Один из чудом оставшихся в живых, Дмитрий Билык, вспоминал: «До момента спасения нас японцами, вместе со мной в трюме было 7 человек, но японцы вытащили нас только четверых, а трое остались внутри, хотя я говорил им об оставшихся. Почему их не вытащили, я не знаю. Извлекали нас из трюмов следующим образом: в борту прорезали автогеном отверстие и подавали веревку с петлей, в которую мы садились и нас тянули наверх. Сами японцы в трюмы не спускались». От длительного пребывания в холодном трюме, заполненном ледяной декабрьской водой, у Билыка оказались обморожены ступни, которые позже пришлось ампутировать. Инвалидами стали и другие.
Спасенных доставили в японский порт Отару и разместили под охраной в здании городской управы. На чужой земле им предстояло провести 10 дней.
Потерпевших кораблекрушение советских людей японцы приняли в целом достаточно радушно. Промокшим и оборванным была предложена чистая и сухая одежда, организована доставка сигарет и продуктов питания. Поступали и различные подарки. Однако, по приказу капитана Лапшина, от подношений «японских фашистов» пассажиры «Индигирки» отказывались. Но бывшие уголовники не поддавались какому-либо управлению и вели себя вызывающе. Бывшие карманники начали заниматься своим ремеслом еще на лежащей на боку «Индигирке» и продолжали своей промысел и на японской земле. Когда же японцы приносили коробки с папиросами, толпа уголовников, устроив давку, с жадностью набрасывалась на них. Такие моменты с удовольствием фотографировали местные корреспонденты.
С первой минуты появления 428 русских в Отару они оказались под постоянным надзором японской полиции и спецслужб. Каждый из спасенных был сфотографирован и обыскан, после чего более 150 человек подверглись тщательному опросу. Японцы интересовались количеством расквартированных в районе Нагаево воинских частей, аэродромов и находящихся на них самолетов, количеством причалов нагаевской бухты, промышленным строительством на Колыме.
Особый интерес со стороны японских спецслужб был проявлен к инженеру-механику «Дальстроя» Николаю Дорошенко, командированному с Колымы на оборонные предприятия Москвы, Ленинграда, Горького и Хабаровска для заключения договоров. Их интересовала вся инфраструктура нагаевской бухты, план которой они просили нарисовать. Был задан ряд других вопросов, в т. ч. о численности местных аппаратов НКВД и милиции.
О том, как проходила процедура допроса позже рассказал матрос «Индигирки» Александр Роскин: «Полиция сначала угощала чаем с шоколадом, а потом спрашивала численность армии, сколько самолетов, подводных лодок, торпедных катеров и, одновременно, предлагала остаться в Японии. Нам говорили, что здесь мы будем большими начальниками…»
Подобный интерес к советским гражданам легко объясним. В 1939 году Япония и СССР хоть и не разрывали дипломатических отношений, но находились в состоянии близкой войны. К тому же только четыре месяца назад завершился вооруженный конфликт на реке Халхин-Гол, в ходе которого японские войска потерпели сокрушительное поражение. Поэтому спецслужбы страны восходящего солнца использовали любую возможность и любые средства, чтобы получить хоть какие-нибудь разведданные о своем геополитическом противнике.
Так, например, поняв, что большинство спасенных ими пассажиров «Индигирки» являются бывшими уголовниками-рецидивистами, работавшими на советских стройках стратегического значения, японцы организовали «особый подход» к ним: в обмен на нужную информацию их снабжали игральными картами, спиртными напитками, фруктами.
Однако у остальных пассажиров и членов экипажа такое поведение японской полиции вызвало гнев возмущения. Многие из допрошенных обратились с заявлениями протеста к прибывшему вскоре советскому консулу. «Считаю своим гражданским долгом довести до Вашего сведения, — сообщал в своем заявлении, написанном в духе того времени, Исаак Айзенберг, — что в числе многих вызванных на допрос 17 декабря 1939 года был и я. Группой японцев, одетых в штатское и говорящих на русском языке, мне был задан ряд вопросов: бывал ли я за границей, где родился, кем работал в Дальстрое, бывал ли на Камчатке, много ли красноармейцев в Магадане, есть ли там авиация, женат ли я и каково мое образование. На все эти вопросы я отвечал так, как подобает отвечать советскому гражданину, случайно попавшему за границу: «Ничего не знаю, ничего не видел». Врал на каждом шагу».
23 декабря в порту Отару причалил советский пароход «Ильич», на котором спасенных с «Индигирки» людей вывезли во Владивосток.
По прибытии на родную землю все уголовники, учинившие грабеж на тонущем судне, были осуждены. В следственном изоляторе Приморского краевого управления НКВД оказались также капитан судна Н. Л. Лапшин, старший помощник Т. Н. Крищенко, второй помощник В. Л. Песковский и начальник конвоя И. П. Копичинский. Капитану и второму помощнику вменялось в вину нарушение правил судовождения, повлекшее тяжкие последствия, кроме того Лапшин обвинялся в том, что покинул корабль в момент, когда в полузатопленных трюмах еще находились живые люди. Обвинения в адрес старпома Крищенко касались необеспечения «Индигирки» спасательными средствами, что непосредственно входило в его должностные обязанности. Начальнику конвоя ставилось в вину незнание общего количества заключенных на борту, слабый инструктаж конвоиров, а также чрезмерное увлечение самоспасением. Надо сказать, что следствие и суд, в отличие от установившейся в 30-е годы практики беззакония, протекали по всем правилам, с привлечением адвокатов, экспертов и многочисленных свидетелей.
10 апреля 1940 года во Владивостоке началось заседание военного трибунала тихоокеанского бассейна, на процессе, длившемся четыре дня, Лапшин и Песковский в целом свою вину в гибели «Индигирки» признали, а Крищенко и Копичинский от обвинений в свой адрес отказались. Тем не менее по приговору трибунала капитан Н. Л. Лапшин был осужден к расстрелу, В. Л. Песковский и И. П. Копичинский получили по 10 лет лагерей, а старпом Т. Н. Крищенко — 5 лет.
Решать судьбу затонувшей «Индигирки» на пароходе «Свердловск» в Японию отправилась специальная правительственная комиссия в составе 7 человек, которая прибыла в порт Отару 5 января 1940 года. С помощью водолазов ЭПРОН (Экспедиции подводных работ особого назначения) судно было тщательно обследовано, а из трюмов извлечены остававшиеся там трупы пассажиров. Причем за все услуги, оказанные японской стороной советской комиссии в виде транспорта, водолазного оборудования и другого снаряжения, японцы взимали достаточно высокую плату наличными. По результатам работы комиссии, с учетом полученных «Индигиркой» повреждений, было признано экономически нецелесообразным ее подъем и восстановление.
