Прокопович родился в 1681 году в семье, принадлежавшей к торговому сословию, и при крещении был назван Елеазаром. Воспитанием своим он был обязан своему дяде, ректору Киевской академии, Феофану Прокоповичу, по имени которого он и сам был впоследствии назван Феофаном. Дядя поместил его в Академию, где он учился отлично. Но Киевская академия не удовлетворяла его, и по окончании в ней философского курса он для продолжения своего образования отправился в польские училища, как сделал это несколько ранее и Стефан Яворский. Так как в эти училища принимали только тех из православных, которые соглашались сделаться униатами, то Прокопович принял унию и постригся в монахи в Битевском Базилианском монастыре с именем Елисея. Отсюда Прокопович был отправлен в Рим и поступил в миссионерскую Коллегию св. Афанасия. Здесь он прослушал курсы Аристотелевой философии и схоластического богословия. Иезуиты хотели воспитать в Прокоповиче ревностного католика, но трехлетнее пребывание его в Риме сопровождалось другими, совершенно противоположными последствиями. Изучивши дух католичества в самой его столице, строй католической церковной жизни и церковного управления (при нем происходило избрание папы Климента XI), Прокопович глубоко понял всю несостоятельность католицизма и все противоречие его духу Православной Церкви и, вместо приверженца, сделался самым жарким его противником.
По возвращении в Киев он был пострижен в монахи с именем Феофана и прошел в Академии последовательно одну за другою все ученые и административные должности, был учителем пиитики и риторики, философии, богословия, занимал должность префекта и ректора Академии. Почти по каждой из наук, которые он преподавал в Академии, были составлены им учебники. Так, будучи учителем поэзии, он составил «Пиитику», изданную Георгием Конисским в 1756 году и написал трагикомедию «Владимир», представленную студентами Академии в 1705 году. Преподавая риторику, он написал также учебник риторики на латинском языке. В этой риторике, между прочим, встречается следующее замечательное место, направленное против католических богословов и проповедников: «Не приводи мне свидетельств ни Фомы Аквината, ни Скотта, ни других нечестивой секты людей; ибо им не подтвердишь своего предмета, но осквернишь и речь и слух верного народа и священного собрания». Феофан советует оратору выбирать предметы для церковной кафедры из житий святых людей, особенно тех, которых произвела Россия, «чтобы узнали, наконец, пустейшие, благоговеющие только перед своими баснями, враги наши, что не бесплодны доблестию наше Отечество и наша вера, и чтобы перестали, наконец, укорять нас в скудости святыни». Если бы Феофан не попал в окружение Великого Реформатора – Петра I, то, может быть, эти добрые мысли его получили бы совсем иное развитие и направление. Но, к большому сожалению, огромные силы и способности Феофана были растрачены не столько на содействие преобразованиям Петра I, сколько на интриги, игру честолюбия и самолюбия, на борьбу за власть, несовместимую с его духовным саном и званием.
Как бы то ни было в дальнейшей жизни Феофана, период его ректорства в Киевской академии нужно считать с нравственной точки зрения самым блестящим в его деятельности. Именно в эту пору он составил свою богословскую систему, которой положил начало новому направлению в этой науке, установив для нее другой, исторический метод изложения, отличный от прежнего метода схоластического. В схоластических системах истины христианского учения рассматривались и изъяснялись только как логические понятия, безотносительно к их источникам. В системе же Прокоповича в основу изъяснения и доказательства этого учения полагается Священное Писание. В схоластических системах христианские истины излагались в виде диспутаций, то есть в форме вопросов и ответов, а в системе Прокоповича они излагаются в положительной форме. При изложении догматов Прокопович указывает на их историю и, представив положительное учение, делает опровержение его противников. Такой метод изложения он заимствовал у протестантских богословов Гергарда, Квенштедта, Голлазия, системами которых он первый начал пользоваться вместо прежних систем Фомы Аквината и других схоластических богословов. Впрочем, Феофан Прокопович не успел составить полную систему богословия, а написал лишь введение в богословие и семь трактатов: О Боге едином; О Святой Троице; Об исхождении Святого Духа; О творении и промышлении; О первобытном состоянии человека; О состоянии человека после падения; О благодатном через Христа оправдании грешника. Несмотря на то, в продолжение всего XVIII и начала XIX века «Богословие» Феофана Прокоповича служило руководством для преподавателей богословия в семинариях и академиях, которые различным образом его переделывали, то сокращая, то дополняя.
