Комиссия отмечала, что политическая и экономическая нестабильность, сопровождающая процесс формирования Союза суверенных государств, вызывает потребность в защите индивидуальных и коллективных интересов этих государств. Поэтому высказывалась целесообразность создания межреспубликанских органов для координации и взаимодействия республиканских служб безопасности. Многие правильные рекомендации Госкомиссии не удалось реализовать, причиной чему — неподписание Союзного договора и последовавший распад Союза.
Выполненную по заказу Горбачева реформацию советских органов государственной безопасности, расчленение КГБ по политическим и идеологическим соображениям Степашин в последующем, когда я с ним прикоснулся к созданию российских спецслужб, справедливо именовал «государственной кастрацией».
Мне представляется, что после ГКЧП наиболее оптимальный и взвешенный вариант реформы органов госбезопасности был осуществлен законодательными властями Украины: Верховным советом определены четкие законные основания деятельности новой спецслужбы, утверждены главные направления, функции и задачи, КГБ Украинской ССР не был разделен на составные части, наконец, было заменено руководство во главе с председателем.
В КГБ СССР с приходом Бакатина параллельно с государственной стала работать ведомственная комиссия, определявшая правомерность действий руководящего состава в дни ГКЧП. «Я не намерен изучать картину участия руководства КГБ СССР в государственном перевороте, но совершенно ясно, что вся мощь этой организации готовилась для того, чтобы обрушиться на неокрепшие силы демократии. Правда, несмотря на участие в заговоре многих высших руководителей КГБ, их не поддержало большинство сотрудников самого Комитета», — таков был вывод нового председателя Бакатина. В целом с ним следует согласиться, вина за участие КГБ в путче лежит на некоторых бездарных руководителях в центре. Авантюра Крючкова принесла столько вреда, что престиж органов государственной безопасности упал до самой низкой отметки.
27 августа, в один из первых дней пребывания на Лубянке, Бакатин выступил с обращением к действующим сотрудникам КГБ: «Именно сейчас поддаться панике, унынию, желанию свести счеты — худшее из того, что могло быть. Никто не имеет права огульно винить всех сотрудников в случившемся, разворачивать охоту на ведьм. Ответственность — на руководстве Комитета. И совершенно недопустимо делить ее с личным составом и, как это было принято, искать стрелочника… Прошу набраться сил, мужества, способности к самообновлению, чтобы достойно выйти из тех испытаний, которые выпали на долю народов Союза». Правда же, прекрасные слова и пафосный революционный стиль обращения, которому можно позавидовать.
Бакатин утвердил выводы ведомственной комиссии, расследовавшей участие «должностных лиц КГБ СССР в событиях от 19–21 августа». Я хочу сразу же заметить (не в оправдание или обвинение Бакатина), что в составе комиссии были только кадровые сотрудники КГБ, без депутатов или демократов, и они выдвигали предложения об увольнении или наказании своих коллег. «Бакатин спас КГБ от окончательного разгрома. Кампания против госбезопасности была безобразно раздута, демократы неистовствовали. Спас и многих сотрудников Лубянки, где после ГКЧП работала специальная кадровая комиссия, собиравшаяся славно пострелять во время охоты на ведьм», — заключает Юрий Скуратов, короткое время работавший в КГБ перед переходом в Генеральную прокуратуру.
По результатам ведомственного служебного расследования из органов госбезопасности было уволено 30 руководящих работников центрального аппарата, все заместители председателя КГБ СССР, многие руководители ведущих оперативных и оперативно-технических подразделений. «Должен признаться, — отмечал Бакатин, — принимая решение по результатам расследования, я проявил известный либерализм. Комиссия предлагала уволить большее количество людей, чем я реально уволил». Мотивами увольнения указывались проявленные «политическая незрелость и недальновидность» в выполнении распоряжений вышестоящих начальников, «способствовавших деятельности путчистов».
В материалах ведомственного расследования прокомментированы прошедшие события и участие должностных лиц в ГКЧП. После объявления 19 августа об образовании ГКЧП и введении чрезвычайного положения руководством Комитета предпринимались меры, направленные на обеспечение участия органов и войск КГБ в выполнении решений ГКЧП. С использованием сил КГБ был организован контроль за деятельностью средств массовой информации, проводилось изучение реакции населения и зарубежных кругов на события в СССР. Осуществляя общее руководство проводимыми мероприятиями, Крючков в этих целях использовал приближенных к себе лиц из числа руководства Комитета.
Крючков дал указание о взятии под контроль некоторых «неблагонадежных» граждан, в том числе нескольких народных депутатов СССР (Гдляна, Иванова, Уражцева), которых явно незаконно интернировали и вывезли на территорию подмосковного военного объекта. Для меня это вообще непонятные, не поддающиеся объяснению действия. Первый заместитель председателя КГБ Ф. Грушко отдавал распоряжения по использованию возможностей Комитета для реализации замыслов по задержанию Президента РСФСР. Другой первый заместитель председателя Г. Агеев руководил мероприятиями по отключению средств связи на объекте «Заря» в Форосе. Он отдал распоряжение по направлению в Латвию, Литву и Эстонию групп оперативных сотрудников для обеспечения режима чрезвычайного положения. 15 августа Г. Агеев осуществил инструктаж по организации слухового контроля переговоров по совершенно секретной городской телефонной связи в отношении ряда руководителей СССР и РСФСР.
После провала ГКЧП по указанию председателя КГБ России В. Иваненко началась волна разбирательств деятельности руководящего состава территориальных органов КГБ в автономных республиках, краях и областях. Масштабы проводимых различными комиссиями расследований о причастности должностных лиц территориальных органов КГБ к «антиконституционному перевороту 19–21 августа» охватывали Россию от Калининграда до Владивостока.
Вот несколько примеров проверок деятельности территориальных управлений. В Кемеровское управление 19 августа поступила подписанная Крючковым шифротелеграмма о создании ГКЧП для спасения СССР. Из центрального аппарата требовали «выполнять только распоряжения председателя КГБ СССР Крючкова». В то же время КГБ РСФСР указывал на необходимость выполнения указаний только Президента России Ельцина. «Признаться, мне, руководителю территориального органа в одном из самых политизированных регионов страны, назначенному на должность всего два месяца назад, было непросто принимать решения», — вспоминал о проверке его деятельности в те дни начальник УКГБ Кемеровской области генерал-майор А. Кузнецов. Генерал-лейтенант К. Григорьев о размахе всяческих проверок во Владивостоке вспоминает, что «этим занималась краевая прокуратура, депутатская комиссия, бригада КГБ СССР и под занавес — два представителя из союзной комиссии С. Степашина, наделенной Горбачевым специальными полномочиями».