В 1937 году после окончания УОПП был назначен помощником командира подводной лодки «Щ-314» Балтийского флота и проплавал год на Балтике. В марте 1938 года был переведен помощником командира подводной лодки «Щ-404» на Северный флот. В октябре 1938 года по клеветническому доносу был арестован и до ноября 1939 года находился в тюрьме под следствием, а затем оправдан полностью, выпущен и тут же назначен командиром подводной лодки «Щ-421» бригады подводных лодок Северного флота.
Лунин сразу стал хорошим командиром. Море он знал, понимал и чувствовал, как никто из молодых командиров, окончивших Училище им. М. В. Фрунзе. Сколько он уже походил по морю, сколько отстоял самостоятельных вахт, ведя суда, в скольких сложных и опасных ситуациях побывал и успешно преодолел их за свою морскую жизнь! А ведь на этих судах были не военные моряки, старательные и дисциплинированные, а торговые, среди которых было достаточно всякой публики, своевольной и недобросовестной. Но он научился разбираться в людях, умел держать команду в руках. Обладая незаурядными природными способностями, пытливым умом и отличной памятью, Николай Лунин быстро постигал и накрепко усваивал законы и тонкости военно-морской службы, особенности плавания и специфическую технику подводных лодок, их оружия и вооружения, хорошо изучил теорию и практические правила торпедной стрельбы.
Его начальник, командир дивизиона «щук» Иван Александрович Колышкин, был очень доволен службой командира «Щ-421». Но это была еще не война! Мы уже отмечали, что командир ПЛ рождается как боевой командир только в реальных условиях войны. В условиях мирного времени просто невозможно научить и научиться всему, что может встретиться командиру в реальной боевой обстановке. Конечно, можно и нужно обучать команду и командира всем элементарным приемам и действиям, которые наверняка будут необходимы в войне на море. Знание и умение владеть корабельной техникой, всплывать и погружаться, вести меткий артиллерийский огонь, успешно и скрытно занять позицию для торпедной стрельбы и произвести торпедную атаку, умело ходить в море и обеспечить навигационную безопасность корабля, швартоваться к пирсу и отходить от него, бороться за живучесть — всем этим комсостав и команда лодки должны в максимально возможной степени овладеть в мирной обстановке.
В ходе такой учебы команда лодки может и должна, как говорят, «сплаваться», узнать и научиться доверять друг другу, исправить недисциплинированных, научить плохо знающих, избавиться от неисправимых лодырей и злостных нарушителей дисциплины.
Но вот такая подготовленная команда выходит в море. Уже не зачеты сдавать, а воевать с противником, который сам хочет уничтожить твою лодку и знает, как это сделать. Теперь противника надо упорно искать, найти, подобраться к нему так, чтобы ударить. неожиданно и с наибольшей эффективностью применяемого оружия. А для этого нужно противника изучать, понять его тактику, приемы, боевые качества, характер, психологию. Кто скорее противника изучит, поймет, наилучшим образом противопоставит его тактике свою, проявит смелость, дерзость, хитрость, тот и добьется превосходства, будет иметь боевой успех. Ко всему этому неплохо быть еще и удачливым.
Н. А. Лунин в своей автобиографии вспоминает: «В Великую Отечественную войну ПЛ "Щ-421" под моим командованием, будучи к этому времени кораблем первой линии, вышла в море одной из первых с задачей уничтожать противника — фашистские корабли. Из первого боевого похода возвратился без успеха, обнаруженные корабли конвоя ушли безнаказанно. В числе разных объективных причин неудачи атаки сказалось и неумение воевать по-настоящему как результат формальной подготовки личного состава в мирное время».
(Конечно, слово «формальной» здесь является неудачным и неточно отражает суть подготовки. В одном из походов сам Николай Александрович, например, рассказывал о том, как незадолго до войны он отрабатывал на «Щ-421» маневр срочного погружения. Все делалось поэтапно по отдельным последовательным командам, для того чтобы невзначай не утопить лодку в абсолютно мирной обстановке. Естественно, никто особо не спешил, никто никого не подгонял, главным были аккуратность и последовательность выполнения этапов. Совсем иначе обстояло дело во время войны. Каждый понимал, что от его расторопности и правильных своевременных действий зависит судьба лодки и его собственная жизнь. И маневр «срочное погружение» выполнялся по единственной команде с максимальной быстротой, какая только была возможна.)
О том, как быстро и успешно постигал уроки войны Николай Лунин, говорят выводы штаба бригады подводных лодок по итогам третьего боевого похода «Щ-421» с 26 октября по 17 ноября 1941 года: «Исключительный по своим успехам боевой поход отважного экипажа ПЛ "Щ-421" под командованием капитана 3 ранга Лунина заслуживает особого внимания и является весьма поучительным для молодых подводников». В этом походе Николай Лунин тремя, атаками утопил три транспорта противника.
Выводы штаба бригады ПЛ СФ по пятому походу «Щ-421» с 22 января по 8 февраля 1942 года:
«1. Операции Лунина поучительны для всех. Правильная организация поиска противника обеспечивала его обнаружение и возможность атаки.
2. Как и прежде, командир быстро реагировал на изменение обстановки, принимал правильные решения и упорно доводил до конца поставленную перед собой задачу.
3. Во всех случаях командир атаковал противника, как бы ни сложна была обстановка, и всегда выходил победителем, правильно нападая и правильно уклоняясь от ударов».
В этом походе Лунин тремя атаками утопил три транспорта, уклонился от таранного удара СКР, подвергся бомбежке. Всего за 1 час 30 минут на лодку было сброшено 20 глубинных бомб. Лодка повреждений не получила, возвращение на базу проходило в 10-балльный шторм. Из-за сильного обмерзания лодка была вынуждена часто погружаться для освобождения от льда.
Капитан 3-го ранга Н. А. Лунин в своем пятом боевом походе на ПЛ «Щ-421». После этого похода назначен командиром ПЛ «К-21».[15]ПЛ «Щ-421», которой командовал Николай Лунин, к марту 1942 года имела на своем боевом счету 7 потопленных кораблей противника. Командованию флота и бригады стало ясно — в лице Лунина Родина обрела выдающегося командира лодки. За боевые успехи, мужество и героизм он был представлен к званию Героя Советского Союза.
12 апреля 1942 года. На пирсе бригады командующий Северным флотом адмирал А. Г. Головко вручает ордена Ленина и Золотые звезды Героям Советского Союза И. А. Колышкину, Н. А. Лунину, В. Г. Старикову и И. И. Фисановичу. Награду получает Н. А. ЛунинВ свете вышеизложенного логически последовал приказ.
