По-видимому, сначала недовольство М.В. Алексеева вызывало лишь сильное влияние, которое оказывали на Николая II его супруга, императрица Александра Федоровна, и Григорий Распутин. Генерал П.К. Кондзеровский запечатлел в мемуарах такую сцену: «Придя к генералу Алексееву с докладом, я застал его в страшно возбужденном состоянии, бегающим взад и вперед по его маленькому служебному кабинету. И тут он мне взволнованно сказал несколько слов о том, какое ужасное влияние имеет на Государя Императрица, как Она портит этим Государю и как вредит всему». А Г.И. Шавельский вспоминает о том, с какой охотой согласился Алексеев поддержать его разговор с Николаем II о вредном влиянии, которое оказывает на него Распутин.
Надо сказать, что императрица искренне пыталась наладить с Алексеевым контакт. Во время одного из посещений Могилёва она во время прогулки с генералом завела разговор о Распутине, убеждая Михаила Васильевича в том, что его посещение Ставки принесет армии счастье. Но Алексеев сухо сказал в ответ, что если Распутин появится в Могилёве, он немедленно подаст в отставку. Императрица резко оборвала разговор и ушла не простившись. По словам Алексеева, после этой беседы отношение к нему императора ухудшилось. Впрочем, из дальнейших событий видно, что доверия к своему начштаба Верховный не утратил.
Одновременно генерала беспокоил нараставший в тылу кризис, вернее, сразу несколько кризисов — политический, экономический, духовный. С 1915 года в России началось размежевание между фронтом и тылом, которое возрастало с каждым месяцем. Столкнувшись с невиданной доселе войной, с колоссальными жертвами и потерями, которые на фоне побед России XIX века казались ужасающими (отдали Варшаву, которой Россия владела сто лет!.. Германская армия стояла в Белоруссии!..), люди оказались неготовыми жить и работать по простому и логичному правилу: «Все для фронта, все для победы». Тем более что Россия, в отличие от большинства воюющих стран, не вводила (и не могла ввести — против этого восстала бы Государственная дума) военное положение в тылу. Так что военные заводы даже в разгар неудач на фронте могли преспокойно бастовать (в 1914 году в России бастовало 300 тысяч рабочих, в 1916-м — уже 2,2 миллиона), газеты — сеять слухи и панику, «земгусары» — рассказывать сплетни о Распутине, поэты — писать стихи наподобие «Еще не значит быть изменником — быть радостным и молодым, не причиняя боли пленникам и не спеша в шрапнельный дым» (Игорь Северянин)…
Со всем этим хаосом, по мысли Алексеева, должно было покончить Верховное министерство государственной обороны, проект создания которого был подготовлен генералом 15 июня 1916 года. По мысли Алексеева, верховный министр должен был стать своего рода Верховным главнокомандующим тылом, а жизнь страны целиком и полностью должна была быть подчинена нуждам армии. Однако 28 июня Совет министров, собравшийся в Ставке, большинством голосов отклонил проект Алексеева. Михаил Васильевич убедился в том, что конструктивный диалог с действующим правительством вряд ли получится, и, видимо, дал это понять, так как императрица вскоре сообщила Николаю II: «Все министры чувствуют антагонизм с его (Алексеева. — В. Б.) стороны». Сам же Алексеев так отзывался о членах кабинета Б.В. Штюрмера: «Это не люди — это сумасшедшие куклы, которые решительно ничего не понимают».
На фоне этих разочарований Алексеева все больше интересовали возможности хорошо знакомых ему представителей либеральной оппозиции. Главенствующие роли в ней занимали представители думского Прогрессивного блока и тесно связанные с ними руководители Военно-промышленного комитета (ВПК) и Союза земств и городов (Земгора). Глава ВПК А.И. Гучков был отлично знаком Алексееву еще с 1907 года, а лидеры Земгора князь Г Е. Львов и М.В. Челноков специально приезжали к нему в Ставку в январе 1916-го. Именно в либеральных кругах в течение второй половины этого года постепенно вызрела идея государственного переворота — а точнее, устранения правящего монарха и провозглашения императором цесаревича Алексея при регентстве великого князя Михаила Александровича. Начиная с февраля Гучков обратился к Алексееву с целым рядом писем, в которых прямо обвинял правительство в измене и взывал к генералу: «Мы в тылу бессильны или почти бессильны бороться с этим злом… Можете ли вы что-нибудь сделать? Не знаю. Но будьте уверены, что наша отвратительная политика (включая и нашу отвратительную дипломатию) грозит пересечь линии вашей хорошей стратегии в настоящем и окончательно исказить ее плоды в будущем». Тон этих писем явно говорил о том, что Гучков видел в Алексееве своего единомышленника…
Интересно, что узнавшая об этих письмах императрица Александра Федоровна сообщала мужу 18 сентября 1916 года: «Теперь идет переписка между Алексеевым и этой скотиной Гучковым, и он начинит его всякими мерзостями — предостереги его, это такая умная скотина, а Алексеев, без сомнения, станет прислушиваться к тому, что он говорит». В ответном письме император удивляется: «Откуда ты знаешь, что Гучков переписывается с Алексеевым? Я никогда раньше не слыхал об этом». Пригласив к себе Алексеева, Николай II поинтересовался, переписывается ли он с Гучковым, и получил отрицательный ответ. Впрочем, Гучков вскоре сам обнародовал свое письмо Алексееву от 15 августа — видимо, затем, чтобы «сжечь мосты» за Алексеевым и подтолкнуть его к более решительным действиям. Да и императрица снабдила мужа копией письма Гучкова к Алексееву.
К этому времени отношение Михаила Васильевича к правящему монарху успело кардинально измениться. На смену добродушной фразе «С ним мы спелись» постепенно начало приходить понимание того, что человек, находящийся во главе России, не может руководить гигантской страной, ведущей страшную войну. Мало-помалу Алексеев стал воспринимать Верховного главнокомандующего чуть ли не как помеху в своей работе. М.К. Лемке, наблюдавший М.В. Алексеева в Ставке, свидетельствовал: «Царь немало мешает ему в разработке стратегической стороны войны и внутренней организации армии, но кое-что М.В. удается отстоять от “вечного полковника”… Многое Алексеев делает и явочным порядком, т. е. докладывает царю уже о свершившемся факте, и поневоле получает одобрение — иногда с гримасой, иногда без нее. Иное дело личный состав: здесь царь имеет свои определенные мнения, симпатии и антипатии и сплошь и рядом решительно напоминает, что назначениями хочет ведать сам. Разумеется, такое вмешательство в значительной мере мешает и меняет все дело, всю мысль, а результаты получаются плачевные. Алексеев понимает, что при царе как при главнокомандующем он не может рисковать, так как неудача задуманного им риска сделает ответственным за него самого царя. Последнее время Николай становится особенно упрям и подозрителен».
