В 1934 году отец был арестован, судим по 58-й статье и приговорён к трём годам заключения с последующей высылкой. Мать, оставив театральную студию, поехала за ним.
Марк подолгу не видел своих родителей. Основную заботу о нём брала на себя бабушка Софья Николаевна Бардина.
В мемуарах Захаров пишет: «После начала войны и смерти моей всемогущей бабушки для нас, вернувшихся из эвакуации в 1943 году в холодную и голодную Москву, в полученные с огромным трудом обратно две комнаты в коммунальной квартире, началась жизнь тяжёлая, полуголодная, бесперспективная». Отец, прошедший всю войну, служил после фронта в охранных частях Московского гарнизона, однако его довольно скоро снова выслали из Москвы как судимого по 58-й статье.
Марк посещал драмкружок, в котором его мать работала преподавателем. Потом вместе с Андреем Тарковским занимался в театральных коллективах Москворецкого дома пионеров на Большой Полянке.
В 1951 году Захаров поступал в МИСИ имени Куйбышева, но недобрал баллы, провалился и на предварительном прослушивании в Школу-студию МХАТ. Наконец ему посчастливилось поступить в ГИТИС на актёрский факультет.
Уже со второго курса Захаров начал играть небольшие роли на сцене московских театров им. Маяковского и им. Ермоловой. Огромное влияние на начинающего актёра оказал А. Лобанов, художественный руководитель Театра им. Ермоловой.
Осенью 1955 года Захаров получил распределение в Пермский областной драматический театр. Он играл маленькие роли смешных людей, подражая, как он сам говорит, манере Георгия Вицина. В Перми Марк начал писать детские стихи для местного издательства, рисовать и печатать карикатуры для молодёжной и областной газет, сотрудничать на радио, организовывать в театре «капустники» и выпуски юмористической стенной газеты.
Через несколько месяцев ведущий актёр Пермского театра В. Чекмарёв, руководивший университетским театральным коллективом, пригласил Захарова к себе в помощники. Спектакль «Аристократы» по пьесе Погодина стал режиссёрским дебютом Марка Анатольевича.
В 1959 году, возвратившись вместе с супругой актрисой Ниной Лапшиновой из Перми в Москву, Захаров устраивается в Театр имени Гоголя. Вскоре он переходит в Эстрадный театр миниатюр, которым в то время руководил писатель В. Поляков и где играла Лапшинова. Захаров продолжает свои литературные опыты. Успехом пользовались его миниатюра «Кто виноват» и поставленный им спектакль «Неужели вы не замечали?» по В. Полякову.
В 1964 году Захаров вместе с главным режиссёром Студенческого театра МГУ Сергеем Юткевичем выпустили спектакль «Карьера Артура Уи, которой могло и не быть» Б. Брехта. «Режиссёром я всё-таки стал не случайно, — замечает Захаров. — Просто никогда не мечтал о режиссёрской профессии, но когда соприкоснулся с ней, понял и ощутил себя человеком, имеющим к этой профессии некоторую генетическую и психическую предрасположенность».
В 1965 году Валентин Плучек предложил Захарову перейти из Студенческого театра МГУ в Театр Сатиры в качестве и актёра, и режиссёра одновременно. Однако Захаров отказался от актёрской деятельности. Его режиссёрским дебютом был спектакль по пьесе Е. Шварца «Дракон» (1966).
Настоящей сенсацией стала его постановка «Доходного места» по А. Н. Островскому. Украшением спектакля были замечательные актёрские работы А. Миронова, А. Папанова, Г. Менглета, Т. Пельтцер и других великолепных мастеров сцены.
Спектакль успели отыграть сорок раз, когда на просмотр приехала тогдашний министр культуры Екатерина Алексеевна Фурцева и сообщила, что ею в постановке обнаружены антисоветская направленность и общая режиссёрская деградация. Спектакль был запрещён.
Следующий спектакль Захарова — «Банкет» (1969) по пьесе А. Арканова и Гр. Горина постигла та же участь, что и предыдущий. Как говорит сам Марк Анатольевич, его режиссёрская судьба тогда повисла на волоске.
Помогло участие главного режиссёра Театра им. Маяковского Андрея Гончарова, который в 1969 году предложил Захарову поставить «Разгром» А. Фадеева. «Инициатива Гончарова, его помощь и поддержка очень многое значили для меня тогда, после того как мои спектакли были признаны глубоко и безнадёжно ошибочными», — скажет Захаров.
Премьера его собственной сценической версии «Разгрома» (пьеса была написана Захаровым совместно с И. Прутом) с Арменом Джигарханяном в главной роли состоялась в 1971 году. Однако и этот спектакль после одного-двух показов на публике постигла участь «Доходного места». Вдова Фадеева, знаменитая актриса Ангелина Степанова, позвонила секретарю ЦК КПСС по идеологии Михаилу Суслову и попросила его прийти на «Разгром». Он посмотрел спектакль и остался доволен. А на следующий день в «Правде» появилась статья о «большом идейно-политическом успехе театра и зрелой режиссуре М. Захарова».
«Разгром» шёл долгое время и имел большой успех как в СССР, так и во время зарубежных гастролей.
В 1973 году Захаров возглавил Московский театр имени Ленинского комсомола, позднее переименованный в Московский театр Ленком. В 1974 году в Ленкоме состоялась премьера спектакля «Тиль» по пьесе Григория Горина. Это было удивительное комедийное представление с элементами подлинной драмы и подлинной сатиры, как охарактеризовал его сам постановщик. Молодой Н. Караченцов на следующий день после премьеры проснулся знаменитым, а для И. Чуриковой началась новая сценическая биография. Спектакль пользовался огромной популярностью, ему восторженно аплодировали на всех сценических площадках, но особый успех он имел во время зарубежных гастролей в 1977–1978 годах в Польше, Болгарии, Чехословакии.
После успеха своей первой современной оперы «Звезда и Смерть Хоакина Мурьеты» (1976), написанной П. Грушко по мотивам произведений Пабло Неруды, Захаров вместе с композитором Алексеем Рыбниковым искал драматическую основу для новой работы в этом жанре. Поэт Андрей Вознесенский подарил им два сборника своих стихов, где в числе прочих была и поэма «Авось»… Так родился музыкальный спектакль, главные роли в котором исполняли Н. Караченцов, Е. Шанина, А. Абдулов, П. Смеян.
После громадного успеха спектакля «Юнона и Авось» (1981) нового руководителя Театра им. Ленинского комсомола вызвали в Московский горком партии. Захаров тогда отделался выговором, а «Юнона и Авось» и поныне один из самых посещаемых спектаклей Лейкома. Ему аплодировали зрители Парижа, Греции и США, Германии и Нидерландов.
Нина Лапшинова к тому времени приняла решение уйти со сцены и посвятить себя делам домашним. Тем более что у счастливых родителей подрастала дочь, известная в будущем актриса Александра Захарова. Кстати, Марк Анатольевич поначалу сомневался — брать дочь в свой театр или нет. На сборе труппы ситуацию разрешила старейшая ленкомовская актриса Елена Фадеева: «Дорогие, ну человек не взял к себе жену, которая всю жизнь мечтала играть в хорошем театре. Дочь-то надо нам взять?»
