Основной принцип устройства университета (о чем и раньше он говорил Шувалову) сводится, по мысли Ломоносова, к тому, «чтобы план Университета служил во все будущие роды». Для этого, считает Ломоносов, при составлении университетского штата нужно исходить из необходимого для основательного обучения числа факультетов, кафедр и профессоров, а не из реально имеющегося числа специалистов, способных сейчас преподавать науки на должном уровне. Даже если окажется слишком много вакансий, свободные средства можно будет употребить с пользой, лишь бы с самого начала поставить все дело на широкую к твердую ногу: «Того ради, несмотря на то, что у нас ныне нет довольства людей ученых, положить в плане профессоров и жалованных студентов довольное число. Сначала можно проняться теми, сколько найдутся. Со временем комплет наберется. Остальную с порожних мест сумму полезнее употребить на собрание университетской библиотеки, нежели, сделав ныне скудный и узкий план по скудости ученых, после, как размножатся, оный снова переделывать и просить о прибавке суммы».
Далее Ломоносов переходит к структуре и штату университета. Он предлагает учредить три факультета: юридический, медицинский и философский. Хотя Ломоносов и считал, что опыт иностранных университетов будет небесполезен для Московского, но не включил в число факультетов богословский, имевшийся во всех западноевропейских учебных заведениях подобного рода.
На этих трех факультетах должно быть не меньше двенадцати профессоров. На юридическом — три: 1) «профессор всей юриспруденции вообще» (естественное право, право народов, римское право), 2) «профессор юриспруденции российской», 3) «профессор политики» (политическая история и современные межгосударственные отношения). На медицинском — три: 1) «доктор и профессор химии», 2) «натуральной истории», 3) анатомии. На философском — шесть: 1) профессор философии, 2) физики, 3) «оратории» (теория и история ораторского искусства), 4) поэзии (теория и история поэзии), 5) истории, 6) «древностей и критики» (то есть археологии).
Кроме того, Ломоносов настаивает на создании университетской гимназии, способной готовить для нее будущих студентов: «При Университете необходимо должна быть Гимназия, без которой Университет, как пашня без семян. О ее учреждении хотел бы я кратко здесь предложить, но времени краткость возбраняет».
Ломоносов определенно чувствует, что Шувалову не терпится поскорее закончить начатое дело и сорвать быстротечную славу создателя первого русского университета по примеру европейских. Поэтому он хочет сам обстоятельно и серьезно довести задуманное до кондиции: «Не в указ вашему превосходительству советую не торопиться, чтобы после не переделывать. Ежели дней полдесятка обождать можно, то я целый полный план предложить могу...»
Шувалов «обождать» не захотел. Уже 19 июля 1754 года он представил в Сенат окончательный проект университета, который тогда же был принят и направлен на конфирмацию Елизавете. В основе его лежал ломоносовский документ (пятый параграф шуваловского проекта университетского устава почти дословно повторяет то место из цитированного письма Ломоносова, где говорится о распределении профессоров по кафедрам). Изменения, внесенные Шуваловым, свелись к сокращению числа кафедр с двенадцати до десяти (кафедра поэзии соединилась с кафедрой красноречия, а кафедра древностей с кафедрой истории) и к введению нового предмета — геральдики — науки о гербах княжеских и дворянских родов, городов и земель. 12 января (25 января по новому стилю) 1755 года, в Татьянин день, императрица подписала ломоносовско-шуваловский проект, который отныне стал именоваться «Указом об учреждении в Москве университета и двух гимназий». Этим же указом И. И. Шувалов был назначен куратором университета.
Как видим, ломоносовская мысль о необходимости гимназии при университете была принята Шуваловым. Ломоносов, со своей стороны, сдержал слово, данное в письме к меценату, и в течение, правда, не «полдесятка» дней, а примерно двух-трех месяцев разработал «целый полный план» гимназического обучения. «Проект регламента Московских Гимназий», законченный Ломоносовым в период между подписанием «Указа об учреждении» (12 января) и торжественным открытием университета (26 апреля), тоже был использован Шуваловым — теперь уже при составлении инструкции первому директору Московского университета А. М. Аргамакову (ум. 1757).
Идея раздельного обучения детей дворян и разночинцев, положенная в основу проекта, не принадлежит собственно Ломоносову: она была узаконена «Указом» от 12 января, в котором говорится о «двух гимназиях». Ломоносову пришлось исходить из нее, хотя сам он выступал против всякой кастовости при обучении. Во всем же остальном «Проект регламента Московских Гимназий» представляет собою явление выдающееся, резко индивидуальное в тогдашней педагогике, основополагающее для всего дальнейшего процесса народного образования в России.
В этом документе подробно разработаны не только общие принципы первоначального обучения, но и мельчайшие подробности, касающиеся обеспечения, быта, поощрения и наказаний учеников и т. д. Проект состоит из семи разделов: 1. «О приеме школьников в Гимназию», 2. «О содержании жалованных школьников» (то есть находящихся на казенном жалованье: всего таких учеников должно было быть пятьдесят), 3. «О наставлении школьников», 4. «О экзерцициях гимназических» (то есть о классных и домашних занятиях), 5. «О экзаменах, произведениях и выпусках школьников», 6. «О книгах, по которым обучать в школах», 7. «О награждениях и наказаниях».
Информационный взрыв, потрясший на рубеже XVII–XVIII веков европейскую и в особенности русскую культуру, был не менее мощным, чём тот, который переживаем мы в XX веке. Применительно к задачам школьного образования основную проблему, возникающую в связи с этим важным обстоятельством, можно определить так: не раздавить юное сознание обилием новых фактов, но внедрить в него самое необходимое, чтобы дальнейшее его, уже во многом самостоятельное, развитие шло не вопреки, а в соответствии с возросшим средним уровнем научных сведений и представлений эпохи. Вот почему, говоря о «наставлении» гимназистов, Ломоносов специально подчеркивает: «...при обучении школьников паче всего наблюдать должно, чтобы разного рода понятиями не отягощать и не приводить их в замешательство».
Ломоносов составляет «табель по школам и классам», то есть поденное расписание («поутру и ввечеру по три часа») нижнего, среднего и верхнего классов. Он указывает круг предметов, необходимых в гимназиях: арифметику, геометрию, географию, «философии первые основания». Большое внимание уделено преподаванию языков: кроме латинского, который наряду с русским был основным, школьники («смотря по остроте, по летам и по охоте») должны были изучать немецкий, французский, английский, итальянский. Причем Ломоносов считал, что в гимназиях обучение языкам необходимо отличать от гувернерского натаскивания: «Сим языкам обучать не так, как обыкновенно по домам принятые информаторы одною практикою, но показывать и грамматические правила. Притом излишным оных множеством не отягощать, особливо сначала практику употреблять прилежно, слова и разговоры твердить, упражняться в переводах и сочинениях».