Поручив Манштейну общее руководство боевыми действиями немецко-фашистских войск под Ленинградом, Гитлер не сомневался, что победитель Севастополя покорит и Ленинград. Но новоиспеченный фельдмаршал не оправдал его надежд. Советские войска упредили противника, перейдя в конце августа 1942 года в контрнаступление на северо-западном направлении. Вместо штурма Ленинграда войскам Манштейна пришлось отражать удары Красной Армии. С большим трудом им все же удалось сдержать мощный натиск русских. В конце этого сражения погиб сын Манштейна, лейтенант 51-го танкового полка. Потрясенный тяжелой утратой Манштейн сразу же после похорон уехал в отпуск, в Германию.
Через несколько дней после его возвращения на фронт приходит известие об окружении 6-й армии в районе Сталинграда. Спасать ее Гитлер поручил Манштейну. С этой целью в срочном порядке создается новая группа армий «Дон», которую возглавил Манштейн (ноябрь 1942 года). Но предпринятая им в декабре 1942 года попытка деблокировать 6-ю армию закончилась неудачей. Затем войска Манштейна были разбиты Красной Армией в боях на Дону. Лишь с большим трудом Манштейну удалось удержать Ростов и не допустить полного разгрома всего южного крыла германского Восточного фронта (группировка численностью около 900 тыс. человек). 13 февраля 1943 года группа армий «Дон» была переименована в группу армий «Юг». В феврале — марте 1943 года Манштейн провел успешное контрнаступление на харьковском направлении, отбросив советские войска за р. Северский Донец и овладев Харьковом, за что был награжден дубовыми листьями к Рыцарскому кресту (12 марта 1943 года). Однако крупное наступление, предпринятое Манштейном летом 1943 года на курском направлении, закончилось полным провалом. Перехватить стратегическую инициативу у Красной Армии не удалось.
Потерпев поражение в битве на Курской дуге, войска группы армий «Юг» были вынуждены под ударами советских войск начать отступление к Днепру.
3 сентября 1943 года Манштейн, поддержанный генерал-фельдмаршалом Г. фон Клюге, предложил Гитлеру провести коренную реорганизацию высшего военного руководства вермахта — учредить пост главнокомандующего Восточным фронтом, упразднить ОКВ и передать руководство всеми фронтами Генеральному штабу сухопутных войск, а также провести ряд других мероприятий этого же плана, т. е. по существу предполагалось отстранить Гитлера от руководства боевыми операциями германской армии. Но Гитлер наотрез отказался даже обсуждать этот вопрос.
С большим трудом Манштейну удалось осенью 1943 года остановить мощное наступление Красной Армии на Днепре и западнее его. В октябре 1943 года в результате успешно проведенного контрудара в районе Кривого Рога Манштейну удалось нанести серьезное поражение выдвинувшейся далеко вперед одной группировке советских войск.
Но в конце декабря 1943 года Красная Армия перешла в общее наступление на Правобережной Украине. Фронт обороны немецко-фашистских войск затрещал по всем швам. Удары советских войск следовали один за другим, взламывая оборону противника то на одном, то на другом направлении.
В начале января 1944 года Манштейн обратился к Гитлеру с просьбой разрешить ему отвести все южное крыло Восточного фронта на новый оборонительный рубеж, но получил отказ.
Вскоре крупная группировка немецко-фашистских войск (2 армейских корпуса и корпусная группа 8-й армии) — всего 10 дивизий и одна бригада общей численностью 80 тыс. человек, 1600 орудий и минометов, до 230 танков и штурмовых орудий, все еще продолжавшая удерживать свои позиции на Днепре, оказалась в Корсунь-Шевченковском котле, но Гитлер запретил ей прорыв из окружения. Попытка деблокировать ее закончилась неудачей. И тогда Манштейн проигнорировал приказ Гитлера и разрешил остаткам окруженной группировки идти на прорыв. Но было уже поздно. К этому времени корсунь-шевченковская группировка противника была уже почти полностью уничтожена советскими войсками. Вырваться из окружения 17 февраля удалось лишь ее остаткам (до 7 тыс. человек).
19 марта Манштейн потребовал от Гитлера предоставить ему свободу действий при проведении боевых операций, но вновь получил отказ. 23 марта в окружение попала 1-я танковая армия (генерал Г. Хубе), которой Гитлер также запретил отступать. 25 марта Манштейн, пригрозив отставкой, потребовал от фюрера отмены этого приказа и добился своего (6 апреля 1-я танковая армия вышла из окружения).
К концу марта 1944 года южное крыло германского Восточного фронта было расколото войсками Красной Армии на две части. Одна из них (группа армий «А») отброшена за р. Днестр, а вторая (возглавляемая Манштейном группа армий «Юг») — в Западную Украину.
30 марта Гитлер вызвал Манштейна в свою ставку, наградил его мечами к Рыцарскому кресту и отстранил от командования группой армий «Юг». Прощаясь с фельдмаршалом, фюрер сказал ему, что если он, Гитлер, задумает крупное наступление, то обязательно поручить возглавить его Манштейну.
Зачисленный в резерв ОКВ, Манштейн так до конца войны и не получил никакого назначения. Впрочем, время от времени фюрер продолжал оказывать ему знаки внимания (пожаловал крупное поместье и т. п.).
В последние дни войны Манштейн был арестован английскими войсками и в 1949 году предстал перед английским военным судом в Гамбурге, приговорившим его за военные преступления к 18 годам тюремного заключения. Подтвердился незыблемый опыт истории: победители всегда правы, и они диктуют свою волю побежденным. Ведь недаром еще в Древнем Риме существовал такой афоризм: «Vae victis» (Горе побежденным).
Однако приговор, вынесенный Манштейну, вызвал недовольство на Западе, где посчитали его не только с лишком суровым, но и несправедливым. Под давлением консервативных кругов английские власти сначала сократили Манштейну срок до 12 лет, а в 1952 году и вовсе освободили его от наказания (условно, по состоянию здоровья). В 1953 году все обвинения с Манштейна были сняты. В дальнейшем несколько лет он состоял военным советником при правительстве ФРГ, принимал участие в создании бундесвера. Автор мемуаров «Утерянные победы» (1955), в которых всю вину на поражение Германии во Второй мировой войне возлагает на Гитлера, обвиняя его в бездарности и военном дилетантстве. В то же время он всячески выгораживает германский Генеральный штаб и генералитет, а заодно стремится обелить и себя, списывая вину за свои военные поражения на Гитлера и всякого рода роковые случайности, пытается принизить советское военное искусство и боевое мастерство советских полководцев. Перу Манштейна принадлежит также книга воспоминаний «Из жизни солдата. 1887—1939» (1958), где он повествует о событиях своей жизни и военной службы до начала Второй мировой войны. Был почетным членом ряда ветеранских военных организаций ФРГ.