Акт подписали 58 епископов Российской церкви.
В качестве местоблюстителя помогал многим заключенным и сосланным. Получая после службы пожертвованные деньги, обычно сразу отдавал их для пересылки в тюрьмы, лагеря и места ссылки. Он дал благословение приходским причтам жертвовать в пользу заключенных священнослужителей.
Часто совершал Божественную литургию в московских приходских и монастырских церквах, в том числе в Свято-Даниловом монастыре.
Решительно выступил против любых договоренностей с обновленцами, которые в 1925 году провели свой 2-й Собор, на который пригласили представителей «староцерковников». Обратился к архипастырям, пастырям и всем чадам церкви с посланием, в котором говорилось: «Должно твердо помнить, что по каноническим правилам Вселенской Церкви все <…> самочинно устраиваемые собрания, как и бывшее в 1923 году живоцерковное собрание, не законны. Поэтому на них присутствовать православным христианам, а тем более выбирать от себя представителей на предстоящие собрания канонические правила воспрещают».
В результате абсолютное большинство клириков и паствы митрополита Петра отказались от компромисса с обновленцами. Представители обновленчества обвиняли его в сношениях с церковной и политической эмиграцией (в том числе в признании, совместно с патриархом Тихоном, великого князя Кирилла Владимировича «прямым и законным наследником престола»), в контрреволюционных настроениях и антиправительственной деятельности.
Митрополит отказался пойти на условия карательных органов (ГПУ), в которых те обещали нормализовать юридическое положение Церкви. Условия включали в себя издание послания, призывающего духовенство и верующих к лояльности относительно советской власти, устранение неугодных власти архиереев, осуждение заграничных епископов и контакт в деятельности с правительством в лице представителя ГПУ.
В ноябре-декабре 1925 года были арестованы епископы, принадлежащие к числу сторонников митрополита Петра. В начале декабря, зная о предстоящем аресте, писал: «Меня ожидают труды, суд людской, но не всегда милостивый.
Не боюсь труда – его я любил и люблю, не страшусь и суда человеческого – неблагосклонность его испытали не в пример лучшие и достойнейшие личности. Опасаюсь одного: ошибок, опущений и невольных несправедливостей, – вот что пугает меня. Ответственность своего долга глубоко сознаю. Это потребно в каждом деле, но в нашем – пастырском – особенно».
9 декабря 1925 года по постановлению Комиссии по проведению Декрета об отделении Церкви от государства при ЦК ВКП(б) митрополита Петра арестовали. По распоряжению местоблюстителя исполнение его обязанностей перешло к митрополиту Нижегородскому Сергию (Страгородскому), усвоившему себе титул «заместителя местоблюстителя». Позднее, не имея достоверной информации о происходивших событиях, делал противоречивые распоряжения о церковном управлении. При этом отказался поддержать инспирированную властями инициативу нескольких епископов о коллегиальном управлении церковью (так называемое «григорианство«, григорьевский раскол – по имени его лидера, архиепископа Григория (Яцковского)), запретил в священнослужении его активных деятелей.
Во время следствия содержался во внутренней тюрьме на Лубянке, а также в Суздальском политизоляторе. На допросе 18 декабря 1925 года заявил, что церковь не может одобрить революцию: «Социальная революция строится на крови и братоубийстве, чего Церковь признать не может. Лишь война еще может быть благословлена Церковью, поскольку в ней защищается отечество от иноплеменников и православная вера».
5 ноября 1926 года приговорен к 3 годам ссылки. В декабре его этапировали через пересыльные тюрьмы в Тобольск, в феврале 1927 года доставлен в село Абалак, где содержался в контролируемом обновленцами Абалакском монастыре. В начале апреля вновь арестован и доставлен в Тобольскую тюрьму. По постановлению ВЦИК, выслан за Полярный круг, на берег Обской губы в поселок Хэ где был лишен медицинской помощи. 11 мая 1928 года постановлением Особого совещания ОГПУ срок ссылки был продлен на 2 года.
Негативно относился к компромиссам с большевиками, на которые пошел митрополит Сергий. В декабре 1929 года направил ему письмо, в котором, в частности, говорилось: «Мне сообщают о тяжелых обстоятельствах, складывающихся для Церкви в связи с переходом границ доверенной Вам церковной власти. Очень скорблю, что Вы не потрудились посвятить меня в свои планы по управлению Церковью».
17 августа 1930 года вновь арестован. Содержался в тюрьмах Тобольска и Екатеринбурга. Отказался от снятия с себя звания патриаршего местоблюстителя, несмотря на угрозы продлить тюремное заключение.
В ноябре 1930 года против него было возбуждено уголовное дело по обвинению в том, что, находясь в ссылке, он «вел среди окружающего населения пораженческую агитацию, говоря о близкой войне и падении сов. власти и необходимости борьбы с последней, а также пытался использовать Церковь для постановки борьбы с сов. властью». Виновным себя не признал. Находился в одиночном заключении без права передач и свиданий. В 1931 года отклонил предложение чекиста Тучкова дать подписку о сотрудничестве с органами в качестве осведомителя. После беседы с Тучковым был частично парализован, также был болен цингой и астмой. 23 июля 1931 года Особым совещанием ОГПУ приговорен к 5 годам заключения в лагере, однако был оставлен в тюрьме во внутреннем изоляторе. Верующие при этом пребывали в уверенности, что он продолжает жить в заполярной ссылке.
Отец Петр тяжело страдал от болезней, просил оправить его в лагеря: «Я постоянно стою перед угрозой более страшной, чем смерть. Меня особенно убивает лишение свежего воздуха, мне еще ни разу не приходилось быть на прогулке днем; не видя третий год солнца, я потерял ощущение его… Болезни все сильнее и сильнее углубляются и приближают к могиле. Откровенно говоря, смерти я не страшусь, только не хотелось бы умирать в тюрьме, где не могу принять последнего напутствия и где свидетелями смерти будут одни стены».
В июле 1933 года ему были запрещены прогулки в общем дворе (даже ночью) – они были заменены на прогулки в маленьком сыром дворике, где воздух был наполнен испарениями отхожих мест. Несмотря на это, продолжал отказываться от сложения своих полномочий.
В качестве «секретного узника» (вместо имени он фигурировал под № 114) был переведен в Верхнеуральскую тюрьму. В июле 1936 года его заключение было в очередной раз продлено на 3 года.
В конце 1936 года в патриархию поступили ложные сведения о смерти патриаршего местоблюстителя, якобы последовавшей 29 сентября, вследствие чего 27 декабря 1936 года митрополит Сергий принял на себя титул патриаршего местоблюстителя. По митрополиту Петру была отслужена панихида.
