Самарин упрекал Герцена в том, что тот гибельно действует своей революционной пропагандой на новое поколение, что в результате у этого поколения оказываются иссушенными мозги, ослаблена нервная система, оно не способно к энергичной деятельности, у него нет веры. Герцен энергично выступает в защиту этого нового поколения. Он напоминает Самарину, что "и вы и мы по положению, по необходимости были рефлектерами, резонерами, теоретиками, книжниками, тайно брачными супругами наших идей… Но энергией, но делом, но мужеством мы мало отличались". Герцен признает, что люди его поколения "были отважны и смелы только в области мысли".
Новое же поколение, пусть даже оно не дочитало своих учебников, рвется к делу, как поколение людей 1812 года рвется в бой. И они, эти новые люди, материалисты, они поняли, что знания филологии, гуманитарных наук ныне уже не есть эталон образованности. Без естественных наук нельзя быть зрелым мыслителем, человеком, понимающим и социальные проблемы. "Нигилисты", как прозвали разночинцев, не есть понятие ругательное. Нигилист вместо безропотной веры вооружен научным знанием, он исследователь. И материализм вовсе не растворяет личность в каком-то "микрокосмосе", а, наоборот, заставляет ее "дорожить временной жизнью своей и чужой". Отношение к новому поколению, к революционной демократии у Герцена и Самарина было столь разным, что оно оттеснило на второй план иные вопросы, сделало невозможным политический союз. Герцен писал Огареву, что "о сближении не может быть и речи". Самарин "ближе к Каткову и Муравьеву, чем к "Колоколу". Он ненавидит "Современник" Чернышевского.
Самарин не ответил на "Письма" Герцена.
1865 год застал Герцена в Женеве. "Есть люди, предпочитающие отъезжать внутренне; кто при помощи сильной фантазии и отвлекаемости от окружающего — на это надобно особое помазание, близкое к гениальности и безумию, — кто при помощи опиума или алкоголя. Русские, например, пьют запоем неделю-другую, потом возвращаются ко дворам и делам. Я предпочитаю передвижение всего тела передвижению мозга и кружение по свету — кружению головы". "Долго живши на одном месте и в одной колее, я чувствую, что на некоторое время довольно, что надобно освежиться другими горизонтами и физиономиями… и с тем вместе взойти в себя, как бы это ни казалось странным. Поверхностная рассеянность дороги не мешает". За годы эмиграции немало европейских городов промелькнуло перед его глазами. Каждый имел свою физиономию, хотя много было и общего. Общее, пожалуй, консерватизм, настолько въевшийся в быт, что, кажется, пройдут десятилетия, прежде чем здесь что-либо изменится. Женеву Герцен считал местом более приспособленным, чтобы жить. И в этом видел ее отличие, например, от Лозанны, где "все проездом, кроме аборигенов".
Все же самому ему не было уютно в Женеве. Возможно, Женева не оправдала многих надежд, которые он, хоть и нетвердо веря в их осуществление, все же возлагал на нее. Еще в августе 1863 года возник проект перебраться на континент. Провал Ветошникова, суд над Чернышевским показали, что ситуация изменилась. Условия распространения и прежде всего провоза "Колокола" крайне осложнились. Дальнейшие события это подтвердили. В 1864 году был приговорен к десяти годам каторжных работ юнкер Трувеллер за провоз из Лондона изданий Вольной русской типографии. Издания обнаружили во время обыска на кораблях русской военно-морской эскадры, вернувшейся из заграничного плавания. Сто восемьдесят экземпляров прокламаций были найдены в дуле одного из орудий.
Кроме того, после польского восстания 1863 года стало очевидно, что аудитория "Колокола" в России сузилась. 10 апреля 1864 года Герцен писал: "Мы испытываем отлив людей с 1863 — так, как испытали его прилив от 1856 до 1862… Придет время — не "отцы", так "дети" оценят тех трезвых, тех честных русских, которые одни протестовали — и будут протестовать против гнусного умиротворения. Наше дело, может, кончено. Но память того, что не вся Россия стояла в равношерстном стадо Каткова, останется…" А в России шла размежевка сил. Герцен понимал необходимость преобразования "Колокола", его переориентировки на "детей". Отсюда интерес к Женеве, которая после арестов 1862 — 1863 годов становилась одним из средоточий новой "молодой эмиграции". Показалось возможным найти свежую питательную среду для продолжения прежнего дела на новых началах.
Осенью 1863 года, после поездки но Италии, где во Флоренции русская колония устроила в честь него обед, Герцен прибыл в Женеву. Сюда специально, чтобы повидаться с Герценом, собрались русские эмигранты из разных городов Швейцарии. В Италии Герцен виделся со Львом Мечниковым, Стюартом. Здесь, в Женеве, вокруг него собрались В.И. Бакст, В.И. Касаткин, А.А. Слепцов. Виктор Иванович Касаткин — человек известный в литературных кругах России. Библиофил, собиратель рукописей, сотрудник журнала "Библиографические записки", знакомый Кетчера, встречался он и с Чернышевским. Он бывал у Герцена в Лондоне в 1861 году, помогал Огареву редактировать сборник "Русская потаенная литература XIX века". Касаткин налаживал связи Герцена с русскими революционными кругами, пытался наладить и проникновение лондонских изданий на родину. После ареста Кельсиева открылись связи Касаткина. Он в это время был за границей. На приказ вернуться в Россию ответил отказом и стал эмигрантом. С Львом Мечниковым, братом известного ученого-физиолога Ильи Мечникова, Герцен познакомился в Женеве. Лев Ильич состоял волонтером в знаменитой "тысяче" Гарибальди. Был ранен. В Женеве выступал как публицист. Лев приводил к Герцену "на огонек" и своего брата. Жена Ильи Ильича — Ольга Николаевна писала о Герцене: "Обаяние его было так велико и неотразимо" что осталось одним из самых сильных впечатлений жизни Ильи Ильича". Бакст, видный участник студенческих волнений, приехав в Гейдельберг, взял на себя транспортировку герценовской литературы через прусско-русскую границу. Осенью 1862 года в Берне им была организована собственная типография, но дела ее шли неважно. И родился план соединить ее с лондонской типографией Герцена. Надо заметить, что к этому времени ВРТ в связи с утратой популярности "Колокола", тираж которого резко сократился, да и общей "дороговизной", на которую не раз сетовал Герцен, — доходы не приносила, а ее содержание стоило немало денег. Так что предложение "молодых" Герцена заинтересовало. "Молодая эмиграция" надеялась на оживление имевшейся в ее распоряжении типографии в Берне и жаждала переезда из Лондона Л. Чернецкого, успешно заведовавшего у Герцена ВРТ с самого ее основания. Слова Герцена, что он хочет перенести свою типографию на континент, вызвали "фурор". Решено было, что в мае 1864 года ВРТ переедет из Лондона в Италию, в город Лугано.