В 1685 г. Карл II умер. Королем стал его брат Яков II, принадлежавший к католической церкви. Началось жестокое преследование вигов. В феврале 1687 г. Кембриджский университет получил предписание короля присвоить бенедиктинскому монаху Альбану Френсису степень магистра наук. Это противоречило закону: католический монах не мог стать магистром в одном из оплотов протестантства без специальной присяги. Были посланы гонцы к герцогу Альбемарлю, канцлеру университета. Его просили обратиться к королю. Но Яков II принял герцога холодно и настаивал на выполнении своего приказания.
Вскоре вице-канцлер и сенат университета получили приказ явиться в высшую судебную инстанцию — Верховную комиссию, уже получившую известность своей жестокостью и грубой расправой с теми, кто не поддерживал новую линию двора. Вице-канцлер Дж. Печелл должен был явиться лично, а сенат представляла делегация из восьми ученых. В состав этой делегации вошел Ньютон.
21 апреля в Вестминстере при огромном стечении публики рассматривалось дело Кембриджского университета. Комиссию возглавлял Дж. Джеффрис. На этой фигуре следует остановиться. Во всей истории Англии нелегко найти другого человека, который был бы столь же известен своей грубостью, жестокостью, произволом. Ему посвящены подробные жизнеописания, множество памфлетов в стихах и прозе и несколько чрезвычайно ярких страниц «Истории Англии» Т. Б. Маколея, через которые как бы проступают пытки, бичевания, казни, столь частые в царствование Якова II, и совершенно беспримерная садистская жестокость Джеффриса. Он получил печальную известность уже в качестве лондонского судьи. «Уже тогда, — пишет Маколей, — можно было заметить в нем самый возмутительный порок, какой только может встретиться в человеческой природе: наслаждение чужим страданием ради самого страдания. В способе произносить приговор над виновными высказывалось у него какое-то адское наслаждение. Слезы и мольбы этих несчастных, казалось, приятно щекотали его душу; он любил бросать их в дрожь расписыванием всех подробностей предстоящих им мучений» (19, 7, 23).
Впоследствии, будучи пэром, главным судьей Королевской скамьи, Джеффрис наводил ужас на всю Англию. «Теперь же, когда он был во главе самого грозного судилища в королевстве, редко кто не дрожал перед ним. Даже когда он бывал трезв, свирепый нрав его был довольно страшен. Но по большей части он находился под влиянием винных паров, которые отуманивали его рассудок и разжигали его бешеные страсти» (там же, 25).
«Редко кто не дрожал перед ним». К числу таких редких людей, по-видимому, принадлежал Ньютон. Это была встреча величайшей гордости Англии времен Реставрации и ее величайшего позора, встреча гения и ничтожества.
Перед тем как предстать перед Верховной комиссией, делегаты обсудили компромиссное решение: Френсис станет магистром, но это не создаст прецедента для вступления других католиков в состав ученых университета. Ньютон отказался подписать такое решение и предложил посоветоваться с юристом. В конце концов делегация согласилась с Ньютоном. Когда кембриджские профессора оказались перед Джеффрисом, вице-канцлер, по-видимому достаточно напуганный, начал сбивчиво излагать мнение делегации. Ньютон молчал (впрочем, Джеффрис и не давал никому говорить, тут же прерывая каждого). Делегацию выпроводили из зала, затем позвали, чтобы объявить решение: Печелла отстранили от должности и лишили связанных с ней доходов, а членов делегации предупредили о возможности более суровых репрессий. Это не было пустой угрозой: Оксфордский университет испытывал в то время еще более сильные удары, там король требовал избрания на пост президента Магдалининской коллегии крайне одиозного католика, и Джеффрис бушевал еще сильнее, чем на процессе Кембриджского университета.
Но шел уже последний год царствования Якова II. Король восстановил против себя всех — не только лондонскую буржуазию, но и землевладельцев, не только пресвитериан, но и иерархов англиканской церкви. Буржуазия была заинтересована в усилении роли Англии на континенте, и политика Стюартов, отдававших интересы государства в жертву Людовику XIV, главе общеевропейской католической реакции, вызывала озлобление. Йомены вспоминали о прошлом, они были готовы к новым боям. Даже старая аристократия отвернулась от династии — компромисс с буржуазией требовал ее смены. Парламентская оппозиция вела переговоры с правителем Нидерландов Вильгельмом Оранским, который был женат на дочери Якова II Марии. В ноябре 1688 г. Вильгельм с войском высадился в Англии. Яков II бежал во Францию. Начались выборы в новый парламент, который в феврале 1689 г. объявил Вильгельма королем, а Марию II Стюарт — его соправительницей.
Членом этого парламента — представителем Кембриджского университета — оказался Ньютон, примкнувший к вигам. Собственно, слово «примкнувший» требует оговорок. Как уже было упомянуто, Ньютон, кроме просьбы закрыть окно, не выступал в парламенте. Что же касается его политических симпатий, то они давно уже соответствовали программе вигов. Защита пресвитерианской церкви и того, что получило название «низкой церкви», выступления против католической реакции и концепция ограниченной законами и парламентом королевской власти соответствовали основным религиозным и политическим взглядам Ньютона и до избрания его в парламент. Деление на консерваторов и либералов появилось уже в Долгом парламенте, в 1641 г. Маколей полагает, что это разделение, прошедшее через всю страну, пробужденную к активным политическим и религиозным столкновениям, стало отчетливым в связи с длительным и систематическим его отражением в парламентских дебатах. В 40-х годах названия «кавалеров» и «круглоголовых» соответствовали разделению партий и в парламенте, и в стране. Название «виги», появившееся в 1679 г., первоначально презрительное, обозначало шотландских пуритан, восставших против католической реакции. Впоследствии это название было принято партией, находившейся в оппозиции к вернувшимся Стюартам. Примерно в то же время сторонники англиканской церкви, подчеркивавшие ее монархические основы, святость королевских прерогатив и подчас сближавшие англиканскую церковь с католической, приняли имя «тори», также данное им противниками (это была презрительная кличка ирландских защитников папизма, объявленных вне закона). Ядром этой партии были «кавалеры» Долгого парламента. Такова предыстория современных либералов и консерваторов.
Ньютону, который отнюдь не был активным деятелем партии вигов, принадлежит тем не менее весьма точная общая формулировка их основного тезиса. В одном из его писем, относящемся к тому времени, когда произошел инцидент с Альбаном Френсисом, говорится: «Всякий честный человек по законам божеским и человеческим обязан повиноваться законным приказаниям короля. Но если его величеству советуют потребовать нечто такое, чего нельзя сделать по закону, то никто не может пострадать, если пренебрежет таким требованием» (4, 2, № 301). Сходные формулы ограниченной законом власти короля повторяются и позже (4, 3, № 328).