В 1763 году отец полководца производится в инженер-генерал-майоры и руководит подготовительными работами по строительству Санкт-Петербургского арсенала. Летом следующего года И.М. Голенищев-Кутузов начальствует над изыскательской группой по съемке трассы судоходного канала между Волгой и озером Ильмень, «чтобы от Твери до Ильменя и обратно могли ходить суда». Результаты работы получили высочайшее одобрение, хотя такой канал строить не стали.
Следует новое назначение — руководство разработкой проекта канала, которому предстояло оградить северную российскую столицу от постоянных бедствий — наводнений. Строительство канала завершилось при Екатерине II, и потому его назвали Екатерининским. (В 1923 году, в советское время, канал был переименован в честь писателя Грибоедова.) Императрица в знак благодарности наградила инженер-генерал-майора золотой табакеркой, осыпанной бриллиантами. Такая монаршья милость в то время считалась очень высокой.
Голенищеву-Кутузову-старшему довелось участвовать только в одной войне — Русско-турецкой 1768–1774 годов. То была первая «екатерининская война» с Турцией, в которой русской армией командовал талантливый полководец генерал-фельдмаршал граф Петр Александрович Румянцев-Задунайский. Свою славу он завоевал в сражениях при Рябой Могиле, на реках Ларге и Кагуле. Там же отличился и генерал И.М. Голенищев-Кутузов, командуя инженерными и минерными отрядами действующей армии.
Закончить войну в армейских рядах ему не довелось. В конце 1770 года инженер-генерал-майор подал прошение об отставке «за старостью и болезнью» и вскоре был уволен от военной службы с чином генерал-поручика «за беспорочную службу». Тридцатисемилетняя плодотворная деятельность И.М. Голенищева-Кутузова в качестве военного инженера снискала ему признание и почет в русской армии и в обществе.
Оставив военную службу, отец полководца реализовал себя также и на гражданском поприще, став московским сенатором. От современников он получил прозвище Разумная Книга — за ум, начитанность и образованность, за глубокие познания в делах военных и гражданских, заслуги в Русско-турецкой войне. В 1777 году при открытии Псковского наместничества отставной генерал-поручик был избран первым предводителем дворянства Псковской губернии, имея земельные владения в трех уездах.
Скончался И.М. Голенищев-Кутузов в июле 1784 года в своем поместье Торопецкого уезда Псковской губернии, где его и похоронили в выстроенной им на личные средства церкви Христова Воскресения.
Мать великого русского полководца принадлежала к старинному дворянскому роду Беклемишевых, существовавшему (по летописным сведениям) с 1323 года. В Гербовнике Всероссийской империи записано: «Потомки сего рода Беклемишевых многие русскому престолу служили стольниками, окольничими, воеводами и в иных чинах и жалованы были от государей поместьями».
Одна из Беклемишевых — Ефросинья Федоровна, прабабушка великого полководца, — была замужем за князем Михаилом Пожарским, отцом князя Дмитрия Пожарского, руководителя второго народного ополчения в Смутное время и освободителя Москвы от поляков. Примечательно, что вожди российских войск в знаменательные для Отечества 1612 и 1812 годы происходили по женскому колену из фамилии Беклемишевых.
Первый сын супругов Беклемишевых-Голенищевых-Кутузовых Михаил родился в Санкт-Петербурге 5 сентября 1747 года. Эта дата уточнена на основе обнаруженных архивных документов, поскольку общепризнанной датой рождения полководца, приводимой ранее во всех его биографиях, считалось 5 сентября 1745 года.
Имя мальчику-первенцу родители выбрали не случайно. Будучи людьми глубоко религиозными и свято почитающими обычаи православной церкви, они назвали своего сына в честь архангела Михаила, военачальника всех небесных сил, день которого православные верующие празднуют 6 сентября как чудо архангела Михаила с Ханех. Архангел Михаил носит звание архистратига как глава ангельского воинства, победившего сатану. Поэтому его изображают в воинских доспехах, как святых Георгия Победоносца и Александра Невского, с огненным мечом в руках. Впоследствии генерал-фельдмаршал М.И. Голенищев-Кутузов как православный верующий всю свою жизнь особенно чтил архангела Михаила, своего небесного покровителя, всегда молился ему за победу русской армии.
Михаил был вторым ребенком в семье. Он имел старшую сестру Анну и младших брата и сестру — Семена и Дарью. Анна вышла замуж за отставного лейб-гвардии капитан-поручика Олега Ушакова, получив от отца в приданое деревню Недобровщина в Каменской Губе и полдеревни Гостицы в Нарской Губе. Она скончалась в 1813 году в возрасте 67 лет. О младшей сестре полководца известно, что девица Дарья Илларионовна проживала в селе Матюшкине Опочецкого уезда. Император Александр I по просьбе М.И. Голенищева-Кутузова пожаловал ей «по смерть пенсию 2000 рублей». Это была одна из высочайших благодарностей великому полководцу.
Брат Михаила Илларионовича Семен учился в Артиллерийском и Инженерном кадетском корпусе и, освоив «часть геометрии и артиллерии», через два года, в 1768-м, был досрочно выпущен флигель-адъютантом в штаб инженер-генерал-майора И.М. Голенищева-Кутузова, своего отца, было ему тогда 14 лет. Семен Илларионович страдал тихим помешательством и, дослужившись до майора, видимо, по этой причине не смог продолжить военную службу. Отставной офицер проживал в селе Федоровском Великолукского уезда, где скончался в 1834 году в возрасте 82 лет.
С сестрами и братом Михаил Илларионович поддерживал теплые отношения. Письма полководца свидетельствуют, что он проявлял по отношению к ним и внимание, и заботу, не раз заезжал к младшему брату в Федоровское, когда тот вышел в отставку.
Михаил рано лишился матери и маленьким оказался на попечении бабушки по отцовском линии — урожденной Бедринской. Добрая и простая женщина-дворянка отличалась набожностью и вела в деревне жизнь уединенную и патриархальную. Деревенский образ жизни под надзором бабушки сказался на характере мальчика. Он рос добрым и остроумным, но вспыльчивым и горячим. В то же время отличался беспечностью, ленивостью на учение, любил долго спать и нежиться. В раннем возрасте Михаил очень любил слушать русские народные сказки и рассказы о святых и былинных героях.
Первый биограф М.И. Голенищева-Кутузова-Смоленского Филипп Синельников отмечал: «В малолетстве Михаил не имел ни малейшей склонности к резвостям. Он всегда уклонялся от своих сверстников и всегда приставал к людям, у которых часто спрашивал о причинах таких вещей, в которых с трудом удовлетворять могли его самые совершеннолетние… Много любил разговаривать и столько был любопытен, что готов был целый день расспрашивать и целый день слушать ответы на его вопросы. В юношестве отличался телесною красотою, был сложения самого крепкого, а росту среднего».