Покончив с заговором, Колумб отправился сам для исследования острова, причем строго наблюдал, чтобы люди отряда, бывшего с ним, не причиняли ни малейшего насилия индейцам. Это послужило причиною того, что индейцы охотно приносили испанцам золото в обмен на разные безделушки и указывали его месторождения. Пользуясь этими указаниями, Колумб положил начало разработке золотоносных пород и основал здесь новую колонию Святого Фомы, которую соединил дорогой с Изабеллой.
Когда, по окончании должных работ, Колумб вернулся в Изабеллу, он нашел здесь самое печальное положение вещей. Множество колонистов лежали больными. Съестные припасы были на исходе, но никто не хотел работать, чтобы добыть новые. Дисциплина совершенно исчезла. Пример неповиновения показывали гражданские и духовные чиновники, особенно наместник папской власти в Новом Свете. Не хватило муки, а работать на ручных мельницах, единственных бывших в распоряжении колонии, никто не хотел. Чтобы спасти колонистов от голода, Колумб стал принуждать их работать на мельницах и в поле; но так как большинство приехавших трутней, несмотря на свое нищенство, называли себя «благородными идальго», то они считали ручной труд унизительным для себя, хотя труд этот был необходим для спасения их самих от голода. Таким образом, недовольство против Колумба все росло.
При таких условиях производить дальнейшие открытия для Колумба было крайне затруднительно; но он видел в этом свою главную задачу и потому, как только привел несколько в порядок дела на Гаити, тотчас же выступил в море на трех из своих кораблей, передав власть над Гаити административному совету под председательством своего брата Диего. Это путешествие заняло пять месяцев, в течение которых великий мореплаватель обследовал остров Куба и открыл острова Ямайка, Пуэрто-Рико и множество других, более мелких. Исследования Колумба были прекращены странной болезнью, овладевшей им: он потерял способность видеть, чувствовать и двигаться и лежал неподвижным, подобно трупу. В таком виде спутники привезли его на Гаити. Здесь Колумб очнулся, и первое лицо, которое он увидел, было лицо его брата Варфоломея. Тот, отправившись в 1484 году по поручению брата в Англию, был взят в плен морскими пиратами и получил свободу, только отдавши все, что имел с собою и на себе. Высаженный на английском берегу, он вел совершенно нищенскую жизнь и лишь с величайшим трудом мог заработать деньги на переезд в Испанию. Здесь Варфоломей узнал об открытии Нового Света и о том, что его брат отправился снова в открытые им страны. Он обратился через своих племянников к королеве Изабелле с просьбою помочь ему примкнуть к брату, и она сделала его начальником над тремя кораблями, которые в это время отправлялись на Гаити с припасами для колонии.
Радость свидания с братом немедленно же должна была уступить место глубокому горю, когда Колумб узнал, в каком печальном виде находятся дела на Гаити. Лишь только Варфоломей прибыл на остров, начальник военных сил испанцев и папский наместник завладели приведенными им кораблями и уехали в Испанию с частью колонистов. Оставшиеся не хотели повиноваться Диего и чинили самые ужасные насилия над индейцами. Последние восстали против угнетателей, и испанцам грозило поголовное истребление.
В это время к Колумбу явился его старый друг Гваканагари. Он остался верен испанцам, хотя они не заслуживали того, и не только не принимал участия в нападениях на них, но давал еще убежище больным, раненым и преследуемым пришельцам. За это другие касики острова считали его изменником и объявили ему войну, как и испанцам. Несколько членов его семьи были убиты врагами; это озлобило Гваканагари, и он явился к Колумбу, чтобы предложить ему тесный союз против остальных касиков. Пользуясь услугами Гваканагари, Колумб вступил в переговоры с индейцами, обещая им защиту от насильственных действий испанцев. Этим путем ему удалось убедить одного из касиков стать в нейтральное положение. В то же время начальник военных сил испанцев на острове Ойеда взял в плен самого воинственного из касиков и разбил войско другого касика. Благодаря всему этому, восстание индейцев прекратилось, и Колумб получил возможность обратиться к мирным заботам о преуспевании колонии.
Между тем враги Колумба, папский наместник и бывший начальник военных сил на Гаити, прибыли в Испанию и обратились к двору с жалобами на Колумба, причем позволяли себе всевозможную клевету на его счет. Они обвиняли Колумба в жестоком и несправедливым обращении с испанскими колонистами, в том, что он унижает лучших между ними, чтобы возвысить себя и своих братьев, что он обманывает короля и королеву, выдавая открытые им страны за богатые, тогда как они жалкие и бедные, что даже те немногие богатства, которые можно найти там, он обращает в свою пользу, что он, например, утаил корону из золота, полученную им от одного из касиков, и так далее.
Изабелла отказалась верить всем этим обвинениям, но Фердинанд понимал, что здесь представляется случай отделаться от Колумба, и убедил свою жену в необходимости послать на Гаити особенного комиссара, который проверил бы жалобы, привезенные на Колумба, так как это необходимо в его же интересах, дабы на его имени не оставалось и тени подозрения. Изабелла согласилась на это и тотчас же назначила полномочного комиссара. Это был знатный гранд Агуадо. В официальных инструкциях ему поручалось только проверить жалобы на Колумба, соблюдая по отношению к адмиралу величайшую деликатность; но в тайной аудиенции, данной Агуадо Фердинандом, последний рекомендовал ему менее всего церемониться с Колумбом и, если можно, то возвести на него какое-нибудь обвинение и отнять у него власть.
Агуадо явился на Гаити в сентябре 1495 года с четырьмя кораблями. Колумб в это время находился внутри острова, а в Изабелле оставался его брат Варфоломей. Агуадо отнесся с величайшим презрением к наместнику Колумба и, не обращая никакого внимания на него, стал производить допросы колонистов, относясь сурово к тем, кто не давал нужных ему показаний, причем даже заключал их в тюрьму. Когда Варфоломей потребовал от Агуадо предъявления его полномочий, он отказался показать ему свои грамоты, но торжественно прочитал их в церкви в присутствии всей колонии. Полномочия эти были составлены в самых неопределенных выражениях и при желании могли быть истолкованы в самом широком смысле. Так как большая часть колонистов была недовольна Колумбом за его заботу об индейцах и запрещение вымогать от них золото, то полномочия Агуадо были приняты в самом распространенном толковании; все стали смотреть на Агуадо как на главного начальника, и ему нетрудно было найти свидетелей против Колумба, возводивших на него самые невероятные обвинения. Когда Колумб возвратился, Агуадо разыгрывал роль диктатора. К Колумбу он отнесся не только без всякой деликатности, но с величайшей наглостью и грубостью. Он надеялся задеть самолюбие Колумба и вызвать с его стороны какое-либо рискованное действие, которое дало бы Агуадо повод принять против него насильственные меры. Но Колумб спокойно перенес все грубые выходки Агуадо, видя в нем представителя короля и королевы.
