Раскол демократов на несколько партий и движений имел для них самые печальные последствия. В Санкт-Петербурге, например, вообще создалась гротескная ситуация, когда в лагере реформаторов Путин и Собчак боролись друг с другом. Сбитые с толку избиратели не могли понять, за кого из них нужно отдать свой голос. Отсутствие единства в демократическом лагере сыграло на руку коммунистам и Жириновскому. Их партии, к ужасу российских либералов и западной общественности образовали в Думе две крупнейшие фракции. Попов и Собчак с их «Движением демократических реформ» так и не смогли преодолеть пятипроцентный барьер.
Несмотря на участившиеся резкие выпады в адрес Путина, Собчак по-прежнему полностью доверял ему. Многие в Санкт-Петербурге считали Путина подлинным хозяином города, «серым кардиналом», ловко проворачивающим свои дела за спиной ничего не подозревающего Собчака. Мэр же высоко ценил своего заместителя за то, что Путин не стремился выдвинуться на первый план, не проявлял политических амбиций и всегда информировал его обо всех своих начинаниях. Путин теперь осуществлял контроль за политической ситуацией в городе во время участившихся зарубежных поездок Собчака и был даже назначен председателем Комиссии по оперативным вопросам, которая имела право призвать к ответу руководителей всех городских учреждений, в том числе силовых ведомств. В марте 1999 года Собчак сделал Путина своим первым заместителем, открыв ему тем самым дорогу в большую политику.
Самое удивительное, что, по общему мнению, у Путина напрочь отсутствовали качества, необходимые для политика. Он не обладал ораторским даром, публичным речам предпочитал закулисный торг и очень не любил выступать в городском законодательном собрании. Но он как никто другой умел договариваться в тиши кабинетов. Надменный, плохо владевший собой Собчак, способный настроить против себя даже близких людей, вообще не мог найти с депутатами общий язык. Поэтому таким деликатным делом как достижение компромисса с ними, занимался исключительно Путин.
Профессор Димитрий Ленков, в свое время исполнявший обязанности координатора фракции «Демократическая Россия» в Законодательном собрании Санкт-Петербурга, убежден, что по характеру и складу ума Путин гораздо больший европеец, чем Собчак. Бывший мэр часто нарушал элементарные правила приличия, был вспыльчив, раздражителен и любую критику в свой адрес воспринимал как оскорбление. Путин же, по словам Ленкова, умел в нужный момент успокоить своего чересчур властного, не привыкшего прислушиваться к другим шефа, и удержать его от необдуманных поступков. Без него Собчак рано или поздно заключил бы какую-нибудь сомнительную сделку и имел бы потом серьезные неприятности. Другими словами, Путин спас его репутацию, потому что помог избежать многих искушений. Благодаря ему, Собчак не оказался замешанным ни в одном громком коррупционном скандале.
Поэтому мэр буквально завалил Путина работой, давая ему самые разнообразные, порой, казалось бы, невыполнимые поручения. От него требовали то навести порядок в городском игорном бизнесе, то заняться реконструкцией аэропорта в Пулково, то организовать торжественное открытие Литовского торгового центра. Целыми днями в его кабинете толпились бизнесмены чуть ли не со всего мира. Японцы хотели создать здесь совместное предприятие по производству телекоммуникационного оборудования, американцы из компании «Кока-кола» — расширить отведенный им участок городской земли и увеличить объем производства популярного напитка, а представители российских немцев просили разрешить им поселиться в Санкт-Петербурге. Следует отметить, что, в отличие от Путина, Собчак не любил заниматься конкретными проектами, но зато обожал популистские акции. Так, например, вместо того, чтобы модернизировать метрополитен, он потратил миллионы средств из городского бюджета на проведение «Игр доброй воли».
Еще одной проблемой было отсутствие признаков обещанного экономического подъема. Путин и Собчак в своих выступлениях рисовали картину прекрасного будущего, ожидавшего жителей Санкт-Петербурга в случае создания здесь свободной экономической зоны и притока зарубежных инвестиций. Город на Неве должен был превратиться в символ благополучия. Но падение производства и рост безработицы не давали оснований для столь радужного прогноза. Более того, в середине девяностых годов наиболее притягательным для иностранных инвесторов стала Москва. Экономическая политика мэра российской столицы Юрия Лужкова оказалась гораздо более эффективной, чем все начинания и проекты Собчака.
В мае 1995 года мэр пригласил к себе Путина для обстоятельного разговора. В преддверии новых парламентских выборов от былого единства демократов не осталось и следа. В Государственной Думе первого созыва тон задавали националисты во главе с Жириновским и коммунисты. В декабре у демократов тоже было мало шансов, поскольку они, как и два года назад, раскололись на множество мелких, соперничающих между собой партий и движений. В Москве место «Выбора России» Гайдара заняло созданное на деньги нескольких «придворных» финансовых магнатов общественно-политическое движение «Наш дом — Россия» (НДР), лидером которого стал премьер-министр Черномырдин. Подобно своему предшественнику, новая «партия власти» также обратилась за поддержкой к влиятельным у себя на родине губернаторам и главам городских администраций. Непокорным региональным лидерам Кремль чуть ли не в открытую угрожал экономическими санкциями.
Путин был вынужден выручать шефа. Правда, на этот раз Собчак решил не баллотироваться в Думу ни по одномандатному округу, ни по партийному списку своего «Движения». Вместо этого он поручил вице-мэру провести в Санкт-Петербурге избирательную кампанию «Нашего Дома — России» так, чтобы Кремль остался ею доволен. По настоянию Собчака Путин также согласился возглавить региональное отделение этой организации. Для Черномырдина крайне важно было упрочить позиции своего движения именно в северной столице. Поэтому он даже включил Путина в состав Политсовета НДР, в кулуарах именуемого не иначе как «Политбюро», со сроком пребывания в нем до июня 1997 года. Но Путин не имел опыта проведения избирательных кампаний и совершил все ошибки, какие только может совершить дилетант. Как и в старые добрые советские времена, он распорядился развесить на всех центральных улицах плакаты с изображением Черномырдина и одной и той же подписью под ним. Когда позднее от него потребовали объяснений, он лишь коротко ответил: «Такие плакаты мне прислали из Москвы. Я же не мог их выбросить». Впоследствии выяснилось, что вся предвыборная стратегия «партии власти» была принципиально неверной. В итоге из кандидатов в депутаты-одномандатники, выставленных ею от каждого из восьми районов Санкт-Петербурга, ни один не набрал нужного числа голосов. А по количеству же депутатов, прошедших в городе на Неве в Думу по партийным спискам, НДР занял только третье место, уступив «Яблоку» и «Выбору России». После долгих, мучительно трудных переговоров — не обошлось, разумеется, без интриг и взаимных обвинений — между различными демократическими партиями была достигнута договоренность о том, что в нижней палате Санкт-Петербург будут представлять два депутата от «Нашего дома России», избранные по партийному списку. Один из мандатов достался жене Собчака Людмиле Нарусовой.