7 августа 1941 года подводная лодка стала на ремонт на 196-м заводе, но поскольку работы решили совместить с перегрузкой аккумуляторной батареи, срок готовности сместился до конца месяца. 26 августа вышел приказ Наркома ВМФ о перевозке подводной лодки на Каспий. М-96 перевели на «Северную верфь» и выгрузить механизмы, и тогда выяснилось, что из-за установившейся плотной блокады выполнить приказ не удастся. Подводную лодку удалось быстро отбуксировать на «Судомех», где до 10 ноября ее вернули в боеспрособное состояние. Из-за этого подводная лодка не смогла принять участия в осенних походах.
1 сентября 1941 года М-96 вошла в состав 5-го Дивизиона Бригады подводных лодок КБФ. В октябре 1941 года А.И. Маринеско был исключен из кандидатов в члены ВКП(б) «…за систематическую пьянку, за развал дисциплины, за отсутствие воспитательной работы, среди личного состава, за неискреннее признание своих ошибок». Военкому батальонному комиссару А.Г. Дымченко за развал партийно-политической работы на дивизионе дали восемь лет исправительно-трудового лагеря, а командира Дивизиона капитан-лейтенанта Н.К. Мохова в январе 1942 года понизили в должности.
Большой объем технических работ, выполненных осенью, позволил экипажу М-96 завершить программу зимнего судоремонта к 17 января 1942 года. Первую блокадную зиму подводная лодка провела в Ленинграде. 14 февраля 1942 года при стоянке у Тучкова моста в М-96 попал снаряд, в результате чего в прочном стыке IV и V отсеков образовалась пробоина 15х13 сантиметров, заделать которую изнутри оказалось невозможно. Вахтенные подводной лодки герметизировали все переборочные двери, благодаря чему М-96 с двумя полностью затопленными отсеками держалась на плаву. Через нсеколько часов с внешней стороны удалось завести пластырь, а затем откачать всю воду. Хотя непосредственно самими снарядом были перебиты только несколько кабелей и трубопроводов, вода Невы вывела из строя все оборудование отсеков, включая дизель, распределительную электроподстанцию и вторую группу АБ. Многомесячный ремонт велся силами личного состава, затем на заводе «Судомех», а для заделки пробоины подводную лодку в начале июля 1942 года подняли на гинях спасательного судна «Коммуна».
После непродолжительной подготовки р-на Неве 24 июля подводная лодка перешла в Кронштадт, откуда ей предстояло выйти на позицию между Таллинном и Хельсинки. М-96 и вышедшая с ней подводная лодка Л-3 являлись авангардом второго эшелона подводных сил КБФ. В ночь на 12 августа 1942 года М-96, вышедшая из Лавенсари, форсировала Северным Гогландским проходом минное заграждение «Zeeigel». При этом она успешно пересекла восемь линий мин, даже не зная об их наличии. Прибыв на позицию рано утром 14-го августа, А.И. Маринеско обнаружил конвой противника, но выпущенная торпеда с дистанции 12 кабельтов при угле встречи 110 градусов в цель не попала. Немцы заметили торпедный след, что позволило пароходу «Porto Alegre» уклониться. Сама М-96 оказалась в затруднительном положении: командир БЧ-5 рано продул заполненную после залпа цистерну быстрого погружения, в результате чего рубка подводной лодки показалась на поверхности моря. Обнаружившие перископ и рубку, немецкие тяжелые плавбатареи «West» и «Helena» (SAT-5) выпустили 23 снаряда и сбросили 11 глубинных бомб. Взрывавшиеся глубинные бомбы на подводной лодке повредили освещение и некоторые измерительные приборы.
После атаки М-96 ушла к южному берегу залива в районе Пальдиски, но встреченный утром 16-го августа конвой, состоял исключительно из малых каботажных теплоходов и на них не стали тратить оставшуюся торпеду. Израсходование большей части запасов кислорода и регенеративных патронов заставило командира 19-го августа взять курс в базу. Перех выходом в поход А.И. Маринеско условился с представителем Бригады подводных лодок на Лавенсари, что в интересах сохранения скрытности, радиосообщение об уходе с позиции давать нет будет. Представитель Бригады согласился и… забыл сообщить об этом командованию Островного сектора. В результате, когда вечером 22-го августа подводная лодка всплыла в условленной точке, находившиеся в дозоре два наших катера (тип «МО»), обстреляли ее и сбросили две глубинные бомбы. В ошибке быстро разобрались и катера сопроводили подводную лодку в бухту Норе-Капельлахт. Рано утром 25-го августа М-96 ошвартовалась в Кронштадте.
4 августа 1942 года А.И. Маринеско был награжден орденом Ленина и до конца месяца его повторно приняли в кандидаты в члены ВКП(б). Следует отметить, что в этом походе подводная лодка М-96 тридцать девять раз форсировала минные заграждения, о наличии которых не было известно, и лишь раз коснулась минрепа, да и то на нашем. Это становится особенно примечательным, если учесть, что подводные лодки М-95 и М-97, ходившие этим же маршрутом до и после М-96 в базу так и не вернулись.
С 8 по 12 ноября 1942 года М-96 совершила опасный поход в Нарвский залив с целью высадки разведгруппы. Разведгруппа имела задачу захвата «языка» и вражеской аппаратуры (по некоторым мемуарным свидетельствам — немецкой шифровальной машинки «Enigma». Операция имело место в ночь на 11 ноября. Высадка в районе деревни Лимала в западной части залива прошла скрытно. Хотя разведчики опоздали с возвращением на два часа, но они прибыли назад без потерь с захваченным в плен эстонцем и аппаратурой. Впоследствии в литературе писалось, что разведгруппа совершила налет на штаб немецкого полка, захватила пленного, но машинки «Enigma» в штабе не оказалось. (Подтвердить или опровергнуть это без доступа к документам разведотдела штаба КБФ достаточно сложно, но по косвенным признакам (отсутствие упоминания о нападении в немецких документах, пленении эстонца, а не немца, доставка искомой аппаратуры на подводную лодку, хотя эта аппаратура и не являлась «Enigma») можно считать, что операция имела иную цель и результаты, нежели об этом говорится в литературе). Но, при швартовке к борту подводной лодки один из разведчиков схватил бросательный конец, встал, чем нарушил равновесие резиновой лодки, и в этот момент она была перевернута волной. Спастись удалось только одному из находившихся в лодке разведчиков, три других и пленный утонули. Находившийся в другой лодке командир разведгруппы и аппаратура не пострадали. После этого М-96 ушла в базу. За время этого похода подводная лодка пересекла семнадцать линий мин и дважды касалась минрепов.
В апреле 1943 года А.И. Маринеско получает назначение на подводную лодку С-13, командуя которой впоследствии навсегда вписал свое имя в историю нашего Подводного Флота. Командиром М-96 был назначен капитан-лейтенант Н.И. Карташов.
