Роммель уже принял решение на отступление в том случае, если англичане возобновят свои атаки. Но противник также был обескровлен и утратил способность вести активные боевые действия. На африканском фронте вновь установилось затишье. Англичане довольно быстро восполнили свои потери, и уже к началу сентября соотношение в людях и танках было 3:1, а в самолетах 4:1 в их пользу.
Понимая, что время работает не на него, Роммель предпринял новую попытку прорваться к р. Нил, на этот раз через горный хребет Алам Хальфа. Но в боях, которые развернулись там 30 августа — 2 сентября 1942 года, его войска потерпели неудачу, потеряв до 50 танков. Потери англичан составили около 70 танков. 8-ю английскую армию теперь возглавлял новый командующий генерал Б. Монтгомери. Это был уже пятый ее командующий, сменявшийся менее чем за год. Таким образом, попытка Роммеля обойти оборону противника в районе Эль-Алла-мейна закончилась провалом. К этому времени сам он был уже серьезно болен. До предела измотанный полуторагодичным пребыванием в знойных африканских песках, страдавший от многих болезней (желудок, кишечник, печень, гипертония и др.) и сильного переутомления Роммель получил отпуск для лечения и 27 сентября отбыл на один из горных курортов в Австрии. Командование армией возглавил его заместитель генерал Г. Штумме. 23 октября англичане перешли в наступление. Они располагали значительным превосходством в силах и средствах над немецко-итальянскими войсками (230 тыс. человек, 1440 танков, 2311 орудий и 1500 самолетов против 80 тыс. человек, 540 танков, 1219 орудий и 350 самолетов). На следующий день в ставку Гитлера поступило сообщение, что генерал Штумме пропал без вести (вскоре его тело было найдено, генерал умер от сердечного приступа).
25 октября фюрер позвонил Роммелю и попросил его срочно вернуться в Африку. Прибыв в армию, Роммель приложил максимум усилий, чтобы отразить наступление противника. Некоторое время, используя недостаточную решительность англичан, это ему удавалось. Но натиск противника все нарастал: он вводил в сражение все новые и новые силы. В ночь на 3 ноября Роммель был вынужден отдать своим войскам приказ на отступление, поскольку все возможности для дальнейшего сопротивления были уже исчерпаны. Но тут, к своему великому удивлению, он получает приказ Гитлера «стоять твердо, не сдавать ни пяди земли и задействовать в сражении всех и все, до последнего солдата и последней винтовки». Фельдмаршал отказывался верить своим глазам — до этого времени Гитлер никогда не вмешивался в его оперативные планы. Он подчинился приказу фюрера, но это стоило ему потери более половины еще остававшихся у него танков и целого итальянского корпуса (10-й армейский корпус). Вечером 4 ноября Роммель на свой страх и риск вновь отдал приказ на отступление. Его решение об отступлении из Египта Гитлер вынужден был утвердить задним числом.
Второе сражение при Эль-Аламейне (23 октября — 4 ноября 1942 года) закончилось полным поражением немецко-итальянской танковой армии (1 ноября 1942 года танковая армия «Африка» была переименована в немецко-итальянскую танковую армию). Ее потери составили 55 тыс. человек, 320 танков и около 1 тыс. орудий. Остатки разгромленных под Эль-Аламейном войск Роммеля избежали полного уничтожения только потому, что англичане вели преследование слишком медленно.
Отступив к началу 1943 года в Тунис, Роммель закрепился там на заранее подготовленных позициях. После высадки англо-американских войск в Марокко и Алжире (ноябрь 1942 года) Роммель предложил Гитлеру оставить Северную Африку и эвакуировать немецко-итальянские войска в Европу. Но фюрер не пожелал об этом даже и слышать. По его приказу в Африку была переброшена вновь сформированная 5-я танковая армия (генерал Ю. фон Арним), которая вместе с немецко-итальянской танковой армией образовала группу армий «Африка», которую возглавил Роммель (февраль 1943 года).
В конце февраля войска новой группы армий нанесли поражение американцам в боях на перевале Кассерин, но в начале марта сами потерпели серьезную неудачу при Меденине. 9 марта Гитлер отозвал Роммеля в Германию. Прибывший в ставку фюрера фельдмаршал был награжден бриллиантами к Рыцарскому кресту (11 марта 1943 года). Рыцарский крест с дубовыми листьями, мечами и бриллиантами являлся высшей боевой наградой в нацистской Германии. Роммель стал первым из гитлеровских фельдмаршалов, удостоенных этой награды. После него до конца войны такую награду получили еще 3 фельдмаршала (Кессельринг, Модель и Шернер). Все они, как и Роммель, были «выходцами из народа», но в отличие от него, являлись ярыми нацистами.
До Эль-Аламейна Гитлер и Роммель были между собой в прекрасных отношениях. Но после этого сражения их отношения стали неуклонно ухудшаться. Вызванный после поражения под Эль-Аламайном в ставку фюрера фельдмаршал стал свидетелем тех же сцен, которые уже испытали до него многие из высших военачальников Третьего рейха: на него как из рога изобилия посыпались обвинения в пораженческих настроениях. Роммель впервые испытал на себе истерические припадки ярости фюрера, вспышки беспричинного гнева, нечленораздельные вопли, бессвязную ругань и другие атрибуты странного, не поддающегося здравой логике поведения обожаемого им до сих пор верховного главнокомандующего. В конце концов Гитлер договорился до того, что поставил под сомнение боеспособность всего Африканского корпуса. В ответ на это оскорбление Роммель, ни говоря ни слова, резко развернулся и вышел из комнаты. Позднее он стал более решительным в общении с Гитлером. Когда тот в очередной раз набросился на него с обвинениями — почему солдаты его армии вместо того чтобы стоять насмерть предпочитают отступление, — Роммель в ответ предложил: пусть фюрер или кто-нибудь из его окружения лично прибудет на фронт и покажет, как это делается.
После отъезда из Африки Роммель в течение нескольких месяцев находился как бы в «полуотставке». В мае 1943 группа армий «Африка», как он и предполагал, была окончательно разгромлена западными союзниками в Тунисе, а остатки ее 13 мая 1943 года капитулировали. Когда агония этой обреченной на гибель группировки немецко-фашистских войск подходила к концу, Гитлер вызвал Роммеля к себе в ставку. «Мне следовало бы прислушаться к вашему мнению», — заявил фюрер полуопальному полководцу.
Роммель снова оказался у него в доверии, неофициальная отставка закончилась, и в июле 1943 года он получил назначение на должность командующего вновь создаваемой группы армий «Б», штаб которой находился в Мюнхене (Бавария). В августе 1943 года ее войска были переброшены в Северную Италию. После высадки англо-американских войск на юге Апеннинского полуострова образовался Итальянский ТВД. Боевые действия на нем вели войска группы армий «Ц» (генерал-фельдмаршал А. Кессельринг). Оперативностратегические взгляды двух фельдмаршалов, оказавшихся в Италии, сразу же кардинальным образом разошлись. Гитлер принял сторону своего нового любимца Кессельринга, который всегда и во всем с ним соглашался.
