Никита Сергеевич вспоминал: «Однажды, когда я был во Львове, Сталин позвонил мне и срочно вызвал в Москву. Шли последние месяцы 1949 года. Я ехал и не знал, что меня ждет. Могло возникнуть много неожиданных сюрпризов. Такая тогда была ситуация. Ехал я и не знал, зачем еду, куда и в каком положении буду возвращаться. Сходные переживания как-то выразил Булганин после обеда у Сталина, сказав мне: «Вот едешь к нему на обед вроде бы как другом, а не знаешь, сам ли ты поедешь домой или тебя повезут кое-куда». Он это произнес, будучи под крепким градусом. Но ведь что у трезвого в голове, то… Булганин отразил мысли многих, если не всех нас. Сложилась общая обстановка неуверенности в завтрашнем дне. Итак, выехал я в Москву. Сталин говорит: «Довольно вам на Украине сидеть. Вы там проработали много лет». «Да, 13 лет. Время мне уходить оттуда, хотя отношение ко мне там очень хорошее, и я благодарен всем людям, которые меня окружали и помогали мне в руководстве на Украине». «Мы хотим перевести вас в Москву. У нас неблагополучно в Ленинграде, выявлены заговоры. Неблагополучно и в Москве, и мы хотим, чтобы вы опять возглавили Московскую парторганизацию. Пусть Московская парторганизация будет опорой Центрального Комитета». Я ему: «Если Вы доверяете, то я сделаю все, что в моих силах, и охотно вернусь в Москву в качестве секретаря Московского комитета партии». «Нет, не только, вы будете здесь еще и секретарем ЦК».
Этот разговор состоялся как раз перед 70-летием Сталина. И он добавил: «Вы приезжайте ко дню моего рождения». Я и приехал к этому декабрьскому дню. Сдал дела на Украине, перебрался в Москву. Тут меня избрали секретарем МК, я начал работать по новой. Быстро увидел, что мой приезд в Москву противоречил предположениям Берии и Маленкова. У меня сложилось тогда впечатление, что Сталин (он этого не сказал мне), вызывая меня в Москву, хотел как-то повлиять на расстановку сил в столице и понизить роль Берии и Маленкова. Мне даже иногда казалось, что Сталин сам боится Берии, рад был бы от него избавиться, но не знает, как это получше сделать. Перевод же меня в Москву как бы противопоставлял нас, связывая Берии руки. Сталин, как мне казалось, хорошо ко мне относился и доверял мне. Хотя он часто критиковал меня, но зато и поддерживал, и я это ценил».
Вслед за Ленинградом Сталин провел чистку в Московской парторганизации. 20 октября 1949 года Сталину и членам Политбюро поступило письмо за подписью трех инженеров одного из московских заводов (впоследствии было установлено, что фамилии авторов письма вымышленные), где указывалось на серьезные недостатки в работе первого секретаря МК и МГК ВКП(б) Г.М.Попова.
По предложению Сталина была образована комиссия Политбюро ЦК в составе Г.М.Маленкова, Л.П.Берии, Л.М. Кагановича и М.А.Суслова для проверки указанных в письме фактов. По результатам проведенной проверки 12 декабря было принято постановление Политбюро ЦК «О недостатках в работе тов. Попова Г.М.». Там, в частности, отмечалось, что Московский комитет «проводит неправильную линию в отношении союзных министерств и министров, пытаясь подмять министров и командовать министерствами, подменять министров, правительство и ЦК ВКП(б)», что «МК и МГК ВКП(б), занимаясь в основном хозяйственными делами, не уделяют должного внимания вопросам партийно-политической и внутрипартийной работы».
Пленум МК и МГК ВКП(б), состоявшийся 13–16 декабря, признал, что ЦК «правильно и своевременно вскрыл крупные недостатки в работе Попова и бюро Московского областного и городского комитетов партии». Пленум осудил также «беспринципную позицию секретарей и членов бюро, зажим критики и самокритики, грубые нарушения отдельными руководителями государственной и партийной дисциплины, серьезные ошибки в работе с кадрами». Попов был освобожден от занимаемой должности. Вот тогда Сталин и вызвал в Москву Хрущева, который накануне Нового года был вполне предсказуемо избран первым секретарем МГК.
Стоит заметить, что по сравнению с Вознесенским и его товарищами, расстрелянными 1 октября 1950 года, Георгий Михайлович Попов, можно сказать, отделался легким испугом. Его лишь вывели из состава Оргбюро и освободили от обязанностей секретаря ЦК ВКП(б). Попов был назначен министром городского хозяйства, затем министром сельскохозяйственного машиностроения, а в 1952 году стал директором авиазавода. Все это доказывает, что никаких политических прегрешений за ним не было, и освободили его от обязанностей главы московских коммунистов только для того, чтобы освободить место для Хрущева.
Никаких прямых и ясных указаний на то, кого именно он мыслил своим наследником, Сталин, разумеется, не оставил. Прежде всего потому, что умер внезапно. Хотя, может быть, отчасти и из соображений безопасности, чтобы не провоцировать вспышки борьбы за власть в своем окружении. Ведь как названный преемник, так и те, кого преемником не назначили, могли попытаться сыграть свою игру и устранить Сталина, первый – чтобы приблизить свой приход к власти, вторые – чтобы не допустить во власть названного преемника и самими стать сталинскими наследниками, даже ценой убийства генералиссимуса.
В последние месяцы жизни Сталина над Берией, как казалось, нависла новая угроза. В Грузии расследовалось дело так называемой «мингрельской националистической группы», будто бы возглавляемой секретарем ЦК КП(б) Грузии М. Барамия, сфальсифицированное органами МГБ Грузии по команде из Москвы. Группа обвинялась в подготовке ликвидации советской власти в Грузии с помощью империалистических государств, с обвинениями во взяточничестве и национализме части грузинского партийного аппарата.
В ноябре-декабре 1951 года были приняты постановления ЦК ВКП(б) «О взяточничестве в Грузии и об антипартийной группе т. Барамия» и Совмина СССР «О выселении с территории Грузинской ССР враждебных элементов», после чего 37 партийных и советских работников Грузии было арестовано, а более десяти тысяч человек высланы с территории Грузинской ССР в отдаленные районы Казахстана. Осуществлять эти меры было поручено Берии. Но новое руководство МГБ Грузии стало собирать компромат на Лаврентия Павловича.
4 февраля 1953 года министр госбезопасности С.Д. Игнатьев направил Сталину протоколы допросов арестованного министра госбезопасности Грузии Н.М.Рухадзе.
Материалы допросов свидетельствовали о том, что Рухадзе собирал компрометирующие материалы не только на руководителей республики, но и на самого Берию. В квартире у матери Берии в Тбилиси была установлена подслушивающая аппаратура, также МГБ «разрабатывал» казавшиеся подозрительными связи мужа сестры Берии. После смерти Сталина Берия освободил и реабилитировал арестованных членов «мингрельской группы» и вернул в Грузию тысячи ссыльных.