Таким образом, с Феофана Прокоповича можно начинать историю академического богословия, которое обязано ему положительными и отрицательными сторонами своего дальнейшего развития. Заимствование исторического метода изложения богословских истин, в основу которых стало полагаться прежде всего Священное Писание, явилось благодетельным для православной богословской науки в том смысле, что она приблизилась к благодатному первоисточнику христианского вероучения, к Священному Писанию. В сухое и отвлеченное дотоле преподавание богословских наук была внесена свежая, живая струя, которая впоследствии немало послужила преодолению схоластики. Но, избавленный от влияния латинства, Феофан Прокопович, к сожалению, всю жизнь тяготел к протестантству и не только сам себе, своим взглядам и образу жизни, но и богословской науке причинил немалый ущерб: он надолго привил ей протестантский дух, сказавшийся в рационалистическом характере богословского мышления. Забегая несколько вперед, скажем, что с «Камня веры» Стефана Яворского началась в нашей православной богословской мысли струя схоластическая, латинская, а с Феофана Прокоповича – струя рационалистическая, протестантская. В то время как Православие благоухало подвигами благочестия и не оскудевало в своей святости, православное богословие развивалось в совершенно чуждых ему направлениях: католической схоластики и протестантского рационализма. Это произошло потому, что Православие, защищаясь от пропаганды католичества, пользовалось против него оружием протестантства и, защищаясь от протестантской пропаганды, пользовалось против него доводами католичества. То и другое оружие в борьбе Православия с западными исповеданиями имело значительную силу, поскольку оно было уже отточено во взаимной борьбе протестантов с католиками. На первых порах своего развития православное богословие совершенно естественно встало на путь подражания действиям своих противников, у которых можно было к тому же и многому поучиться, например, дисциплине богословского мышления, рациональной точности в определениях истин веры и многому другому, что могло сделать наш разум более совершенным органом веры. К тому же применение оружия противников против них самих послужило немалым успехам православной богословской науки в разоблачении разного рода латинских подлогов и хитростей, а по отношению к протестантству – в обличении субъективных мнений и недопустимого пренебрежения Преданием. Словом, польза от заимствования чужих методов богословствования была несомненная, но эта польза могла быть более действенной и сильной, если бы православная богословская мысль не оторвалась бы от живых источников православной святости. Она ушла от них и застыла в холодных и отвлеченных догматических формулах, которые без нравственного приложения не могут просветить и возродить нашего существа. «Первое условие для надлежащего усвоения семян Божественной истины, – говорит один мыслитель (Гратри), – есть нравственное расположение. К данным истины, которые Бог не перестает сеять в нашей душе, прежде всего необходимо прилагать не ум, а нашу волю; и по слову вечного Учителя, слову, все еще недостаточно понятому, прежде познания – истину надлежит творить в себе. Творяй истину, грядет к Свету. Свет всевается в волю и собирается в уме». Другой религиозный мыслитель (проф. МДА А. И. Введенский, †1913) говорит: «Насколько мы воплощаем Божественную жизнь в себе самих, настолько мы познаем ее и вне себя. Мы познаем Бога и уверяемся в Его Бытии своею богоподобною жизнию: подобное познается подобным». О том же предмете у епископа Феофана Затворника читаем: «Истина, пока не вошла в сердце, есть то же, что пыль на полированной доске: повеет ветер – и все снесет. Истина, принятая сердцем, – то же, что елей, прошедший в кости». Все это значит, что настоящее православное богословие должно быть основано на опытном Богопознании, к чему мы подошли гораздо позднее. Феофану Прокоповичу эта необходимость была чуждой, поскольку он в своем богословствовании отправлялся от ума, а не от сердца. Свидетельством тому служит и самая его судьба.