Хотя лозунги Троцкого получили широкую поддержку в студенческой среде, наиболее мощной силой в движении «Сорока шести и одного» являлась армия, руководство которой Троцкий упорно не выпускал из рук. В конце декабря 1923 года начальник Политуправления Красной Армии В.А. Антонов-Овсеенко дал указание о проведении конференции коммунистических ячеек высших военно-учебных заведений и направил в армейские организации циркуляр № 200, в котором предписывал изменить систему партийно-политических органов Красной Армии на основе положений «Нового курса». В ответ на требование политбюро отозвать этот документ Антонов-Овсеенко направил 27 декабря письмо с угрозами в адрес партийного руководства. 28 и 29 декабря Троцкий опубликовал в «Правде» материалы с пропагандой своей интерпретации «Нового курса». В эти дни Антонов-Овсеенко заявлял, что бойцы Красной Армии «как один» выступят за Троцкого. От этих заявлений и действий веяло угрозой военного переворота.
Зиновьев, который весной 1921 года сделал немало для того, чтобы события в Кронштадте приняли острую и драматичную форму, и тем самым повлиял на ход внутрипартийной борьбы, и на сей раз предлагал пойти на крайние меры, требуя арестовать Троцкого. Хотя это предложение было отвергнуто, лидеры партии приняли действенные меры для отстранения от власти наиболее энергичных сторонников Троцкого в руководстве Красной Армии. По решению оргбюро ЦК циркуляр Политуправления был отменен, Антонов-Овсеенко снят с занимаемой должности, а на его место 12 января был назначен А.С. Бубнов, который к этому времени отошел от поддержки «платформы 46». За день до этого, 11 января, в отставку был отправлен заместитель Предреввоенсовета с октября 1918 года Эфраим Склянский.
Тем временем политическая кампания против оппозиции охватила все парторганизации. Члены ЦК выступали в различных городах страны с осуждением «платформы 46» и позиции Троцкого. После того как письмо Троцкого «Новый курс» стало достоянием гласности, члены Политбюро решили, что более скрывать разногласия внутри руководства не имеет смысла. В статье «О дискуссии, о Рафаиле, о статьях Преображенского и Сапронова и о письмах Троцкого», опубликованной в «Правде» 15 декабря, Сталин объяснял цель письма Троцкого: «дипломатически поддержать оппозицию в ее борьбе с ЦК партии, под видом защиты резолюции ЦК… Троцкий состоит в блоке с демократическими централистами и частью «левых» коммунистов – в этом политический смысл выступления Троцкого».
Полемические бои шли под знаком явного перевеса над оппозиционерами. XIII партконференция констатировала полную победу над оппозицией в ходе двухмесячной дискуссии. В то же время в своем докладе Сталин косвенным образом признал, что даже без открытого участия Троцкого в полемике на стороне оппозиции многие парторганизации выражали ему поддержку. Как это часто бывает в ходе массовой и назойливой кампании осуждения, направленной против одного человека, люди готовы защитить «травимого» часто из чувства солидарности с одиночкой, особенно если он окружен ореолом былой славы и имеет репутацию борца за правду. Сталин упомянул, что ряд парторганизаций добавляли к резолюциям одобрения Политбюро «некий хвостик, скажем, такой: да, все у вас хорошо, но не обижайте Троцкого». Отвечая на эти «хвостики», Сталин заявил: «Я не поднимаю здесь вопроса о том, кто кого обижает. Я думаю, что если хорошенько разобраться, то может оказаться, что известное изречение о Тит Титыче довольно близко подходит к Троцкому: «Кто тебя, Тит Титыч, обидит? Ты сам всякого обидишь». Конференция подавляющим большинством голосов приняла резолюции, которые поддерживали курс Политбюро.
Одновременно было принято решение пополнить ряды РКП(б) не менее 100 тысячами представителей рабочего класса и закрыть прием в партию выходцам из непролетарских слоев населения. Прием в партию 240 тысяч рабочих с 15 февраля по 1 октября 1924 года в ходе «ленинского призыва» изменил социальный состав партии. Процент рабочих увеличился с 44 до 60. Соответственно уменьшилась доля «непролетарских элементов».
Позже Троцкий, отмечая утрату своей популярности в рядах партии после начала «ленинского призыва», утверждал, что новые члены партии были заражены антисемитизмом. Это объяснение широко распространено, а американские историки М. Фейнсод и Д. Хаф даже утверждали, что национальность Троцкого «стала особенно большим препятствием для него, когда сотни тысяч рабочих вступили в партию». Может создаться впечатление, что в 1924 году в ВКП(б) принимали участников еврейских погромов, а в числе инициаторов «ленинского призыва» были не Зиновьев и Каменев, а Гитлер и Штрейхер.
В то же время нет сомнения в том, что прием новых членов из рабочего класса и меры против приема выходцев из непролетарских слоев населения означали ослабление позиций тех лиц еврейской национальности, которые были далеки от большевизма до октября 1917 года, но присоединились к правящей партии в период «забастовки чиновников» или восприняв пребывание Троцкого у власти как торжество иудаизма. Те, кто видел в правящей коммунистической партии победу «красного иудаизма», рассматривали Троцкого не как пролетарского, а как национального вождя и поэтому особенно рьяно защищали его в ходе дискуссии. В то же время многие из активных противников троцкизма были лица еврейской национальности, а поэтому говорить о том, что истинной подоплекой дискуссии был еврейский вопрос – нелепо.
Но главная угроза Троцкому в приеме новых членов партии состояла в том, что он давно был оторван от рабочего класса страны, был чужд его чаяниям, презирал культуру народа. Вступление же в партию тех, кто до сих пор был занят активной созидательной работой, приближало РКП(б) к наиболее активной, динамичной части народа, создавало в ней иммунитет от авантюристических планов мировой революции во имя Соединенных Штатов Европы, которые были главными для Троцкого.
Троцкого не было на заседаниях конференции, а 18 января, выполняя советы врачей, он отправился в Грузию. Троцкий находился в Тбилиси, когда он получил сообщение о смерти Ленина. В своем неучастии в похоронах он позже обвинил Сталина, утверждая, что тот ему якобы телеграфировал о том, что похороны Ленина состоятся через день после его кончины. Документально это не подтверждено. В любом случае Троцкий мог направиться в Москву, чтобы, хоть и с опозданием, присоединиться к выражению всеобщей скорби по поводу смерти Ленина.
Как вспоминал Микоян, «еще в 1923 г. начали летать самолеты гражданской авиации. Тогда у нас работала также германская воздушная компания «Люфтганза». В частности, ее самолеты были в Ростове». По мнению Микояна, Троцкий «мог бы использовать и военный самолет для такого экстренного случая – долететь на нем до Ростова или Харькова, а оттуда поездом – и успеть». Отказ Троцкого сделать все возможное для вылета в Москву показался Микояну «возмутительным, характеризующим его личность с самой отрицательной стороны». Даже сыновья Троцкого в письмах в Сухуми выражали свое недоумение его решением.
