говорит он. – Нам нужно было определить структуры, поскольку именно структуры – складки и формы – сохраняются в течение более долгого эволюционного периода, чем последовательности нуклеиновых кислот”. Иными словами, последовательность букв в ДНК не показывала, каким образом она работает: необходимо было понять, какую форму имеет молекула, чтобы на основании этого определить, как происходит ее взаимодействие с другими молекулами [78].
Виденхефт решил, что должен изучить структурную биологию, и для этого не было места лучше, чем лаборатория Даудны в Беркли.
Виденхефт слишком серьезен, чтобы сомневаться в себе, и это не укрылось от Даудны на собеседовании. “Я приехал из маленькой лаборатории в Монтане и ценил себя достаточно высоко, а потому не стушевался, хотя мне и следовало бы”, – вспоминает он. Он собирался предложить несколько возможных тем, однако, когда Даудна проявила интерес к CRISPR, его главной страсти, Виденхефт сразу загорелся. “Я болтал без умолку, стараясь представить себя в лучшем свете”. Он подошел к доске и перечислил на ней проекты CRISPR, осуществлявшиеся другими исследователями, включая команду Джона ван дер Оста и Стэна Броунса из Нидерландов, с которыми он работал, когда они приезжали в Йеллоустон за образцами микроорганизмов из горячих источников.
В ходе мозгового штурма Виденхефт с Даудной прикинули, чем может заняться ее лаборатория, удостоив особенного внимания изучение функций CRISPR-ассоциированных ферментов (ферментов Cas). Даудну поразили энергия и заразительный энтузиазм Виденхефта. На него же произвел впечатление ее интерес к CRISPR. “У нее есть дар заглядывать вперед и понимать, где ждать следующего прорыва”, – говорит он [79].
Виденхефт погрузился в работу в лаборатории Даудны с той же страстью, которую проявлял в своих походах. Он готов был очертя голову нестись вперед и осваивать техники, которые никогда прежде не применял. В обед он отправлялся тренироваться на велосипеде, а днем и вечером работал в лаборатории, не снимая велосипедного костюма и шлема. Однажды он проводил эксперимент на протяжении двух суток и все это время не покидал лабораторию, даже чтобы поспать.
Мартин Йинек
Желая изучить структурную биологию, Виденхефт интеллектуально и дружески сблизился с постдоком, который был экспертом по кристаллографии в лаборатории Даудны. Мартин Йинек родился в Чехословакии, в силезском городе Тршинец. Он изучал органическую химию в Кембридже и написал диссертацию под руководством итальянского биохимика Елены Конти в Гейдельберге. Это не только наделило его гибким научным мировоззрением, но и позволило ему приобрести гибридный акцент: он говорит очень четко и то и дело перемежает свою речь фразой “по сути” [80].
В лаборатории Конти Йинек заинтересовался главной звездой этой книги – молекулой РНК. “Это удивительно разноплановая молекула – она может выступать катализатором, может складываться в 3D-структуры, – сказал он впоследствии Кевину Дэвису из CRISPR Journal. – В то же время она переносит информацию. Это универсал в мире биомолекул!” [81] Он хотел работать в лаборатории, где сможет изучить структуру комплексов, в которых сочетались РНК и ферменты [82].
Йинек прекрасно умел ставить себе задачи. “Он мог работать самостоятельно, а это всегда ценилось в моей лаборатории, поскольку я не руковожу каждым шагом сотрудников, – говорит Даудна. – Я предпочитаю нанимать людей, которые имеют собственные творческие идеи и хотят работать в команде под моим руководством, но при этом не ждут от меня ежедневных указаний”. Она назначила встречу с Йинеком, когда поехала на конференцию в Гейдельберг, а затем пригласила его в Беркли, где он познакомился с сотрудниками ее лаборатории. Она считала, что членам команды очень важно чувствовать себя свободно в общении с новыми коллегами.
Когда Йинек перешел в лабораторию Даудны, он сначала сосредоточился на изучении механизмов РНК-интерференции. Ученые уже описали, как проходит этот процесс в живых клетках, но Йинек понимал, что для полноты картины необходимо воссоздать процесс в пробирке. Эксперименты in vitro позволили ему выделить ферменты, которые играют важнейшую роль при воздействии на экспрессию гена. Он также смог изучить кристаллическую структуру одного конкретного фермента и тем самым показать, как именно он разрезает матричную РНК [83].
Йинек и Виденхефт имели совершенно разную подготовку и были совсем непохожи друг на друга по характеру, но прекрасно дополняли друг друга. Йинек специализировался на кристаллографии и хотел поработать с живыми клетками, а Виденхефт занимался микробиологией и хотел изучить кристаллографию. Они сразу понравились друг другу. Виденхефт отличался гораздо более озорным чувством юмора, но оно было таким заразительным, что вскоре Йинек его подхватил. Однажды, приехав вместе с коллегами с визитом в Аргоннскую национальную лабораторию в Чикаго, они работали в огромном круглом здании, где находится мощный источник синхротронного излучения Advanced Photon Source, или APS. Здание так велико, что ученые передвигаются по нему на трехколесных велосипедах. В четыре утра, проработав всю ночь, Виденхефт устроил гонку на велосипедах по всей окружности здания и, конечно, победил [84].
Даудна решила, что ее лаборатория поставит перед собой цель разделить систему CRISPR на химические составляющие и изучить, как работает каждая из них. Первым делом они с Виденхефтом предпочли сосредоточиться на CRISPR-ассоциированных ферментах.
Cas1
Давайте прервемся на краткий ликбез.
Ферменты – это белки особого типа. Их главная функция – выступать в качестве катализатора, запускающего химические реакции в клетках живых организмов, от бактерий до человека. Ферменты катализируют более пяти тысяч биохимических реакций. Благодаря им расщепляются белки и углеводы в пищеварительной системе, сокращаются мышцы, передаются сигналы между клетками, регулируется обмен веществ и (что особенно важно для нашей темы) происходит разрезание и сплайсинг ДНК и РНК.
К 2008 году ученые открыли ряд ферментов, производимых генами, которые соседствуют с последовательностями CRISPR в ДНК бактерий. Эти CRISPR-ассоциированные ферменты (ферменты Cas) позволяют системе вырезать и вставлять в геном новые воспоминания о вирусах, атакующих бактерии. Они также создают короткие сегменты РНК, называемые CRISPR-РНК (сгРНК), которые направляют работающий по принципу ножниц фермент к опасному вирусу, чтобы вырезать его генетический материал. Вуаля! Так хитроумные бактерии и создают адаптивную иммунную систему!
Система обозначений этих ферментов в 2009 году еще не сложилась, в основном потому, что их открывали в разных лабораториях. В конце концов названия привели к единому стандарту: Cas1, Cas9, Cas12 и Cas13.
Даудна и Виденхефт решили сосредоточиться на ферменте Cas1. Это единственный фермент Cas, который встречается во всех бактериях с системами CRISPR, а значит, выполняет фундаментальную функцию. Cas1 обладал и другим преимуществом для лаборатории, где для изучения того, как структура молекулы определяет ее функции, применялась рентгеновская кристаллография: его было просто кристаллизовать [85].
Виденхефт смог выделить ген Cas1 из бактерий и клонировать
