За время своего пребывания на юге Египта Дезе показал себя умелым и умным военным администратором. Управляя завоеванным краем, он снискал не только признательность, но и уважение местного населения, называвшего его «султаном Эль-Адель» (справедливый правитель).
Боевые заслуги Дезе во время Египетского похода получили высокую оценку со стороны Наполеона Бонапарта, приславшего ему драгоценную саблю при очень лестном письме. Покидая 24 августа 1799 года Египет, Бонапарт в числе наиболее близких к нему генералов намеревался забрать с собой и Дезе. Однако ввиду поспешности отъезда, подготовка к которому проводилась в строжайшей тайне и в очень ограниченное время, своевременно вызвать Дезе из Верхнего Египта не представлялось возможным. Поэтому Бонапарт передал своему преемнику на посту главнокомандующего Восточной армией генералу Ж. Клеберу просьбу отправить Дезе во Францию при первой же возможности. Такая возможность появилась только после заключения Клебером Эль-Аришского договора с Турцией (24 января 1800 года) о перемирии и последующей эвакуации французских войск из Египта на почетных условиях. Но Англия отказалась признать этот договор, и под ее давлением турки разорвали его.
Дезе отправился во Францию сразу же после заключения соглашения в Эль-Арише. Его сопровождал английский офицер, который должен был наблюдать за соблюдением оговоренных в договоре условий. Разрыв договора произошел в то время, когда Дезе уже находился в пути. По прибытии в итальянский порт Ливорно (область Тоскана) он по распоряжению английского адмирала Д. Кейта был задержан и объявлен военнопленным. Арестованному и доставленному к нему французскому генералу адмирал заявил, что выделяет на его содержание в тюрьме по 1 франку в день и с издевкой добавил: «Я полагаю, что вы, объявившие у себя принцип всеобщего равенства, будете вполне довольны, если я буду кормить вас наравне с солдатами?» — «Я всем доволен адмирал, — ответил Дезе. — Но я имел в Египте дело с турками, мамлюками, арабами и неграми, и все они держали свое слово, которое не сдержали вы. Единственное, о чем я прошу, это чтобы вы избавили меня от своего присутствия». Пробыв месяц в плену, Дезе был освобожден по обмену и прибыл во Францию как раз в то время, когда Наполеон Бонапарт завершал подготовку к Итальянскому походу 1800 года. В армию Наполеона он явился за 2 дня до сражения при Маренго. Наполеон был несказанно обрадован прибытием своего боевого сподвижника, сразу же, отложив все дела, принял его и имел с ним продолжительную беседу. Дезе был назначен командиром корпуса, состоявшего из двух дивизий. На следующий день он получил приказ выдвинуться с одной дивизией своего корпуса (дивизия генерала Ж.Буде) к городу Нови (Нови-Лигуре), перерезать там дорогу Генуя — Алессандрия и воспретить переброску австрийских войск, только что овладевших Генуей, в район Алессандрии, где сосредоточивались главные силы австрийской армии генерала М. Меласа. 14 июня 1800 года Дезе был на марше, когда до него долетели звуки отдаленной артиллерийской канонады, доносившейся со стороны Маренго. Он сразу же понял, откуда грозит опасность, немедленно повернул обратно и форсированным маршем двинулся на выстрелы. Проявленная им инициатива оказалась как нельзя кстати. К 15 часам развернувшееся в районе Маренго генеральное сражение Наполеоном было полностью проиграно. Поле боя осталось за австрийцами. Теснимые противником французы повсюду отступали. Огонь уже затихал с обеих сторон. Мелас разослал курьеров во все концы с известием о решающей победе, одержанной над Бонапартом. Считая дело практически законченным, легко раненый австрийский главнокомандующий уехал в Алессандрию, передав командование своему начальнику штаба генералу А. Цаху. Ему была поставлена задача преследовать разбитую и отступавшую французскую армию. И вот в этот последний миг, когда, казалось, уже опустился занавес за завершающим актом постигшей французов трагедии, перед обескураженным поражением Наполеоном на взмыленном коне и весь забрызганный грязью (перед этим в районе Алессандрии в течение нескольких дней шли сильные дожди) предстал Дезе. За ним показались передовые подразделения подходившей дивизии Буде. Ответив на приветствие подъехавшего генерала, Наполеон сокрушенно произнес: «Сражение проиграно». Окинув взором печальную картину проигранной битвы, Дезе вынул из кармана часы и, взглянув на них, хладнокровно возразил своему главнокомандующему: «Первое сражение проиграно, но теперь всего лишь 3 часа и у нас есть еще время выиграть второе». Через полчаса, когда подошли основные силы дивизии, Дезе отдал приказ о переходе в атаку. Дивизия Буде атаковала противника сходу, после тяжелого и изнурительного форсированного марша по раскисшим от дождей и разбитым конницей, артиллерией и тысячами солдатских ног дорогам. Отступавшие до этого французские войска воспрянули духом, остановились, а затем дружно поддержали атаку Дезе, перейдя в контрнаступление по всему фронту. Сражение возобновилось с новой силой. Австрийцы, менее всего ожидавшие такого поворота событий, после упорного, но недолгого сопротивления дрогнули, а затем смешались и в панике обратились в бегство. К исходу дня австрийская армия была полностью разгромлена. В результате 12-часового сражения она потеряла около 8 тыс. человек убитыми и ранеными, 4 тыс. человек во главе с генералом Цахом пленными и 30 орудий. Но победа французской армии при Маренго была куплена дорогой ценой, ее потери составили 7 тыс. человек. В числе погибших был и генерал Дезе. Лично возглавивший атаку дивизии Буде, он был сражен первым же залпом противника. Вражеская пуля пробила ему грудь. Ранение оказалось смертельным. Его последними словами были: «Скройте от солдат мою смерть, это может помешать успеху». Но он ошибся. Солдаты, узнав о гибели любимого командира, пришли в такую ярость, что ни о какой пощаде врага в дальнейшем не могло быть и речи. Несмотря на радость победы, Наполеон был глубоко огорчен смертью Дезе. В донесении консулам в Париж он писал: «Я в глубочайшей скорби по поводу смерти человека, которого я любил и уважал больше всех». По распоряжению Наполеона похороны Дезе были обставлены небывалой торжественностью. Он приказал похоронить своего боевого соратника на вершине Альп, в монастыре Сен-Бернар. «Пусть Альпы, — сказал Первый консул, — служат пьедесталом его памятника и святые отцы — хранителями его могилы». В честь Дезе была выбита специальная медаль. Ему поставлены два памятника в Париже, памятник на поле сражения у Маренго, на том месте, где он погиб (австрийцы впоследствии уничтожили его), на одном из островов Рейна (близ Келя), на его родине и в монастыре, где герой нашел последнее пристанище.
