В декабре 1872 года в залив Астролябия зашел русский клипер «Изумруд» под командой Кумани. Папуасы проводили «Тамо-руса» грохотом барумов – длинных папуасских барабанов.
По ходу плавания на «Изумруде» Миклухо-Маклай получил возможность изучить народы Молуккских островов. Он совершает кратковременные экскурсии в Минахасу на острове Целебес (Сулавеси), побывал в Тидоре – столице одного из султанств на одноименном острове.
Воспользовавшись заходом «Изумруда» в Манилу, путешественник 22 марта 1873 года вместе с проводником плывет в лодке рыбака через обширный Манильский залив. После ночлега в деревне он идет в Лимайские горы и на краю лесной поляны находит наклоненные пальмовые щиты. Под ними укрывались от зноя или непогоды бродячие чернокожие негритосы, тайна происхождения которых еще не была разгадана учеными. Рост их не превышал 1 метра 44 сантиметров. Недаром их и назвали «негритосами», по-испански – «маленькие негры». Оттесненные малайцами в глубь лесов и гор, они скитались по дебрям, лишенные пищи и пристанища. Но эти маленькие люди заботились о детях, стариках, больных. Здесь, на Филиппинах, Миклухо-Маклай совершил новое крупное открытие: негритосы вовсе не негры! Обычай, язык и другие признаки бесспорно указывали на их родство с папуасами.
Во второй половине мая 1873 года Миклухо-Маклай был уже на Яве. «Изумруд» ушел, а ученый остался. Однако в Батавии (ныне Джакарта) свирепствовала тропическая лихорадка, поэтому путешественник перебрался в Бюйтензорг (ныне Богор), расположенный довольно высоко в горах, в сравнительно здоровой и нежаркой местности. О нем написали колониальные газеты. Господин Джеймс Лаудон, генерал-губернатор Нидерландской Индии, пригласил русского ученого в свою резиденцию в окрестностях Бейтензорга. Семь месяцев провел здесь Миклухо-Маклай. Написав несколько статей о своем первом пребывании на Берегу Маклая, исследователь стал готовиться к новому походу. На этот раз он намеревался проникнуть на берег Папуа-Ковиай, на юго-западе Новой Гвинеи. Малайцы в один голос уверяли, что жители побережья Папуа-Ковиай – самые страшные людоеды и разбойники.
В декабре 1873 года Миклухо-Маклай прибывает в город Амбоина (ныне Амбон, Молуккские острова), расположенный на одноименном острове. Столица «гвоздичного царства» славилась на весь мир как место добычи дорогих пряностей. Миклухо-Маклай увидел, что местные жители представляли собой смесь малайцев с альфурами, арабами, китайцами и голландцами.
На большой морской лодке «урумбай», с экипажем в 16 человек Маклай отплыл с Молуккских островов и вскоре достиг берега Папуа-Ковиай. Здесь он открыл проливы Елены и Софии, исследовал местность и внес значительные исправления в старые карты побережья. В течение нескольких дней плавал он между мелкими островами в узких проливах в поисках удобного места для создания базы. Миклухо-Маклай построил хижину в красивом месте на мысе Айва. 8 марта 1874 года он записал в дневнике: «Наконец могу сказать, что я снова житель Новой Гвинеи».
Миклухо-Маклай бесстрашно двинулся в глубь Новой Гвинеи, поднялся на высокий горный хребет и увидел внизу озеро Камака-Валлар. В водах озера Миклухо-Маклай открыл новый вид губок, собрал коллекцию раковин. Близ островов Каю-Мера и Драмай был открыт мыс, который получил имя Лаудона. На островке Лакахия Миклухо-Маклай нашел выходы каменного угля. На острове Айдуме Миклухо-Маклай открыл любопытный вид кенгуру. У животного были крепкие когти. Кенгуру не скакал, как его австралийские собратья, а лазил по деревьям, где и проводил большую часть своего времени.
Экспедиция на берег Ковиай кончилась тяжелейшей болезнью, почти на месяц уложившей путешественника в постель и заставившей его отказаться от плавания на ближайшие к Новой Гвинее острова и вернуться на Яву.
В августе 1874 года путешественник возвращается в Бюйтензорг, чтобы в конце года отправиться в путешествие по Малаккскому полуострову. Заручившись поддержкой у махараджи Джохорского, он двинулся вверх по реке Муар. Таинственные племена, обитающие внутри Малаккского полуострова, туземцы называют «оран-утан», то есть «человек леса». Миклухо-Маклай отправился искать диких оранов.
Первых «оран-утанов» Миклухо-Маклай встретил в лесах, на верховьях речки Палон. Пугливые, низкорослые, чернокожие люди проводили ночи на деревьях. Все их имущество состояло из тряпья на бедрах и ножа. Они скитались в диких лесах, давали своим детям имена в честь деревьев, добывали камфору, которую выменивали у малайцев на ножи и ткани. И они ничем не походили на малайцев, ростом напоминали негритосов Филиппин, а обликом – папуасов Новой Гвинеи. Миклухо-Маклай сделал достоянием науки места обитания меланезийцев Малакки, изучил их облик, образ жизни, верования и язык.
Пятьдесят дней пробыли путники в дебрях Джохора. Миклухо-Маклай писал свои заметки при свете факелов, питался дикими лимонами, спал в жилищах «оран-утанов». Ему удалось открыть горячие ключи, осмотреть старые оловянные копи на реке Нидао, собрать образцы таинственных ядов из растительных соков и зубов змей, которыми ораны отравляли свои стрелы.
Русла рек Сомброн и Индао привели Миклухо-Маклая к берегу моря. От устья Индао он повернул на юг и достиг знакомого пролива между Малаккой и Сингапуром. В феврале 1875 года он вновь объявился во дворце махараджи Джохорского. Миклухо-Маклая трясла лихорадка, он с трудом пересиливал слабость, но говорил о новом походе в глубь Малакки.
В июле – октябре того же года он совершил второе путешествие по Малаккскому полуострову. Оно началось из Джохора. Маршрут был трудным. Носильщики, гребцы, проводники сменялись регулярно. Достигнув столицы Паханга, приморского города Пекана, Миклухо-Маклай двинулся к тропическим лесам княжества Келантан, где до него не бывал еще ни один белый человек. Миклухо-Маклай путешествовал на плоту, лодке, повозке, иногда на слонах, но больше – пешком. Он проходил до 40 километров в день. К северу от порожистого русла реки Паханг он увидел цепи высочайших гор Малакки с вершиной Гуну-Тахан.
В горных ущельях между странами Тренгану, Келантан и Паханг Миклухо-Маклай сделал замечательное открытие. Здесь он нашел меланезийские племена Малакки. Это и были «люди леса» – племена оран-семангов и оран-сакаев. В туземцах Джохора Миклухо-Маклай видел остатки первобытных меланезийских племен, когда-то населявших всю Малакку. Они были очень малорослы, темны кожей, но хорошо сложены и не по росту сильны. Ученого поражала крайняя неприхотливость оран-сакай, непрерывно менявших места ночлега и ограничивавшихся лишь возведением «пондо» – заслона из пальмовых листьев, который являлся сразу и стеной, и крышей.
