Кузнецов выступил против смены командования перед штурмом главной базы; он считал, что только командующий флотом способен руководить обороной Севастополя, и послал соответствующую телеграмму в Генеральный штаб. Б.М. Шапошников согласился с ним. 7 ноября завизированный им и Кузнецовым проект директивы был подписан Сталиным и направлен на имя Левченко. В соответствии с директивой Левченко следовало оставаться в Керчи, а руководство обороной Севастополем возлагали на Ф.С. Октябрьского, которому следовало иметь в Туапсе начальника штаба флота. Главной задачей флота стала активная оборона Севастополя и Керченского полуострова, чтобы связать силы неприятеля и не позволить ему переправить войска на Таманский полуостров. Старым крейсерам и эсминцам следовало действовать под Севастополем и в Феодосийском заливе для поддержки сухопутных войск. В помощь армии было разрешено использовать линкор, новые крейсера и Азовскую флотилию. Большую часть авиации следовало перевести на аэродромы Северо-Кавказского военного округа и действовать с них по целям в Крыму. Предстояло эвакуировать из Севастополя и Керчи все лишнее для обороны. Сам нарком ВМФ 7 ноября послал телеграмму Военному совету Черноморского флота с призывом защищать упорно главную базу флота[59].
В своих воспоминаниях Н.Г. Кузнецов особо остановился на боязни командующих различными флотами потерять дорогостоящие корабли. В результате такой боязни противник получал преимущество, активно используя свои силы. Потому Николай Герасимович считал вполне правильным рисковать линкором и крейсерами для обороны Севастополя, тогда важнейшей задачи. Разумеется, следовало использовать их разумно. Крейсер «Червона Украина» погиб от налета германской авиации после того, как несколько дней стоял на одном месте в бухте, тогда как другие корабли, появлявшиеся в Севастополе для обстрела и сразу уходившие в море, не получали заметных повреждений от действия авиации. Кузнецов писал: «…Мне представлялось правильным артиллерийские корабли уводить в последнюю очередь, хотя их и могла уничтожить авиация противника. Впоследствии, когда военные годы остались позади и оборона Севастополя стала историей, а опытом уже было проверено, как в свое время нужна была корабельная артиллерия для защиты побережья Кавказа, приходилось выслушивать по этому поводу критику в свой адрес. Но я и теперь считаю, что действовал правильно»[60].
11 ноября 11-я немецкая армия предприняла решительный штурм Севастополя. Защитники при поддержке с моря успешно выдержали натиск, и 21 ноября штурм прекратился. Противник не смог взять город с ходу и приступил к осаде.
В ходе кампании 1941 года потребовалось широко использовать для взаимодействия с сухопутными войсками флотилии, как те, что существовали до войны, так и заново организованные.
В ноябре 1941 года Кузнецов побывал в Архангельске. Кроме проблемы защиты союзных конвоев на переходе, потребовалось прикрывать грузы в портах Мурманске и Архангельске от германских атак с воздуха. Рано наступавшая зима потребовала срочно приготовить ледоколы. Этим занималась Беломорская военная флотилия, обеспечивавшая перевозки на севере.
Кроме Беломорской, в 1941 году действовало еще несколько военных флотилий. Одной из первых потребовалось восстановить Ладожскую военную флотилию, которую расформировали после заключения мирного договора с Финляндией. Первоначально флотилия взаимодействовала с сухопутными войсками, а с 12 сентября, когда начались перевозки для блокированного Ленинграда по Ладожскому озеру, основной задачей моряков стало поддержание Дороги жизни, как эту трассу, проходившую летом по воде, а зимой – по льду, называли ленинградцы. Только с 12 сентября по 1 декабря по ней перевезли 40 тысяч человек и более 60 тысяч тонн грузов. Уже налаживали ледовую трассу, а суда продолжали пробиваться сквозь замерзающие воды озера. Несмотря на обстрелы артиллерии и атаки авиации, несмотря на потери, моряки Ладожской флотилии выполняли свой долг. Суда флотилии в ноябре перебросили войска, которые позволили восстановить фронт у Волховстроя. Важность трассы оказалась такова, что ее действия проходили под контролем Ставки, а начальник Генерального штаба Б.М. Шапошников в октябре 1941 года передал Кузнецову слова Сталина, что необходимо увеличить перевозки и уменьшить потери[61].
С 7 августа до начала осеннего ледостава действовала Онежская военная флотилия, сформированная для поддержки сухопутных войск. Дунайская флотилия оказалась единственной, которая не только не отступала в первые дни войны, но даже перешла в наступление. После отхода с Дуная флотилия не исчезла, ее ядро послужило основой для Азовской флотилии.
Особенно сложно оказалось воевать морякам Пинской военной флотилии. Она была в 1939 году преобразована из Днепровской, когда границу переместили на запад после присоединения к СССР Западной Украины и Западной Белоруссии. По предложению Наркомата ВМФ речные корабли передвинули ближе к новой границе, а командование флотилии расположили в Пинске. Киев, который являлся прежней базой, считали тыловым городом. Морякам флотилии пришлось принять бой на стыке групп германских армий «Юг» и «Центр». Зачастую из-за ненадежной связи моряки флотилии под командованием Д.Д. Рогачева действовали самостоятельно, поддерживая части Красной армии. Последние бои флотилия вела 15–19 сентября под Киевом, в окружении. 5 октября Н.Г. Кузнецов с горечью подписал приказ о расформировании флотилии. Но ее личный состав продолжил борьбу. Расстреляв снаряды, моряки взорвали корабли, воевали на суше; часть их через линию фронта вернулась на флот[62].
Дальний Восток располагался вдали от линии фронта. Однако Тихоокеанский флот оставался в боевой готовности. Договор о нейтралитете с Японией, подписанный 13 апреля 1941 года, не мог служить гарантией безопасности, как и договор о ненападении с Германией. Только необходимость нанести поражение США и овладеть источниками природных ресурсов в Юго-Восточной Азии сдерживала японцев; на Советский Союз они планировали напасть после успешного завершения войны на Тихом океане. 8 декабря 1941 года Япония объявила о закрытии для мирного судоходства проливов Лаперуза, Сангарского и Корейского, которые она объявила «морскими оборонительными зонами». Японцы топили и захватывали советские суда. Поэтому тихоокеанцам следовало быть начеку. Кузнецову удалось добиться у правительства разрешения поставить минные заграждения; постановки у Владивостока и других военно-морских баз начали только после 12 июля. Минные постановки не привели к политическим осложнениям: Япония готовилась воевать против США. А командованию Тихоокеанского флота было спокойнее укрываться за минно-артиллерийскими позициями.
