Начальник штаба основал тыловой штабной пост флагманского командного пункта, который организовал учет материальных ресурсов и подачу всего необходимого на корабли и на суда конвоев, как только те прибывали в порт. А.Г. Головко писал о Кучерове: «Энергичный и настойчивый, Кучеров был хорошим начальником штаба. Предпочитал докладывать на усмотрение старшего начальника, но в работе был неутомим. Он мог не спать несколько суток подряд, если того требовала обстановка. Был исключительно дисциплинирован: если даже отвергалось его предложение и принималось решение старшего начальника, он выполнял это решение как свое собственное. В любом положении он не унывал, обладал чувством юмора… К войне он относился со всей серьезностью. Примерно через два месяца он как-то заявил мне, что война будет длительной. Штабные офицеры побаивались Кучерова. Он был высокотребователен, не давал спуска за любое упущение. Думаю, он как начальник штаба флота был на месте…» [960]
Начальник политотдела Северного флота H.A. Торик вспоминал о Кучерове как о человеке принципиальном, непримиримо относившемся к недостаткам по службе и в быту. Моряк правильно воспринимал критику в свой адрес. Он помогал политорганам по воспитанию политических и командных качеств офицеров [961] .
Видимо, благодаря хорошему мнению о нем Кучеров получил самостоятельное назначение командующим Беломорской военной флотилией. В 1943 году германские подводные лодки появились в Баренцевом и Белом морях, затем проникли в Карское море. Они ставили минные заграждения на пути арктических конвоев, наносили торпедные удары [962] . Требовался человек, способный со сравнительно небольшими силами обеспечить безопасность мореплавания по Северному морскому пути. Кучерова назначили командующим Беломорской военной флотилией в феврале 1943 года; 31 марта 1944 года его произвели в вице-адмиралы [963] .
Важнейшей задачей флотилии являлось обеспечение переходов конвоев по внутренним и внешним коммуникациям. Весной 1943 года оперативная зона Северного флота была распространена на все Карское море и часть моря Лаптевых; последние два моря оказались в сфере деятельности Беломорской флотилии. Сразу же были приняты меры по укреплению береговой обороны, установке батарей и наблюдательных постов, воздушной разведке. Благодаря усилению авиации конвои прикрывали с воздуха, а использование современной техники позволило применить для поиска подводных лодок гидролокаторы. Благодаря принятым мерам Северный флот не имел потерь от мин с лета 1943 года. По мере прибытия пополнения число кораблей охранения росло; от частичного конвоирования конвоев в 1944 году перешли к сквозному конвоированию или по этапам, организовывали круговое конвоирование, иногда даже в две линии. При переходе особо ценных конвоев организовывали целые операции [964] .
Проводкой наиболее важных конвоев руководил сам командующий флотилией. В частности, 23 мая 1943 года он получил приказ обеспечить в июне переход группы ледоколов из Северодвинска в Карское море при поддержке кораблей и авиации Северного флота. Кучеров решил заранее обеспечить траление, поиск мин и подлодок противника на маршруте. Ледоколы были распределены в два конвоя, БА-4 и БА-7, каждый из которых предстояло конвоировать всем составом эскортных сил. Организовав разведку и обеспечение всего маршрута, Кучеров сам возглавил конвой БА-4, расположившись на эсминце «Урицкий» с походным штабом. Конвой прикрывали от нападения подлодок эскортные корабли и самолеты, маршрут перед ним очищали тральщики. 17 июня конвой вышел и 22 июня благополучно достиг Диксона; вслед за ним 29 июня – 5 июля прошел БА-7 [965] .
Экспедиция под руководством Кучерова продолжалась более полутора месяцев. Несмотря на то что конвоям угрожали немецкие подводные лодки, развернутые в Карском и Баренцевом морях, суда были доставлены без потерь [966] .
Прибытие ледоколов позволило обеспечить постоянные перевозки по Северному морскому пути. Однако активность подводных лодок и гибель нескольких кораблей и судов от мин и торпед заставили принять решение оставить суда на зимовку в Карском море.
В начале октября 1943 года решением ГКО на Кучерова была возложена задача провести из бухты Тикси стоявшие там ледокол «Иосиф Сталин» и ледорез «Федор Литке», которые были необходимы в Белом море. Контр-адмирал лично возглавил экспедицию, которая продолжалась более полутора месяцев. Штаб разработал план перехода, была проведена тщательная разведка и приняты меры против нападения германских подводных лодок, находившихся в Карском и Белом морях. Благодаря хорошей организации ледоколы, составившие конвой АБ-55, были доставлены к цели благополучно, несмотря на атаки неприятельских подлодок [967] .
В боевой деятельности важнейшей задачей флотилии являлось конвоирование транспортов. Командующий флотилией несколько раз лично возглавлял конвой. В кампанию 1943 года Беломорская флотилия обеспечила переход 280 конвоев, в зимнее время без потерь провела 8 союзных конвоев из 58 транспортов. К навигации 1944 года флотилия готовилась тщательно на основе опыта предшествующей кампании. Для обеспечения безопасности коммуникаций в морях Карском и Лаптевых была создана Карская военно-морская база, в организации которой принимал непосредственное участие Кучеров [968] .
В 1944 году благодаря увеличению численности эскортных сил потери от атак германских подводников, несмотря на применение акустических торпед, оказались сравнительно невелики. Только конвой БД-5 лишился в августе 1944 года транспорта и 2 тральщиков эскорта [969] . Но к этому времени С.Г. Кучеров уже получил новое назначение.
С июля 1944 года Кучеров был заместителем начальника Главного штаба ВМФ – начальником оперативного управления, с 21 апреля 1945 по 18 февраля 1946 года – начальником Главного морского штаба ВМФ. Как представитель главного командования ВМФ, моряк принимал участие в проведении морской части Кенигсбергской наступательной операции и был награжден орденом Ушакова I степени. 8 июля 1945 года Кучерова произвели в адмиралы. Моряк руководил разработкой ряда боевых операций флота и мероприятий послевоенного устройства флота. Вместе с наркомом ВМФ Н.Г. Кузнецовым он участвовал в Ялтинской и Потсдамской конференциях, возглавлял рабочую группу офицеров флота (военно-морских советников) [970] .
Во главе Главного морского штаба ВМФ Кучеров пробыл недолго, ибо его заносчивость и высокомерие, нетерпимость к критике и неуважение к младшим по чину были замечены И.В. Сталиным, почему адмирала и заменили А.Г. Головко [971] .
В феврале 1946 – декабре 1948 года С.Г. Кучеров командовал Каспийской флотилией. Под его руководством в июне-июле 1946 года корабли флотилии совершили первое после войны длительное плавание с выполнением сложных учебно-боевых задач и заходами в Красноводск, Шевченко, Гурьев, Астрахань, Махачкалу, Дербент и Ленкорань [972] . Моряки действовали уверенно, несмотря на шторм. В том же году корабли флотилии ходили по Волге в Сталинград, проводили по пути боевую учебу, организовали встречи со сталинградцами и концерты для них [973] .