Преподавание литературы Ломоносов строит во многом в соответствии со своим личным опытом на основе сочетания традиционных приемов и источников с новыми методами и новым материалом: «...в первом классе обучать российской грамоте обыкновенным старинным порядком, то есть азбуку, часослов и псалтырь, потом заповеди просто... Потом учить писать по предписанному доброму великороссийскому почерку и приучивать читать печать гражданскую». Во втором и третьем классах школьники должны были проходить «в прозе и в стихах российские сочинения, те особливо, которые... к знатному исправлению российского штиля на свет вышли». При этом Ломоносов особо подчеркивает необходимость для гимназистов «прилежно читать славенские книги церьковного круга и их держаться как великого сокровища, из которого знатную часть великолепия, красоты и изобилия великороссийский язык заимствует» (мысль, которую он вскоре разовьет в одном из самых главных своих филологических произведений).
Детально был продуман Ломоносовым список литературы для латинских классов. Сюда он включил, по мере приближения к концу обучения, «Разговоры» Эразма Роттердамского, избранные сочинения Цицерона, Корнелия Непота, Светония, Курция, Вергилия, Горация, Овидия, Тита Ливия, Тацита и др. Из немецких писателей Ломоносов рекомендовал Готшеда, Мосгейма, Коница, Гюнтера и др., из французов — Фенелона, Мольера и Расина.
Преподавание «первых оснований нужнейших наук» Ломоносов предлагал вести, опираясь на пособия своего марбургского учителя Вольфа. Для этого он планировал «во втором классе употреблять из Волфова сокращения «Арифметику» и «Геометрию» (которые нарочно с немецкого перевесть и напечатать)». Логику, метафизику, физику должно было преподавать по ломоносовскому переводу «Волфианской физики» Тюммига, вышедшему еще в 1746 году.
Для управления учебным процессом Ломоносов вводит свою систему отметок, наказаний и поощрений. Отметки предполагались следующие: 1. В. И. — «все исполнил», 2. Н. У. — «не знал уроку», 3. Н. Ч. У. — «не знал части уроку», 4. 3. У. Н. Т. — «знал урок нетвердо», 5. Н. 3. — «не подал задачи», 6. X. 3. — «худа задача», 7. Б. Б. — «болен», 8. X. — «не был в школе», 9. В. И. С. — все исполнил с избытком», 10. Ш. — «шабаш». Наказания (приватные и публичные) полагались за неусердие на уроках, а также провинности в поведении и варьировались по тяжести проступка, от простых выговоров и предупреждений («угроз») до битья «по рукам ферулею» (линейкой) и порки «лозами по спине». Но, не в пример другим авторам гимназических инструкций из Петербургской Академии — Г.-Ф. Миллеру, Г. Н. Теплову, И.-Э. Фишеру, И.-Д. Шумахеру, — Ломоносов не ограничился одними только наказаниями. Он предусмотрел целый ряд разнообразных поощрительных мер — устные похвалы, награждение книгами и инструментами, серебряными медалями. Была предусмотрена и такая, например, характерная форма поощрения отличившихся и одновременно наказания провинившихся учеников: «...чтоб им те кланялись в школе, которые то должны делать вместо штрафа».
Было и еще одно важное отличие ломоносовского московского проекта от регламентов и инструкций, принимавшихся в Петербурге. Оно содержалось в § 3: «В обоих гимназиях на жалованье в комплете не должно быть иностранных больше пятой доли...» Эта оговорка была очень важна, ибо Ломоносов по своему опыту знал, как обстояли дела в гимназии при Академическом университете в Петербурге: там на протяжении первых двадцати лет число детей иностранцев постоянно составляло почти половину от общего числа («комплета») учащихся, а, скажем, в 1737-м, 1738-м, 1739-м, 1743 годах в Академическую гимназию вообще принимались только иностранцы.
Ломоносов действительно составил «целый полный план», в котором подробнейшим образом было даже расписано, как тратить положенные на каждого казеннокоштного ученика годовые деньги (в полтора раза больше, чем сам он получал в Славяно-греко-латинской академии):
«Определенные 15 рублев в год каждому школьнику употребить на их одеяние и на другие потребности, чему всему реестр положен с ценами в следующей табели на два года.
Кафтан с камзолом суконный и с лосиными штанами — 8 руб.
Шуба баранья, покрытая крашеною льняною материею — 2 руб.
Епанча — 3 руб.
Две шляпы по 30-ти копеек — 60 коп.
8 пар башмаков по 25 копеек — 2 руб.
Шапка — 50 коп.
Сапоги — 50 коп.
6 рубашек по 30-ти копеек — 1 руб. 80 коп.
На черные фроловые галстуки — 50 коп.
Тюфяк — 50 коп.
Одеяло — 40 коп.
Две простыни — 80 коп.
Кровать — 15 коп.
Две подушки — 35 коп.
Прачке — 1 руб.
Платки, полотенца, мыла — 1 руб.
На баню — 50 коп.
Запонки, пряжки, подвязки — 50 коп.
Всего: 24 руб. 10 коп.
Остальные от каждого школьника 3 руб. 60 коп., а от 50-ти 180 руб. в два года употреблять им на свечи, на бумагу, на перья и чернило и на покупку самых нужнейших книг, по которым должны они обучаться».
Вот так — с размахом и одновременно в подробностях — продумал Ломоносов подготовку гимназистов, или, по его выражению, семян для университетской пашни.
В сообщении из Москвы от 1 мая «Санктпетербургские ведомости» рассказали о торжественном открытии Московского университета. Среди его профессоров были два ученика Ломоносова, которые выступили на торжестве. Антон Алексеевич Барсов (1730–1791), занявший должность профессора математики и красноречия, обратился к гимназистам с «Речью о пользе учреждения императорского Московского университета», в которой в полном соответствии с утилитарными воззрениями века Просвещения поставил перед юными слушателями вопрос: «Что может причиною нашего быть благополучия, и отчего оное как действие последовать может?» И отвечал, что только науки, а из них только «философия приобучает разум к твердому познанию истины, чтобы оный напоследок знать мог, в чем наше истинное благополучие заключается». Трудно сказать, до конца ли поняли юные слушатели глубокий смысл речи А. А. Барсова. Но со временем они (каждый, правда, на свой манер) разобрались в поставленном вопросе и ответили на него всей своей последующей жизнью. Ведь среди них были в тот день — одиннадцатилетний Николай Новиков, десятилетний Денис Фонвизин и его девятилетний брат Павел (в будущем тоже писатель и один из директоров Московского университета). Был там и шестнадцатилетний Григорий Потемкин. Сюда же следует добавить имя еще одного мальчика, Александра Радищева (который через несколько лет поселится в семье первого директора университета А. М. Аргамакова и начнет проходить гимназический курс на дому под руководством университетских профессоров). Это были семена, сулившие могучие всходы, бурный рост и обильный, но трудный урожай, пожинать который придется уже девятнадцатому веку.
