Между тем в Европе долгое время даже не знали, жив ли Эмин, а о том, что он невозбранно царит в своей провинции, никто и подумать не мог. Все были уверены, что магдисты, овладевшие Хартумом и всеми другими египетскими крепостями в Судане, уничтожившие несколько египетских армий, угрожавшие самому Египту и англичанам в Вадигальфе и Суакиме, давно заняли Экваториальную провинцию и разбили войска Эмина. Большинство было уверено, что Эмин погиб, так же как Гордон и многие другие из его европейских сподвижников. Только известный путешественник Швейнфурт, бывший ранее вместе с Эмином в Африке, настойчиво утверждал, что Эмин жив и что его не так-то легко выжить из его провинции. В середине 1886 года пришло наконец письмо от доктора Юнкера, который, как сказано, пробрался из Экваториальной провинции в Занзибар. Эмин оказался не только жив, но и управлял неограниченно в самом центре Африки огромной областью, и просил у Европы помощи для того, чтобы поставить дело цивилизации в этой стране на прочную почву. Воззвание Юнкера по этому поводу произвело в Европе сильное впечатление. Особенно было взволновано общественное мнение в Англии, где считали смерть Гордона грехом, лежащим на совести английского общества, и теперь хотели как бы загладить этот грех спасением Эмина и его храброй армии. Немедленно образовался «комитет помощи Эмину», во главе которого стал известный филантроп Маккинон, и была открыта подписка для получения необходимых средств. Подписка дала громадные суммы: один Маккинон внес около ста тысяч рублей. Египетское правительство, на службе которого Эмин продолжал числиться и несколько офицеров которого было заперто в Экваториальной провинции вместе с Эмином, дало экспедиции несколько десятков своих солдат из суданцев. Бельгийский король как протектор «штата Конго» предоставил в распоряжение экспедиции суда, плавающие на Конго. Английское правительство через своего представителя в Занзибаре набрало на службу экспедиции 650 занзибарцев. Наконец компания индийско-британского мореходства предоставила экспедиции огромный пароход для перевозки ее личного состава и багажа из Каира в Занзибар и отсюда на устье Конго. Многие англичане пожелали присоединиться к экспедиции и разделить ее опасности.
Но кто же должен был стать во главе этого смелого предприятия? Кто должен был вести эту маленькую армию в самое сердце Африки и кто мог с успехом выполнить такую необыкновенную задачу? Относительно этого предмета не было ни малейшего разногласия. Все знали, что только один человек был в состоянии выполнить огромное предприятие, начатое английским обществом, и что этот человек — Стэнли.
Когда в конце 1886 года возник вопрос о снаряжении экспедиции на помощь Эмину, Стэнли находился в пути в Соединенные Штаты, где в ряде городов ему предстояло сделать конференции о своих путешествиях и открытиях; отсюда он собирался в Австралию для таких же конференций. Эти конференции должны были дать Стэнли целое состояние: по крайней мере, в одной Австралии антрепренер, устраивавший это путешествие с чтениями, гарантировал Стэнли минимальный доход в 200 тысяч франков. Высадившись в Нью-Йорке, Стэнли получил телеграмму от Маккинона с приглашением стать во главе освободительной экспедиции и со следующим же пароходом отплыл в Европу, отказавшись от тех благ, которые ему сулили конференции. Он полагал, что его положение знатока Центральной Африки обязывает его идти на помощь Эмину более чем кого-либо другого; к тому же он ближе, чем кто-либо другой, знал, как должен себя чувствовать европеец, заброшенный в глубь Африки и оставшийся один. Через некоторое время Стэнли появился во главе многолюдной экспедиции в устье Конго, чтобы отсюда предпринять новое трехлетнее путешествие. Путь через Конго, самый длинный, был избран ввиду того, что дороги в Экваториальную провинцию с севера по Нилу и от восточного берега Африки были загорожены: северная — магдистами, а восточная кровожадными королями Уганды и Униоро, имевшими громадные вооруженные ружьями армии. Конечно, и на новом пути Стэнли должен был ожидать препятствий, о которых он мог составить понятие в свое первое путешествие через Африку. Но на этом пути, по крайней мере, не было известно таких сильных владений, как Униоро, Уганда и вновь образованное государство магдистов, хотя, конечно, и здесь могло оказаться нечто подобное. Новый путь имел еще то преимущество, что он пролегал через совершенно неизвестные области, которые можно было попутно обследовать. Избрав этот путь, Стэнли смело выступил 19 марта 1887 года из устья Конго в поход, продолжавшийся три года. Путь, пройденный им в этот раз от устья Конго до Богамайо на Занзибарском берегу, составил немного менее двух тысяч верст.
Общая численность экспедиции превышала 700 человек. Только немногие из них благополучно окончили путешествие; большинство же погибло в глубине Африки от болезней, голода и стрел туземцев или дезертировало. В состав экспедиции входило, кроме Стэнли, десять европейцев; двое из них не вынесли тяжести пути и вернулись в начале дороги, а трое погибли, так что весь путь совершили только пятеро.
В числе спутников Стэнли был также Типпо-Тип, сопровождавший уже Стэнли в путешествии по Конго, о чем было сказано в своем месте. На этот раз Стэнли встретил Типпо-Типа в Занзибаре и условился с ним относительно поставки носильщиков для экспедиции на верхнем Конго, где лежали владения Типпо-Типа. Последний вместе со Стэнли объехал вокруг Африки и теперь поднимался с экспедицией по Конго.
Начало пути было сделано на пароходах. Но так как Конго невдалеке от устья делается несудоходным, то скоро пришлось идти сухим путем. Уже здесь экспедиция не раз испытывала серьезный недостаток в съестных припасах, так как туземцы производят таковые почти исключительно в размере собственного продовольствия и населению впервые приходилось иметь дело с таким огромным спросом на провизию, какой предъявляла толпа в 700 с лишним человек. От Стэнли-Пуля путешествие снова продолжалось на пароходах, довезших экспедицию до Ямбуйя на Арувими, притоке Конго. Дальнейшему движению пароходов препятствовали пороги, и отсюда нужно было идти сухим путем. До сих пор большую часть пути экспедиция совершала по территории, фактически занятой «штатом Конго». Здесь везде царил порядок, и экспедиция была свободна от каких-либо враждебных действий со стороны туземцев. К тому же, благодаря пароходам, путешествие совершалось весьма быстро. Совсем в иные условия попала экспедиция, вступив в область Арувими. Здесь начинался совершенно неизвестный край, и экспедиция должна была рассчитывать только на собственные силы. Путешествие, которое отсюда должно было совершаться пешком, делалось крайне медленным и тяжелым.