В X–XIV веках судьба императорской династии Японии оказалась в руках трех родственных семей: Тайра, Минамото и Ходзё. Первый из упомянутых кланов был наиболее близок императору, потому и сумел прибрать к рукам все ключевые должности в правительстве и при дворе. Позднее род Минамото вытеснил соперников с занимаемых позиций, когда после кровавой войны между этими двумя кланами победители основали новую форму государственного правления — сёгунат (военное правительство). После того, как глава клана Минамото получил от тэнно титул сёгуна и под его началом оказались все феодалы Японии со своими самураями и землями, власть самого императора превратилась в фикцию. Исправить положение попробовал 96-й император — Го-Дайго (1288–1339; правил в 1318–1339 годах), который хотел во что бы то ни стало вернуть себе полномочия, принадлежавшие некогда тэнно. До коронации носивший имя принца Такахару, он впервые за долгие века японской истории вступил на престол совершеннолетним. Когда его отец Го-Уда (1267–1324) в 1321 году целиком посвятил себя делам религии, молодой император решил, что настало время взять управление страной в свои руки, избавившись от чересчур активных опекунов в лице многочисленных регентов, экс-императоров и феодалов. Свое стремление навести, наконец, порядок в стране он продемонстрировал уже тогда, когда выбирал себе посмертное имя. Такахару вспомнил о «золотом веке» своей династии, который совпал со временем правления императора Дайго (885–930). Поэтому он выбрал имя Го-Дайго, что значит «последователь Дайго».
Для начала новый монарх отдалил от себя наследственных аристократов и с охотой обратился за помощью к не столь родовитым, но куда более способным и талантливым людям. В 1319–1322 году Го-Дайго провел серию экономических реформ и заставил правительство гибко управлять финансовой обстановкой при помощи налогообложения. Благодаря этому Го-Дайго смог установить полный контроль над столицей империи Киото и прилегающими областями.
В 1324 году сёгунские власти раскрыли заговор, который организовал император. Косвенные данные указывали на это достаточно ясно. Однако тэнно послал сёгуну письмо, в котором отрицал свою причастность к этому заговору. Заявлению Го-Дайго поверили, а заговорщики даже не понесли серьезного наказания. В Японии тем временем прокатилась волна восстаний против правительства сёгунов Минамото.
После того, как в 1326 году внезапно скончался наследный принц Куниёси, его место, невзирая на протест императора, занял представитель другой линии династии, Кадзухито (впоследствии — император Когон). Тогда Го-Дайго снова прибег к заговору против сёгуна, который возглавил лично. Когда феодалы раскрыли намерения монарха в 1331 году, он, забрав с собой священные реликвии, дававшие право на Хризантемовый трон, бежал в провинцию Кавати под защиту полководца Кусуноки Масасигэ. Началась гражданская война.
Го-Дайго потерпел поражение и, плененный, был вынужден отдать священные реликвии новому императору — Когону. Но, даже будучи выслан на острова Оки, он отказался признать власть своего преемника. В Японии возникло партизанское движение, во главе которого стали сын пленного императора, принц Мориёси (бывший настоятель храма Энрякудзи на горе Хиэй) и Кусуноки Масасигэ. Военные успехи мятежников были столь значительны, что волнения охватили всю страну. Го-Дайго смог вернуться из ссылки и в 1333 году сам возглавил восстание.
Военные действия велись против клана Ходзё, к тому времени уже более века фактически управлявшего государством за спиной сёгунов Минамото. В том же 1333 году командующий армией сёгуната Асикага Такаудзи в решающий момент принял сторону Го-Дайго и захватил Киото. Одновременно еще один бывший полководец сёгуна, Нитта Ёсисада, взял приступом Камакуру. Вслед за этим весь дом Ходзё и его многочисленные вассалы совершили сэппуку (ритуальное самоубийство). Го-Дайго снова занял трон Японии, после чего произвел кардинальные перестановки в правительстве, приступил к земельной реформе и раздаче наград. Однако тэнно повел неверную политику относительно самураев: значительно урезал права и привилегии этих воинов, что сильно подорвало его авторитет. К тому же, при переделе земель было допущено слишком много ошибок, что привело к ужасной путанице.
Император провел также ряд административных реформ. Органы государственной власти комплектовались как из аристократов, так и из военных. Назначая военных и гражданских губернаторов, император сумел на некоторое время установить контроль над всей Японией, однако этот шаг привел к обострению противоречий между правителями отдельных провинций. Предпринял Го-Дайго и ряд мер по реформированию финансовой политики и отношений с религиозными институтами. Принятие правительством такого множества новых решений усилило неразбериху и вызвало недовольство военных.
Асикага Такаудзи тем временем стал признанным авторитетом в правительстве и в среде самураев. Чтобы воспрепятствовать возвышению этого военачальника, Го-Дайго присвоил самый высокий воинский титул принцу Мориёси. Тот открыто конфликтовал с Такаудзи, и уже через несколько месяцев император под давлением военных отменил свое решение и позволил арестовать сына. Это не помогло Го-Дайго удержаться на троне. В Японии снова вспыхнули восстания, но уже в поддержку Асикага Такаудзи. Тот удалился от императорского двора, а затем нанес поражение войскам верного императору Нитта Есисада. Войдя победителем в Камакуру, Асикага Такаудзи провозгласил себя сёгуном. В 1336 году он возвел на трон своего протеже — императора Комё.
Го-Дайго ничего не оставалось, как уйти вместе с небольшим количеством своих сторонников в горы Ёсино, где был основан так называемый Южный двор. А в Киото тем временем находилось правительство, контролируемое новым сёгуном — Северный двор. Противостояние между двумя центрами власти продолжалось с 1337 по 1392 год, когда Южный двор окончательно пришел в упадок и прекратил свое существование. Сам Го-Дайго покинул трон в 1339 году, оставив его своему сыну Го-Мураками (1328–1368). Отрекшийся правитель скончался на следующий день после отречения.
В течение нескольких столетий императоры Страны восходящего солнца обладали не более чем видимостью власти, были своеобразным символом, данью традиции. Естественно, они не один раз пытались изменить ситуацию, но безуспешно, тем более что эпоха Сэнгоку-дзидай подарила Японии властных и талантливых полководцев и правителей — Ода Нобунага (1534–1582) и Тоётоми Хидэёси (1536–1598). По сравнению с ними номинальные правители Японии казались не более чем бледными тенями. А Токугава Иэясу (1542–1616) основал династию сёгунов и мощнейший в истории Японии военно-феодальный режим, на 250 лет похоронивший надежды императорской династии возвратить себе реальную власть.