Решением Ельцина была создана межведомственная комиссия во главе с министром юстиции по проверке поступивших материалов на вице-президента Руцкого, Баранникова, заместителя министра внутренних дел Дунаева об их коррумпированности. Несмотря на утверждение состава комиссии самим Президентом, я категорически отказался войти в эту комиссию, считая неэтичным для себя участвовать в разбирательстве дел своего вчерашнего руководителя.
Работа комиссии «в войне компроматов» велась почти на процессуальном уровне, с технической записью объяснений приглашаемых лиц, в числе которых оказался и я. Особые попытки направлялись на компрометацию Руцкого, доказательство заключения (сфабрикованного за рубежом) вице-президентом корыстного трастового договора с зарубежными фирмами.
Глава администрации Филатов, главный координатор работы злополучной ведомственной комиссии, на вопрос Ельцина: «Что будем делать с Баранниковым?» — отвечает: «Теперь нужно снимать, Борис Николаевич. Баранников начал сбор компромата на членов комиссии и уже завел несколько уголовных дел. Теперь он не остановится ни перед чем. Не снимите — он со всеми счеты сведет, а вас продаст, если уже не продал».
Баранников не был уволен из кадров Министерства безопасности, находился «в распоряжении», то есть ожидании нового назначения.
Неожиданно в средствах массовой информации появилась статья Баранникова «Честь имею». В статье он обвинил одного известного политика в сотрудничестве с КГБ, и если это были действительно достоверные данные, то разглашение подобных сведений является уголовно-наказуемым преступлением. В моральном плане такой публичный шаг, недостойный и недопустимый для профессионала, если и сделан, то в свое личное оправдание. Президент страны очень резко отреагировал на выступление Баранникова в печати. «Какая тут честь! Он нарушил клятву верности, которую давал мне на крови, а сейчас перебежал к Хасбулатову», — возмущался Ельцин. Он не раскрывал смысл «клятвы на крови», и только из воспоминаний начальника охраны А. Коржакова я узнал, что было и такое действо для доказательства преданности.
Последствия не заставили себя ждать. Продолжалось недоверие Президента к Министерству безопасности, завершившееся его скорой ликвидацией. Он потребовал убрать из министерства близких Баранникову людей, которые пришли с ним на руководящие должности из МВД.
12 сентября 1993 года Ельцин пригласил меня на свою загородную государственную дачу. Был теплый осенний выходной день; я обдумывал, к чему надо быть готовым, так как цель посещения президентской резиденции предварительно не обговаривалась. Встреча с Президентом в неформальной обстановке для меня была первой (кстати, в такой домашней атмосфере и единственной), к тому же я оставался в положении исполняющего обязанности министра безопасности. Когда я приехал на дачу, там уже были министры: обороны — Павел Грачев, внутренних дел — Виктор Ерин, иностранных дел — Андрей Козырев, отсутствовал премьер-министр Виктор
Черномырдин (находился в США). По инициативе Ельцина началось обсуждение сложившейся политической обстановки в стране. Для присутствующих министров, представляющих стратегическое руководство страны, тревоги были очевидными: не прекращалась, а ужесточалась непримиримая конфронтация президентской и парламентской ветвей власти. Противостояние между Кремлем и Белым домом достигало критической точки кипения. Вокруг этих баталий разгорались политические страсти на территории всей страны, к тому же охваченной массовыми народными выступлениями, демонстрациями протеста из-за безработицы, нищеты и продолжающимися шахтерскими забастовками.
Возрастали масштабы внутренних и внешних угроз безопасности России. Надо прямо признать, что они граничили с опасностью потери управляемости и новым распадом государства. Сказывались негативные последствия вооруженного конфликта между еще недавно братскими, соседними республиками Северной Осетией и Ингушетией, набирал силу разнузданный сепаратизм в Чечне. Серьезные процессы превращения в вотчины с конституционным обособлением происходили во многих автономных республиках — Татарстане, Башкирии, Якутии. В ряде регионов страны отмечались попытки создания незаконных вооруженных формирований и бандитского подполья. Увеличивалось число провокаций со стороны оппозиционных политических партий и движений, выливавшихся в акции группового гражданского неповиновения.
Действия сотрудников Министерства безопасности по сдерживанию радикальных экстремистских элементов воспринимались как нарушение демократических завоеваний, к которым так долго стремились. Все это преподносилось как возобновление «политического сыска» и преследование лиц по идеологическим мотивам. В наш адрес бросали обвинения, дескать, в Министерстве безопасности продолжают линию КГБ по поиску внутренних врагов. Отдельные новоявленные демократы договорились до того, что после ликвидации СССР у самостоятельной России отсутствует реальный противник в лице империалистических государств, например военно-политического блока НАТО. Утверждалось, что угрозы безопасности стране могут исходить только от стран ближнего зарубежья, наших бывших союзных республик, их нестабильности в беспокойном приграничном окружении.
После распада СССР массовым явлением стала широкая миграция в нашу страну вынужденных беженцев из бывших республик Союза. Перемещались из родных мест в поисках лучших условий жизни сотни тысяч униженных, ограбленных и обездоленных людей, численностью своей превышавших депортированных при Сталине. Даже в ослабленной России они продолжали видеть своего векового защитника. Беженцы и перемещенные лица из республик Советского Союза — это, в первую очередь, изгнанные семьи русского и других народов, которым необходимо было предоставить жилье, работу, пенсии, возможности для обучения детей. Одновременно усилился отток русского населения из автономных республик Северного Кавказа, откуда оно вытеснялось с обжитых их предками в течение многих столетий земель.
Жизнь народа протекала в катастрофических условиях экономического падения, шоковой терапии, тяжелейшей инфляции. Экономический кризис принимал затяжной характер. В области потребления население страны было отброшено лет на двадцать назад, десятки миллионов граждан находились на уровне крайней нищеты. Новая социальная политика приводила к существенному имущественному расслоению, создавала предпосылки к зарождению социальных конфликтов в обществе.
Уголовная преступность перешагнула границы страны, все больше сращиваясь с международной мафией. В криминальной среде увеличивалось число правонарушений с применением оружия, экономических и должностных противозаконных действий, отмечался рост преступных группировок, которые приобретали национальную окраску.