Рассказывает А. Гершкович: «Неудачный опыт с постановкой пьесы Петера Вайса «Дознание» (режиссер П. Фоменко) показал, что актерам Таганки трудно даются темы, оторванные от России, реальные характеры людей западного мира, их образ мышления, их манера поведения, их привычки, их жизненный стиль. Строгая аскетичность документальной «антипьесы» Вайса не укладывалась в экспрессивную манеру игры таганковских актеров. При всей благородности цели (в «Дознании» шло судебное следствие над нацизмом) постановка выглядела патетической декламацией. Прием статичности актеров, которые играли пьесу как ораторию, в концертном исполнении, за пюпитрами, оказался чуждым «таганковской» стихии. Спектакль получился скучный и назидательный…»
Губенко довольно активно был занят и в других спектаклях: «Десять дней, которые потрясли мир» (премьера 2 апреля 1965), «Павшие и живые» (4 ноября 1965), «Жизнь Галилея» (17 мая 1966), «Послушайте!» (16 мая 1967). Вспоминает Алла Демидова:
«В первые годы Таганки у нас не было иерархии возрастов и званий. Начинали мы все вровень. Немного выделялись как исполнители главных ролей Зина Славина и Коля Губенко, но и они сегодня играли главные роли, а завтра выходили в эпизодах и массовых сценах».
В спектакле «Пугачев» по поэзии Сергея Есенина (премьера 17 ноября 1967 года) Губенко играл главную роль — Пугачева. Но, несмотря на огромный успех этого спектакля, Губенко сразу после его премьеры принял решение уйти из театра и целиком переключиться на кино.
После окончания ВГИКа Губенко почти два года не снимался в кино — настолько увлекла работа в театре. Однако с 1966 года, когда его театральная слава вышла далеко за пределы Москвы, его все настойчивее стали приглашать сниматься. И Губенко возобновил свои контакты с кинематографом. Причем не брезговал даже эпизодическими ролями, как это было в фильме Юлия Файта «Мальчик и девочка» (1967). Однако небольших ролей в его кинобиографии все-таки мало, больше — центральных. В том же 1967 году он сыграл сразу три главные роли: жулика Петю Дачникова в эксцентрической комедии Вадима Эсса и Яна Эбнера «Последний жулик», налетчика Яшку Барончика в приключенческом фильме Владимира Янчева «Первый курьер» и маршала Василия Блюхера в историко-приключенческом фильме Бориса Григорьева «Пароль не нужен». Последняя роль подавляющим большинством критиков была признана несомненной удачей Губенко. На Всесоюзном кинофестивале в Ленинграде в 1968 году фильм был удостоен главной премии.
Однако сам Губенко был недоволен своей актерской судьбой в кинематографе, считал, что режиссеры плохо понимают его актерские возможности. Видимо, чтобы в дальнейшем не зависеть от их диктата, Губенко и поступает в 1968 году на режиссерский факультет ВГИКа. Однако параллельно учебе он продолжает сниматься в кино. Играет в фильмах «Дворянское гнездо» (А. Михалкова-Кончаловского), «Золотые ворота» (Юлии Солнцевой). В фильме Алексея Салтыкова «Директор» Губенко играет главную роль — директора автозавода Алексея Зворыкина, прообразом которого был основатель ЗИЛа Иван Лихачев. У этого фильма была непростая судьба. В первый раз Салтыков приступил к работе над ним в 1965 году. На роль Зворыкина был утвержден Евгений Урбанский. Однако в середине съемок — 5 ноября 1965 года — во время работы над очередным эпизодом в каракумских песках Урбанский погиб. После этого несчастья съемочную группу расформировали, а Салтыкова на несколько лет отстранили от режиссуры. И только в 1969 году ему удалось вновь вернуться к старому проекту.
Фильм «Директор» вышел на широкий экран в 1970 году и был прохладно встречен критикой. Та посчитала игру Губенко недостаточно убедительной. Как писал Л. Аннинский: «Не сбываются надежды, возложенные на фильм «Директор», где Губенко играет главную роль. Салтыков задумывал аналог «Председателя» — получилась «фреска», исполненная мелким штрихом, — грандиозность эпического характера рассыпается на детали…»
В годы выхода «Директора» на экран Губенко закончил режиссерский факультет и приступил к съемкам своего первого самостоятельного фильма. Основой фильма послужили несколько рассказов С. Антонова, которые Губенко уместил в полноценный сценарий вместе с Василием Шукшиным. Фильм получил название «Пришел солдат с фронта». В нем Губенко сыграл одну из главных ролей — фронтовика Николая Максимовича. После выхода фильма на экран Лев Аннинский писал:
«Критика принимает картину со сдержанной доброжелательностью. Доброжелательность идет от признания профессионального уровня работы: фильм «состоялся», «прозвучал». Сдержанность имеет более глубокие причины: от Губенко ожидали не этого. Не умелого повторения среднестатистических мотивов и вариаций общепринятого на должном уровне., Ждали какого-то неожиданного, индивидуального решения. Пусть спорного, пусть безумного! Но — неповторимого, уникального, личностного…»
В 1972 году Николай Губенко был награжден премией Ленинского комсомола за талантливое художественное воплощение образов советских людей, за создание кинопроизведений, воспитывающих у молодежи гражданственность, мужество, любовь к Родине. В 1973 году фильм «Пришел солдат с фронта» был удостоен Государственной премии РСФСР. В том же году Губенко приступил к съемкам своего второго фильма — «Если хочешь быть счастливым». Фильм рассказывал о современных буднях летчиков, главную роль — летчика-истребителя Андрея Родионова — играл, естественно, сам Губенко. Главную женскую роль исполняла его жена Жанна Болотова.
Болотова родилась 19 октября 1941 года в Новосибирской области. Ее отец был разведчиком, Героем Советского Союза. Будучи школьницей, Жанна снялась в одной из главных ролей — Гали Волынской — в фильме «Дом, в котором я живу» (1957). В 1960 году поступила во ВГИК и училась вместе с Губенко. Однако в те годы их отношения не шли дальше дружеских. В дальнейшем они несколько раз пересекались на съемочной площадке (к примеру, в фильме «Первый курьер»), но эти встречи были мимолетными. У Губенко в те годы были другие увлечения, впрочем, как и у Болотовой. В середине 60-х в киношной тусовке многие обсуждали ее роман с Андреем Михалковым-Кончаловским. Он пишет об этом в своих мемуарах:
«…Хотя танцевал с Жанной Коля (художник Николай Двигубский — двоюродный брат Марины Влади, переехавший в 60-е годы в Москву. — Ф. Р.), как-то случилось, что роман у нее случился со мной. Мы встречались у Влада, жившего в коммуналке, «Вороньей слободке». Он давал мне свой ключ, я открывал им дверь, обитую дерматином, из-под которого торчала вата. Роман оказался недолгим, с перерывами. Коля об этом ничего не знал…»