По возвращении в Макарака, в октябре 1877 года, Юнкер проследил водораздел между притоками Нила и Уэле немного дальше к западу от уже разведанного им участка. Он побывал в районе истоков Роа (известной здесь под названием Мариди) и Тонджа и с расстояния в несколько десятков километров повидал высящуюся у истоков Суэ (Джура) гору Бангензе, легко узнав ее по описанию Швейнфурта.
Последний важный этап путешествия Юнкера был связан с его участием еще в одной египетской военной экспедиции – на этот раз к югу от Макарака, в область Калика. В этом походе в ноябре 1877 – январе 1878 года он поднялся вверх по долине Ей почти до самых ее истоков, пересек водораздел и углубился в район истоков Кибали-Уэле. «Я находился у Кибби, истока реки Уэле и, таким образом, достиг долгожданной цели. Мне суждено было войти в области, в которых еще не ступала нога белого человека, и обогатить наши сведения об Африке… В самых южных пунктах, достигнутых нашей экспедицией… я видел далеко на юге, на расстоянии 30–40 км, горные цепи, у которых, вероятно, находятся истоки Кибби-Кибали-Уэле».
Тем самым было подтверждено предположение Швейнфурта о том, что Уэле берет начало в горах к западу от озера Альберт.
В сентябре 1878 года Юнкер вернулся в Петербург. Основные результаты трехлетнего путешествия в Африку были доложены им в начале 1879 года на заседании Русского географического общества и в том же году опубликованы в его «Известиях». Статьи и картографические материалы Юнкера печатались также в немецких географических журналах, главным образом в «Сообщениях Петерманна».
Вывезенная Юнкером из Африки богатая этнографическая коллекция была подарена им Российской академии наук.
В октябре 1879 года Юнкер вновь ступил на африканскую землю в Александрии, чтобы отправиться во второе путешествие, в Центральную Африку. «Моя цель, – пишет он, – состояла в исследовании стран, орошаемых рекой Уэле, и в определении течения этой реки возможно далее на запад». Юнкера сопровождал в качестве помощника уже бывавший в тех краях немец Фридрих Бондорф.
Добравшись по Нилу и Бахр-эль-Газалю до Мешра-эр-Рек, Юнкер выступил отсюда в марте 1880 года в направлении на Дем-Солиман (Дейм-Зубейр) – главной египетской станции в западной части бассейна Бахр-эль-Газаля, а из Дем-Солимана двинулся на юг, в область расселения азанде. Вождь азанде Ндорума, никогда не видевший европейцев, лично вышел ему навстречу с приглашением побывать у него в гостях.
Вскоре Юнкер оставил позади территорию, известную по описаниям Швейнфурта, и вступил в неисследованную область. Путь его проходил вдоль водораздела Нил – Конго, сначала по нильской, затем по конголезской его стороне. «Эта гидрографическая граница, – пишет Юнкер, – была для меня исключительно достопримечательна. Во время моего путешествия по Макарака я впервые в области негров мунду, а позже и в Калика, переходил через принадлежащие бассейну Конго притоки. Конечно, я и теперь еще не подозревал, что Уэле-Макуа в конце концов повернет к Конго. Теперь я мог здесь на западе приближенно установить линию раздела обеих наибольших систем рек». В непосредственной близости к водоразделу находилась и резиденция Ндорумы, расположенная в истоках реки Уэре (Вере), правого притока Уэле. Здесь Юнкер основал постоянную базу для будущих путешествий.
С августа по декабрь 1880 года русский исследователь совершил свой первый большой маршрут в бассейне Уэле. Из района верховьев Уэле он направился на юг, пересек бассейн другого правого притока Узле, Гурбы, и вышел к Уэле близ устья открытой Швейнфуртом Мбруоле (Бвере). Переправившись на южный берег Уэле, Юнкер проследил эту реку на значительное расстояние вверх по течению и дошел до египетской станции Тангази в землях мангбету; в дальнейшем, вновь переправившись через Уэле, он вернулся на свою базу у Ндорумы по большой, выпуклой к востоку дуге, через бассейны правых притоков Уэле – Дуру, Капили, Бвере и Гурбы. В январе 1881 года Юнкер вновь отправился к Уэле и обследовал район большой излучины, которую делает эта река ниже впадения Гурбы. Конец 1881-го и первую половину 1882 года русский путешественник провел в маршрутах к югу от Уэле, главным образом в бассейне ее крупнейшего левого притока Бомоканди; неоднократно переправляясь через эту реку, он заснял несколько участков ее течения, равно как и ряд ее притоков. В своем последнем большом исследовательском маршруте к югу от Уэле Юнкер прошел далеко на юг от Бомоканди и 6 мая 1882 года открыл текущую на запад реку Непоко.
Пока Юнкер странствовал к югу от Уэле, Бондорф по его поручению основал новую базу в верховьях Мбому, во владениях вождя азанде Земио, с которым русский исследователь уже встречался и который давно приглашал его к себе; туда было доставлено все экспедиционное имущество, находившееся ранее у Ндорумы. Туда же в конце сентября 1882 года прибыл с берегов Уэле и сам Юнкер.
В декабре 1882 года Юнкер выступил со своей новой станции в южном направлении, пересек междуречье Мбому и Уэле (посетив по пути истоки Били, левого притока Мбому) и в январе следующего года вновь побывал на берегах Уэле у селения Багбинне – на том участке, где в нее впадают правый приток Уэре (Вере) и левый – Мбима (Бима). Вернувшись к Били, он двинулся параллельно ее долине на запад, затем отклонился к юго-западу и в конце февраля 1883 года еще раз вышел к Уэле у зерибы Абдалла, на траверсе острова Мутему; это селение явилось крайним западным пунктом его путешествия. Не найдя возможности продолжить путь вниз по долине Уэле, Юнкер повернул назад и в начале мая 1883 года возвратился к Земио; на последнем участке своего кругового маршрута он смог ближе познакомиться с гидрографической системой Мбому, в частности с ее правыми притоками Шинко и Варра.
Бондорф, которому Юнкер поручил транспортировку собранных коллекций в Европу, к тому времени находился уже на пути в Египет. Этот путь, однако, оказался крайне затруднен вспыхнувшим в провинции Бахр-эль-Газаль восстанием племен динка против египетского владычества. В конце концов Бондорфу удалось, преодолев массу препятствий, добраться до Египта, но все экспедиционные коллекции пропали. Доставленные Бондорфом в Европу картографические материалы Юнкера, относящиеся к первым этапам его путешествия, были опубликованы в «Сообщениях Петерманна» за 1884 год; в том же журнале увидели свет (в 1885 году) отчет самого Бондорфа и карта, составленная по данным его собственных съемок.
В ноябре 1883 года Юнкер направился на восток, в Ладо, куда и прибыл в начале следующего года; на этом переходе он познакомился с районом истоков Мбому, а затем, перейдя водораздел Нил – Конго во владениях Ндорумы, пересек район истоков Суэ и вышел на свою старую дорогу через область Макарака. Путь на север по-прежнему был отрезан восстанием, и в ожидании развития событий путешественник провел на берегах Бахр-эль-Джебеля целых два года.
