Если раньше практически единственным советником начальника операций был капитан ледокола, то теперь в его распоряжение поступил аппарат штаба и оперативная группа. Ледовая разведка стала проводиться на постоянной основе, а не от случая к случаю. Начальники морских операций Западного и Восточного районов стали полноправными хозяевами на своих участках трассы, а не просто передаточной инстанцией между Москвой и капитанами судов.
В 1939 году операциями в Западном районе руководил по совместительству И.Д. Папанин, а в Восточном – опытный ледовый капитан А.П. Мелехов. Афанасий Павлович ещё в 1935 году прошёл на пароходе «Сталинград» от Владивостока до Мурманска в одну навигацию, а позднее командовал ледокольным пароходом «Дежнёв», ледоколами «Ермак» и «Красин».
В Западном районе штаб моропераций при Папанине возглавил Н.А. Еремеев, его главными помощниками стали гидролог М.М. Сомов и синоптик Д.А. Дрогайцев. В состав штаба входили также диспетчерская служба, радисты, лётчики и синоптическое бюро во главе с Н.В. Шацилло. На востоке штабом морских операций при Мелехове ведал Л.В. Розанов, ему помогали гидрологи Д.Б. Карелин и Н.А. Волков, синоптическое бюро возглавляли Е.И. Толстиков и К.А. Развилович.
Москва теперь только планировала грузоперевозки, а за осуществление их отвечали начальники морских операций со своими штабами. За два месяца до навигации самолёты Полярной авиации провели по всем морям стратегическую ледовую разведку, на основе которой учёные Арктического института составили долгосрочный прогноз. В ходе навигации ледовая обстановка уточнялась с помощью оперативной воздушной разведки. Для этого в состав лётных экипажей стали включать гидрологов. Дежурные самолёты по первому требованию капитанов или штаба проводили разведку нужного участка трассы.
Была введена патрульная служба: небольшие мотопарусные гидрографические боты ходили вдоль кромки основных ледовых массивов и сообщали штабам о положении, структуре и движении ледяных полей. По-новому действовала и коммерческая служба: были введены прямые коносаментные перевозки грузов и билеты для пассажиров.
Накануне открытия навигации в Главсевморпути была проведена морская конференция с участием начальников всех морских и речных пароходств, морских портов, контор Арктикснаба. Участвовали также капитаны, старпомы и стармехи всех грузовых судов и ледоколов. Эта рациональная схема организации арктической навигации, внедрённая в 1939 году, успешно действовала многие годы.
В конце июля Папанин приехал в Мурманск и разместился вместе со штабом морских операций Западного района на борту флагманского ледокола «Сталин». Капитаном ледокола незадолго до этого был назначен М.П. Белоусов, имевший трёхлетний опыт командования ледоколом «Красин». Через неделю «Сталин» подошёл к мысу Челюскина, где принял участие в проводке каравана по проливу Вилькицкого.
Всего за эту навигацию Северный морской путь преодолели с запада на восток десять судов, и одно – в обратном направлении. Флагманский ледокол «Сталин» прошёл по всей трассе до бухты Угольной в Беринговом море, а затем вернулся в Мурманск. Двойной сквозной рейс – такого ещё не было в истории арктического мореплавания.
И.Д. Папанин вспоминал:
«Мы вышли из Мурманска 23 июля, а 28 августа были уже в бухте Угольной. Обратно в Мурманск вернулись 28 сентября. За два месяца и пять дней ледокол прошёл около 12 тыс. км, причём с работой во льдах по проводке судов и с заходами в порты. Мы посетили основные арктические порты и некоторые полярные станции, и я получил возможность на месте познакомиться с кадрами полярников, увидеть состояние портов, арктических предприятий, полярных станций и радиоцентров. Этот рейс для меня был поистине бесценным: я теперь знал не с чужих слов и не из бумаг положение дел у полярников и, что считаю самым важным, получил полное представление о мореплавании в Арктике». (Папанин, 1977).
По мнению руководства ГУСМП, именно тогда началась плановая коммерческая эксплуатация Северного морского пути. Была поставлена задача перехода к двойным сквозным рейсам судов. Но помешала война.
Завершив навигацию 1939 года, Папанин уехал отдыхать на юг. Однако вскоре его отозвали в Москву и поручили лично заняться дрейфующим ледокольным пароходом «Седов», организовать смену его экипажа, уставшего от длительного дрейфа и напряжённой работы. Подготовка этой операции к тому времени уже велась, работала авторитетная комиссия, подготовлены самолёты и экипажи, которые должны были лететь к «Седову». Но против авиационного варианта резко выступил Е.К. Фёдоров. Действительно, посылать лётчиков в высокие широты в полярную ночь было довольно опасно. Малочисленный экипаж дрейфующего парохода не мог при свете фонарей построить надёжный аэродром для приёма тяжёлых машин.
Дебаты на эту тему заставили правительство склониться к варианту посылки на помощь флагманского ледокола «Сталин». Перед ним поставили задачу не только вывезти экипаж, но и спасти сам корабль. Был срочно завершен ремонт ледокола и 15 декабря 1939 года флагман вышел из Мурманского порта. Капитан М.П. Белоусов сутками не уходил с мостика. Весь экипаж, 187 человек, работали в условиях непрекращающегося аврала.
Вот содержание радиограммы, посланной с борта ледокола в штаб экспедиции 21 декабря:
«Около шести суток ледокол шёл в сильном шторме… Громадные волны необычайной силы обрушивались на судно и разбивали всё, что попадало под их удары. Шквалы унесли катер, трапы, бочки с горючим, сорвали оба стальных фальшборта, повредили капитанский мостик. Волны гуляли по палубе, накрывали палубные грузы, лебёдки. Вода проникла даже во внутренние помещения и залила машинное отделение, кочегарки и каюты. Иногда корабль зарывался носом в воду, и казалось, что нет такой силы, которая подняла бы его снова наверх…
Бесстрашные матросы работали на палубе, их сбивали с ног резкий ветер и порывистые шквалы, они падали, поднимались и снова делали свою тяжёлую работу. Бывали секунды, когда только верёвки, которыми они были привязаны, спасали матросов от гибели. Кочегары и машинисты с огромным напряжением несли свои тяжёлые вахты: топки пожирали за сутки столько угля, сколько полярной станции требуется на целый год. Капитан ежеминутно требовал перемены режима работы машин. Вахтенные работали под непрерывными ударами волн. Промокшие насквозь, они вынуждены были каждый час менять одежду». (Папанин, 1977).
Новый год «Сталин» встретил на Шпицбергене, куда зашёл за углем. Но уже 4 января ледокол попал в тяжёлые льды, в зону сильного сжатия. Папанин и Белоусов решили подождать до перемены обстановки, чтобы не тратить топливо зря. До «Седова» оставалось около 25 км.
