В эти годы Наполеон осыпал наградами своего подвижника: в 1803 году Виктор стал кавалером ордена Почетного легиона, в 1804 году награжден командорским крестом ордена Почетного легиона, а в марте 1805 года — Большим крестом ордена Почетного легиона (высшая награда наполеоновской Франции).
Вернулся в армию с началом войны с Пруссией (1806) и был назначен начальником штаба 5-го корпуса Великой армии, которым командовал маршал Ж. Ланн. Участвовал в сражении при Йене, где был ранен, и при Пултуске. В январе 1807 года Наполеон назначил Виктора командиром вновь сформированного в Померании 10-го корпуса. Но через несколько дней во время одной из поездок по частям своего корпуса Виктор по дороге был захвачен в плен прусским летучим отрядом (20 января 1807 года). В плену Виктор пробыл недолго — уже 8 марта 1807 года он был обменен на прусского генерала Г. Блюхера. В апреле-мае 1807 года войска Виктора безуспешно осаждали прусскую крепость Грауденц. В начале июня 1807 года Наполеон назначил Виктора командиром 1-го корпуса, во главе которого он через несколько дней особенно отличился в сражении при Фридланде. Наградой Виктору за этот подвиг стал маршальский жезл. После заключения Тильзитского мира (7 июля 1807 года) он командовал французскими войсками в Пруссии, одновременно являясь и военным губернатором Берлина.
С 1808 года командовал 1-м корпусом в Испании. Успешно действовал в сражениях при Эспиносе и Уклесе. В сражении при Меделлине (28 марта 1809 года) корпус Виктора наголову разгромил и рассеял испанскую армию генерала Г. Куэста. После сражения с англичанами при Талавере (1809), в котором французы потерпели неудачу, Виктор смелым маневром принудил противника оставить сильную позицию при Пена-Перрас, открыв тем самым для французской армии путь в Андалусию. В 1810—1812 годах Виктор осаждал сильную приморскую крепость на юге Испании — Кадис, которую поддерживал с моря английский флот. Попытка англичан деблокировать крепость с суши была им пресечена в сражении при Чиклане (5 марта 1811 года). Но овладеть Кадисом Виктору так и не удалось. Весной 1812 года он был отозван из Испании и назначен командиром 9-го корпуса Великой армии, созданной для войны с Россией.
Корпус Виктора в начале войны находился во втором эшелоне французской армии, а к осени был выдвинут на усиление ее левого крыла. В октябре-ноябре 1812 года потерпел поражение от русских войск в сражениях под Чашниками и при Смолянах. Затем мужественно прикрывал переправу остатков Великой армии через реку Березину. При этом одна из его дивизий, отрезанная от главных сил корпуса, в полном составе попала в плен к русским. Виктору, проявившему в сражении на Березине большое мужество, стойкость и самоотверженность, вместе с маршалом Н. Удино в полной мере принадлежит честь спасения остатков Великой армии Наполеона от неминуемой гибели на болотистых берегах этой реки. В начале декабря командовал арьергардом французской армии, который полностью был уничтожен русскими войсками в районе Молодечно и далее по дороге на Вильно (Вильнюс).
В кампанию 1813 года Виктор командовал 2-м корпусом, отличился в сражении под Дрезденом, стойко сражался в «битве народов» (Лейпцигское сражение), а затем в сражении при Ганау, где баварцы пытались преградить путь отступавшим во Францию остаткам Великой армии.
В начале 1814 года привел в оборонительное положение ряд французских пограничных крепостей, затем некоторое время сдерживал натиск противника в Вогезах, после чего отступил на соединение с главными силами. Участвовал в сражениях при Бриенне, Ла-Ротьере и Монтеро.
Почти беспрерывные, следовавшие одна за другой войны, нескончаемые бои и сражения, неудачи последних лет, большие моральные и физические перегрузки, горечь невосполнимых утрат (гибель в боях ряда старых сподвижников, в том числе зятя генерала Шато), огромное переутомление — все это вместе взятое вызвало у Виктора (впрочем, как и у большинства других наполеоновских маршалов) сильную депрессию и, как следствие, упадок энергии, пассивность в действиях, ошибки. В сражении при Монтеро [6 (18 февраля)] 1814 года удрученный гибелью своего зятя генерала Шато Виктор допустил грубую оплошность, следствием чего явилось невыполнение поставленной перед ним боевой задачи. Наполеон пришел в ярость и обрушил свой гнев на провинившегося сподвижника. Не слушая оправданий маршала, он отчитывает его, как капрал новобранца: «Вы утомились! В 48 лет! Я отлично понимаю, что вы предпочитаете спать в своей мягкой кровати, а не на бивуаке! Вы нуждаетесь в отдыхе?! Хорошо, я вам его предоставлю!» И император тут же отстраняет Виктора от командования 2-м корпусом. Униженный и оскорбленный маршал глубоко возмущен таким отношением к нему Наполеона и пытается протестовать. Но император его не слушает. И тогда старый вояка взрывается. Он почти кричит на своего императора, что никто не смеет упрекать его, маршала Франции, в трусости, что пройденный им боевой путь и кровь, пролитая за Францию на полях сражений, служат убедительным тому подтверждением. Побагровев от обиды, маршал уже срывается на крик, что если его величество больше ему не доверяет как военачальнику, то он, Виктор, готов хоть сейчас надеть на себя солдатский ранец, взять в руки ружье и встать в строй рядовым гренадером. Наполеон, будучи прекрасным психологом, понимает, что перегнул палку, что маршал находится на грани нервного срыва, и сразу же сбавляет тон. Он успокаивает Виктора, жмет ему руку и обещает не высылать из армии. Но поскольку командование корпусом уже передано генералу Э. Жерару, то он поручает своему старому соратнику командование двумя дивизиями Молодой гвардии. Во главе их Виктор сражался при Краоне (7 марта 1814 года), где в очередной раз был ранен (пулевое ранение) и уже до конца кампании 1814 года участия в боевых действиях не принимал. По причине ранения не принимал он также участия и в «бунте» маршалов, потребовавших от Наполеона после падения Парижа (31 марта 1814 года) отречения.
После отречения императора Виктор перешел на сторону Бурбонов. Старый республиканец, когда-то под призывные звуки «Марсельезы» водивший солдат Революции в яростные атаки против врагов отечества, первыми среди которых считались роялисты, с благодарностью принял из рук новых властителей, утвердившихся во Франции на чужеземных штыках, орден Св. Людовика. Король Людовик XVIII назначил бывшего республиканского генерала и наполеоновского маршала командующим 2-м военным округом (2-й дивизии; Мезьер). Во время «Ста дней» Наполеона (1815) Виктор тщетно старался удержать свои войска в повиновении Бурбонам, а затем последовал за бежавшим в Бельгию королем. Однако по прибытии королевского двора в Гент третируемый роялистами маршал сразу же покинул его. Наполеон, утвердившись в Париже, вычеркнул Виктора из списка маршалов Империи. После 2-й Реставрации Бурбоны высоко оценили преданность им Виктора. Он был назначен пэром Франции, дежурным генералом королевской гвардии и председателем комиссии по рассмотрению дел офицеров, выступивших на стороне Наполеона в период «Ста дней», а также награжден командорским крестом ордена Св. Людовика. С 1816 года — командующий 16-м военным округом (16-й дивизии). В 1820 году удостоен Большого креста ордена Св. Людовика. В 1821—1823 годах — военный министр.
