. Панкратов проводит в научных экспедициях по Сибири и Забайкалью, однако в 1907 г. все же арестовывается и вновь водворяется к месту своей прежней ссылки. Оказавшись в Якутии, он продолжает активно участвовать в научной работе геологоразведывательных экспедиций, вместе с которыми он исследует Алдано-Нельканский тракт и Вилюйскую низменность. Уйдя с головой в научные изыскания, B.C. Панкратов к концу своей ссылки практически начисто отходит от какой-либо революционной работы, найдя себя в труде ученого-геолога.
В 1912 г. B.C. Панкратов возвращается в Санкт-Петербург, где продолжает заниматься научной деятельностью, благодаря самым лестным рекомендациям работавших с ним ученых. Благодаря таковым, B.C. Панкратов, даже находясь под гласным надзором полиции, несколько раз выезжает за границу, где продолжает совершенствовать свои знания в области геологии.
Однако события Февраля 1917 г. нарушили привычный уклад жизни B.C. Панкратова. Поддавшись революционной стихии, он вновь был вовлечен в политическую деятельность, избрав для себя путь социал-революционера. В первые дни Февральской смуты он выдвигается на пост Председателя Совета Василеостровской Народной Милиции, однако уже в июне 1917 г. переходит на работу в штаб Петроградского Военного Округа.
Верный традициям «Народной Воли», B.C. Панкратов вновь посвящает себя служению народу, избрав сферой своей деятельности культурно-просветительную работу среди солдат Петроградского гарнизона. Подобрав необходимый штат из опытных педагогов и старых народовольцев, он день и ночь разъезжал по различным воинским частям, донося до солдатских масс идеалы «Народной Воли», искренне считая, что только «. такой работой можно поднимать развитие солдат». В июле 1917 г. B.C. Панкратов попадаетв Дополнительный списокчленов Учредительного собрания, выдвинутых партией социал-революционеров по Якутскому Избирательному Округу.
По возвращении в Петроград В.А. Вершинина и П.М. Макарова перед Временным Правительством наиболее остро встает вопрос о командировании своего представителя в Тобольск в качестве «Комиссара по охране бывшего царя». С подобным предложением выступали также и местные власти в лице Тобольского губернского комиссара В.Н. Пигнатти, который в одном из своих писем к А.Ф. Керенскому писал: «Я считаю необходимым дачу Временным правительством кому-либо в городе Тобольске особых полномочий, или командирование в Тобольск особого лица с полномочиями, для постоянного жительства. Противное положение может поставить и невозможность исполнять Ваши приказы. Для переписки по делам бывшей Царской семьи необходимо, чтобы лицо, уполномоченное, имело особый шифр» (ГАРФ. Ф. 1778, оп. 1, д. 259, л. 2).
В создавшейся ситуации подобным лицом мог быть человек не только исключительной надежности, но и хорошо знакомый с местными условиями жизни. Исходя из этих соображений лучшего кандидата, чем B.C. Панкратов, нельзя было и пожелать, поэтому именно к нему (по рекомендации ЦК партии социал-революционеров) Временное Правительство обратилось с подобной просьбой.
Не желая бросать начатое дело, B.C. Панкратов поначалу отказывался, но при повторном давлении со стороны начальника Петроградского Военного Округа О.П. Васильковского и его помощника А.И. Кузьмина был вынужден пообещать подумать над их предложением. Помимо них, на поездке B.C. Панкратова настаивал и почетный член партии эсеров - Е.К. Брешко-Брешковская (Вериго), хорошо знавшая его по Якутской ссылке. Напутствуя его при личной встрече, она сказала: «Тебе необходимо ехать, - говорила она, - кому же больше? Ты сам много испытал и сумеешь выполнить задачу с достоинством и благородно. Это - обязанность перед всей страной, перед Учредительным собранием» (Панкратов B.C. С царем в Тобольске. Л., 1925. С. 12).
Через несколько дней после встречи с Е.К. Брешко-Брешковской B.C. Панкратов был дважды принят А.Ф. Керенским, в разговорах с которым обсуждал вопросы, связанные со своим предстоящим назначением, над которым также обещал подумать. Свое окончательное согласие на эту поездку B.C. Панкратов дал только после Московского совещания партии социал-революционеров, результатом чего явилась еще одна встреча с А.Ф.Керенским, происходившая 21 августа / 3 сентября 1917 г. Помимо упомянутых свиданий, B.C. Панкратов в этот же день имел встречу с возвратившимся из Тобольска П.М. Макаровым, который поделился с ним своими наблюдениями. После разговора с П.М. Макаровым B.C. Панкратов получил в Секретариате Временного Правительства необходимые документы, один из которых представлял собой удостоверение следующего содержания:
