С декабря 1941 по июль 1943 года Зозуля был начальником штаба Беломорской военной флотилии, которая обеспечивала оборону коммуникаций в Белом, Баренцевом и Карском морях. Штаб обеспечивал беспрепятственное движение советских и союзных транспортных судов. В аттестации на моряка было сказано: «По назначении в Беломорскую военную флотилию быстро изучил театр, людей и уверенно стал руководить работой по своей должности… Завоевал авторитет как среди командиров соединений и начальников отделов, так и командиров штаба. Организовал управление на обширном Беломорском театре и умело обеспечивал и организовывал боевые действия. Кампания 1942 года прошла в условиях интенсивного выполнения задач, укрепления и оборудования Беломорского театра».
В наградном листе было отмечено: «Никогда, даже в трудных условиях обстановки, не терял выдержки и хладнокровия… неоднократно проявлял личное мужество в борьбе с фашистами» [940] .
Эти строки из наградного листа подтверждают факты. В сентябре 1942 года Северный флот встречал конвой PQ-18. Выдержав атаки неприятельской авиации, 19 сентября в штормовую погоду транспорты встали у острова Мудьюгский в ожидании лоцманов. На следующий день шторм не прекратился, а германская авиация вела атаки на суда конвоя. Следовало спешно ввести суда в Архангельский порт. Командующий Беломорской военной флотилией Г.А. Степанов приказал командиру тральщика Т-907 во что бы то ни стало доставить на транспорты лоцманов. Для руководства действиями командира на тральщике шел начальник штаба флотилии капитан 1-го ранга Зозуля. Задача была выполнена, несмотря на 8–9-балльный шторм и темноту [941] . С тральщика высадили лоцманов на 12 судов.
С Севера моряка перевели в Москву. В июле 1943 – сентябре 1944 года капитан 1-го ранга служил заместителем начальника Оперативного управления Главного морского штаба ВМФ. 21 июля 1944 года его произвели в контр-адмиралы. С сентября 1944 года Зозуля – командующий Каспийской военной флотилией и оставался в этой должности до начала 1946 года [942] .
К этому времени война ушла далеко на запад. Теперь Каспийская флотилия, кроме обеспечения судоходства, служила резервом и кузницей кадров. Каспийцы воевали на многих фронтах, флотах и флотилиях. Многие из них были награждены орденами и медалями. А флотилию 25 апреля 1945 года Президиум Верховного Совета СССР наградил за боевые заслуги и в связи с 25-летним юбилеем орденом Красного Знамени [943] .
В январе-феврале 1946 года Зозуля – начальник штаба Краснознаменного Балтийского флота, далее до февраля 1947 года – начальник штаба Северо-Балтийского флота. В феврале-июле 1947 года контр-адмирал был начальником Оперативного управления Главного штаба ВМС. С июля 1947 по февраль 1950 года моряк являлся командующим 8-м ВМФ. 11 мая 1949 года его произвели в вице-адмиралы. В феврале 1950 – сентябре 1953 года Зозуля – начальник Военно-морской академии кораблестроения и вооружения имени А.Н. Крылова [944] .
Зозуля являлся одним из тех, кто мог стать главкомом ВМФ. Г.Г. Костев писал о Зозуле того периода: «К этому времени ему исполнилось 46 лет. Казалось бы, для флотоводца это возраст полного расцвета сил, но, к сожалению, напряжение всех физических и моральных сил в годы войны сказалось на здоровье Федора Владимировича. Появились признаки сердечно-сосудистого заболевания. К своей болезни он всегда относился с юмором. «Лечусь порохом», – говорил он, проглатывая очередную порцию нитроглицерина. «Подождите немного, сейчас в голове будет щелчок, разомкнутся контакты, и будем работать дальше», – вспоминал о частом высказывании Ф.В. Зозули в моменты обострения болезни Б.М. Хомич» [945] .
С сентября 1953 по февраль 1958 года моряк был заместителем начальника Генерального штаба Министерства Вооруженных сил. Его произвели в адмиралы 8 августа 1955 года. С февраля 1958 года Зозуля – первый заместитель главкома – начальник Главного штаба, с декабря 1960 года – начальник Главного штаба – первый заместитель главнокомандующего ВМФ [946] .
На посту начальника Главного штаба ВМФ Зозуля сменил адмирала В.А. Фокина, который в руководстве применял резкий командирский стиль [947] . Вступая на пост начальника Главного штаба ВМФ, Зозуля изложил свои требования к штабным работникам:
«1. В работе я никого не должен подталкивать, а меня должны подталкивать все. Начальники, которых надо подталкивать, мне не нужны, и, если такие окажутся, им будет об этом прямо сказано.
2. От себя в мой адрес, как правило, письменных докладов делать не следует. Мне докладываются на подпись ответы на запросы в мой адрес или проекты моих докладов в вышестоящие инстанции, а в ряде особых случаев – доклады за подписью главкома в эти инстанции или его ответы заявителям запросов, ходатайств и жалоб. В отдельных случаях проекты таких документов с моего ведома могут быть переданы в секретариат главкома для доклада ему без вашего присутствия.
3. Документы, идущие в вышестоящие организации, подписываю я или главком.
4. Тот, кто докладывает какой-либо разработанный им документ на подпись или утверждение, должен уметь доказать необходимость или целесообразность его подписи или утверждения в том виде и в той редакции, в каких он докладывается. Расчет на то, что недоработка может быть замечена и исправлена мною или главкомом, должен быть полностью исключен.
5. Если я документ утвердил или подписал, никаких его поправок или исправлений не должно быть.
6. Для показа загруженности в работе появляться в моем кабинете часто не следует. В целях экономии служебного времени при докладе простых и ясных вопросов, суть которых излагается в документах, требующих моего утверждения или подписи, присутствие докладчиков не обязательно.
7. Любой утвержденный план работ должен быть выполнен своевременно и обязательно. При этом в нем необходимо учитывать время, требуемое для рассмотрения плановых документов у тех лиц, коим они докладываются. О каких-либо срывах плана меня необходимо предупреждать заблаговременно.
8. За советами по работе в трудных случаях, например для уточнения предварительных решений командования или для уяснения генеральной линии по тому или иному вопросу, разрешаю обращаться по мере необходимости, однако в таких случаях я должен видеть старание подчиненного понять проблему.
9. Между органами штаба должна быть полная согласованность в работе, особенно когда нужна своевременная взаимоинформация. Пренебрежение соседями по работе, склоку, наушничество считаю тягчайшим нарушением порядка службы. Все споры личного порядка лучше решать у меня, но еще лучше, если их не будет вовсе.
10. Обнаружив ошибку или провал в работе, в первую очередь следует без паники думать, как исправить их. Доложить о случившемся с предложением мероприятий, как устранить последствия. С моего согласия немедленно приступать к реализации принятого предложения.