Объективные трудности Красной Армии усугубились, по мнению Сталина и Дзержинского, неумелыми действиями местных советских органов власти. Слова «расхлябанность», «небрежность», «отсутствие всякого порядка», «беспримерная растерянность», «бесхозяйственность», «нераспорядительность», «безответственность» постоянно использовались авторами документов для характеристики деятельности советских и партийных властей. Сталин и Дзержинский прилагали подробные перечни имущества, которое оказалось брошенным при «беспорядочном бегстве» из Перми.
Из событий, случившихся в Перми, Сталин и Дзержинский сделали выводы, касавшиеся не только этого участка Восточного фронта. Их рекомендации исходили из необходимости учитывать реалии Гражданской войны.
Поскольку Гражданская война была следствием борьбы классов, то члены комиссии подчеркивали, что «необходимо… строго делить мобилизованных на имущих (ненадежные) и малоимущих (единственно пригодные для красноармейской службы)».
Исходя из того, что дезертирство стало настоящим бедствием противоборствующих армий, комиссия предлагала создать дополнительные трудности для потенциальных дезертиров: «мобилизованных в одном месте отправлять для формирования в другое место, причем отправка на фронт должна происходить по правилу: «чем дальше от родной губернии, тем лучше (отказ от территориального принципа)».
Обращая внимание на то, что при организационном построении армии нельзя исходить из позиционной войны, члены комиссии требовали «отказаться от формирования больших, громоздких единиц (дивизий), непригодных для условий гражданской войны, объявив предельной единицей бригаду». В то же время, отвергая «партизанщину», они подчеркивали: «Необходимо установить на фронтах… режим строгой централизации действий отдельных армий вокруг осуществления определенной, серьезно обдуманной стратегической директивы».
Одновременно Сталин и Дзержинский резко критиковали руководство вооруженных сил Советской России – Главный штаб и окрвоенкомитеты за их формальное отношение к нуждам солдат. Уроки «пермской катастрофы» вызвали у Сталина и Дзержинского скептическое отношение к официальным донесениям. Они требовали, чтобы штабы армии имели «своих представителей – агентов, регулярно информирующих штарм (штаб армии. – Прим. авт.) и зорко следящих за точным исполнением приказов командарма. Только таким образом можно обеспечить связь штаба с армией, ликвидировать фактическую автономию дивизий и бригад и наладить централизацию армии».
Оба члена комиссии указывали на низкий уровень политической работы среди солдат и атаковали Всероссийское бюро комиссаров, которое, по их словам, снабжало «формирующиеся в тылу части мальчишками, а не комиссарами… совершенно неспособными к постановке сколько-нибудь удовлетворительной политической работы». Они писали, что «слово «комиссар» превратилось в ругательную кличку». Сталин и Дзержинский предлагали «обновить состав Всероссийского бюро комиссаров».
Критике подверглась и деятельность Реввоенсовета республики. Сталин и Дзержинский утверждали, что одной из причин «пермской катастрофы» является политика Реввоенсовета, который расстраивал «своими так называемыми директивами и приказами дело управления фронтом и армиями». Не называя Троцкого, они предупреждали: «Без соответствующих изменений в военном центре нет гарантий на успех на фронтах».
Рекомендации Сталина и Дзержинского предусматривали не только организационные меры и кадровые перемещения, но и перемены в социальной политике Советского правительства. Они отмечали, что «революционный декрет о чрезвычайном налоге… превратился в опаснейшее оружие в руках кулаков для сплочения деревни против Советской власти», стал «одной из главных причин, если не единственно главной причиной, контрреволюционизирования деревни».
Вместе с тем авторы отчета считали, что некоторые ошибки, допущенные в первый год существования Советской власти, являются следствием неопытности партийных работников. Они ставили вопрос о необходимости осмысления опыта советского строительства и создания с этой целью особого государственного «аппарата»: «Таким аппаратом должна быть упомянутая выше контрольно-ревизионная комиссия при Совете Обороны».
Анализ причин «пермской катастрофы» свидетельствовал о глубоком понимании Сталиным проблем Гражданской войны и его умении быстро оценивать сложившуюся обстановку. В то же время Сталин и Дзержинский не ограничились анализом обстановки и подготовкой отчетных докладов. По предложению Сталина был создан Военно-революционный комитет Вятской губернии, в состав которого вошли представители местных властей. Сталин считал, что в руках комитета «должны быть сосредоточены все силы, все средства». Подобные же органы были созданы в уездах. Под руководством Сталина и Дзержинского за три-четыре недели была проведена «чистка и тщательная фильтровка бригады», прибывшей на Восточный фронт.
Вопросы организации Красной Армии заняли важное место в работе VIII съезда РКП(б) (18—23 марта 1919 года), накануне которого образовалась так называемая военная оппозиция. В нее вошли в основном «красные командиры» и их сторонники, недовольные активным привлечением военных специалистов из царской армии (бывшие «левые коммунисты» В.М. Смирнов, Г.И. Сафаров, Г.Л. Пятаков, А.С. Бубнов, а также К.Е. Ворошилов, С.К. Минин, Ф.И. Голощекин, Е.М. Ярославский и другие). Они выступали за возвращение к первоначальной организации Красной Армии с безбрежной митинговой демократией и отсутствием единоначалия. Вместе с тем сторонники «военной оппозиции» резко критиковали деятельность Реввоенсовета и лично Троцкого, возмущались его приказами о расстрелах ряда командиров и комиссаров. Накануне съезда Троцкий в письме пытался оправдать свои репрессии и доказать правильность своей политики.
Несмотря на попытки Троцкого ослабить накал выступлений против его политики, «военная оппозиция» подготовила свою платформу (тезисы доклада В.М. Смирнова) к очередному, VIII съезду партии. Выступление видных деятелей партии и военных командиров против руководства вооруженных сил в разгар Гражданской войны и перед началом активного наступления белых армий грозило крупными внутриполитическими потрясениями. К тому же накануне открытия съезда скоропостижно скончался председатель ВЦИК Я.М. Свердлов, и теперь Бюро ЦК партии состояло из трех человек (Ленин, Сталин, Троцкий), двое из которых придерживались противоположных взглядов на организацию Красной Армии, роль Реввоенсовета, «военспецов» и т. д.
