В начале 1940 года Редер явился инициатором плана оккупации Норвегии (план «Везерюбунг-Норд»), убедив Гитлера в необходимости проведения этой операции, чтобы упредить англичан, готовивших, по данным разведки, там высадку с целью захвата норвежских портов. Он добился от Гитлера того, что общее руководство этой операцией было возложено на Главное командование ВМФ (ОКМ). При проведении Норвежской кампании (апрель — июнь 1940 года) германский флот понес тяжелые потери — погибли 3 крейсера (в том числе тяжелый крейсер «Блюхер»), 10 эсминцев, 4 подводных лодки и более 10 других кораблей. Кроме того, получили тяжелые повреждения и надолго вышли из строя линейные корабли «Шарнхорст» и «Гнейзенау». Тем не менее главная цель, которую ставил перед собой Редер, — захват норвежских портов — была достигнута. За эту победу Гитлер лично вручил ему Рыцарский крест. Потери противника в этой краткосрочной кампании составили: 1 авианосец, 2 крейсера, 9 эсминцев и 6 подводных лодок.
Несмотря на достигнутый успех, боевые возможности германского ВМФ оказались серьезно подорванными. К концу июня 1940 года у Германии из надводных кораблей в строю оставались лишь 1 тяжелый и 2 легких крейсера, 4 эсминца.
Участие ВМФ в боевых действиях на Западе весной и летом 1940 года было крайне ограниченным. Его основные силы в это время были задействованы в Норвегии и Северной Атлантике, а для содействия войскам Западного фронта выделены лишь несколько флотилий торпедных катеров.
В ходе Французской кампании 1940 года они уничтожили свыше 240 судов противника, в том числе 34 военных корабля, самыми крупными из которых были эсминцы.
При подготовке операции вторжения в Англию [план «Зеелеве» («Морской лев»)] на Редера была возложена задача обеспечить переброску десантных войск через Ла-Манш. Однако при имеющемся соотношении сил и средств эта задача для германского ВМФ была невыполнима и заранее обречена на провал. Но, к счастью для Редера, операция «Морской лев» не состоялась — осенью 1940 года она была отменена. К этому времени Редеру пришлось окончательно распрощаться с мечтой, хотя и эфемерной, о завоевании господства на море. Свои основные усилия он решил сосредоточить на ведении подводной войны, отношение к которой до сих пор у него было довольно скептическим. Он всегда считал, что основные задачи в войне на море должны решать соединения крупных надводных кораблей, а подводным лодкам отводил вспомогательную роль. Но с началом Второй мировой войны, столкнувшись с суровой реальностью, он вынужден был пересмотреть свои взгляды. Уже в октябре 1939 года после отказа имперского правительства от программы «Z», Редер поставил перед Гитлером вопрос об увеличении ежемесячного строительства подводных лодок с 2 до 29. Однако здесь на его пути встал Геринг, ведавший вопросами военного производства. Он отказался пойти навстречу пожеланиям Редера, предложив ему обходиться собственными производственными мощностями. Отказаться же ради подводных лодок от своего любимого детища — строительства крупных надводных кораблей — Редер в то время просто не мог. И это был его серьезный просчет.
Начиная с 1941 года, Гитлер стал все чаще вмешиваться в дела военно-морского командования. 27 мая 1941 года погиб в Атлантическом океане только что вступивший в строй линкор «Бисмарк». Вместе с ним погиб и командующий флотом адмирал Г. Лютьенс. Гитлер был против выхода этого линкора в море, но Редер сумел убедить его в необходимости такого похода, который закончился для «Бисмарка» трагически — он был потоплен англичанами. Доверие фюрера к своему гросс-адмиралу после этого вновь серьезно пошатнулось. Оно еще более упало после того, как Редер усомнился в возможности провести немецкие корабли через Ла-Манш. Но операция, предпринятая по инициативе Гитлера и вопреки возражениям Редера, увенчалась успехом. Последней каплей, переполнившей чашу терпения фюрера, явилась неудачная попытка отряда германских кораблей (тяжелый крейсер «Хиппер», «карманный» линкор «Лютцов» и 6 эсминцев), возглавляемого вице-адмиралом О. Куммецем, в декабре 1942 года атаковать в Северной Атлантике союзный конвой «PQ-17». Имевший приказ Редера «не рисковать» Куммец уклонился от решительной атаки конвоя, но тем не менее ему все же не удалось избежать неожиданного столкновения с двумя английскими крейсерами. В скоротечном бою с ними «Хиппер» получил повреждения, а один эсминец был потоплен противником. Узнав об этом, Гитлер пришел в ярость. Он обвинил моряков в бездарности, трусости и заявил, что прикажет сдать все крупные корабли на металлолом.
6 января 1943 года Редер был вызван в Берлин, но, прибыв туда, он сказался больным и явился «на ковер» к фюреру только через 5 дней. Холодно встретив гросс-адмирала, Гитлер в весьма резких выражениях высказал ему свое недовольство деятельностью флота. Поняв по ледяному тону фюрера, что доверие верховного главнокомандующего к нему окончательно утрачено, Редер потребовал отставки. Гитлер это требование сразу же принял к сведению и, заметно смягчившись, попросил гросс-адмирала назвать возможных преемников. Редер предложил на выбор генерал-адмиралов Р. Карльса и К. Деница. На том и расстались.
30 января 1943 года Редер получил официальное уведомление об отставке. Его преемником на посту главнокомандующего кригсмарине (ВМС) стал Дениц, отношения с которым у Редера были далеко не безоблачными уже на протяжении многих лет. Редер получил назначение на должность генерал-инспектора ВМС. Поскольку права и обязанности его в новой должности были весьма неопределенными, то это назначение скорее всего можно было расценивать как слегка закамуфлированное увольнение со службы. Так его, впрочем, воспринял и сам Редер. Никакого участия в дальнейших событиях Второй мировой войны он уже не принимал, большую часть времени проводя в своем поместье.
В начале мая 1945 года был арестован советскими войсками. Сразу после ареста перенес сильный инфаркт. По выздоровлении как военнопленный отправлен в Советский Союз. Осенью 1945 года в числе других главных военных преступников предстал перед Международным военным трибуналом в Нюрнберге. За военные преступления в годы Второй мировой войны и вклад, внесенный в предвоенные годы в дело подготовки агрессии гитлеровской Германии, приговорен к пожизненному тюремному заключению. Просьба Редера о замене ему этой меры наказания расстрелом трибуналом была отклонена. Наказание отбывал в тюрьме Шпандау.
В январе 1955 года 78-летний гросс-адмирал был освобожден по состоянию здоровья. Поселился в Киле, где и провел последние годы своей жизни. Получал от правительства ФРГ адмиральскую пенсию. Написал мемуары «Моя жизнь», в которых оправдывал действия немецко-фашистского ВМФ во время Второй мировой войны. Умер Редер в глубокой старости, на 85-м году жизни. Ветераны кригсмарине проводили своего гросс-адмирала в его последний путь со всеми воинскими почестями.
