Контрразведывательное подразделение Главного штаба быстро становилось «на ноги». В своем первом отчете «Об организации и деятельности разведочного отделения за 1903 год» Лавров отмечал: «постепенным ознакомлением с делом выяснилось, что для установления деятельности военных шпионов одного наружного наблюдения совершенно не достаточно… является необходимой в помощь наружному наблюдению хорошая внутренняя агентура… Наружные агенты работают на улице, а внутренние — на квартирах, в разных правительственных учреждениях, в гостиницах, ресторанах и проч[ее]. В объем деятельности внутренних агентов входит и наблюдение за корреспонденцией…»
Состав отделения был небольшим: начальник отделения ротмистр Лавров; старший наблюдательный агент Перешивкин; наружные наблюдательные агенты — Александр Зацаринский, Анисим Исаенко, Михаил Воронов, Александр Харитонов, Александр Зайцев и Николай Трофимов; агент-посыльный, Матвей Буканов; для собирания справок и сведений и для установок (выяснение фамилий и лиц, взятых под наблюдение) — Михаил Петров и «Вернов» (последний назван по псевдониму); внутренние агенты — «Ефимов», «Жданов», «Болотов», «Ивин», «Королев», «Осипов», «Сидоров», «Анфисов» и «Ларионов» (все названы по псевдонимам); почтальоны — «Соболев» и «Авдеев» (псевдонимы).
За период с 26 июня по 10 декабря 1903 года, под наблюдением отделения Лаврова состояли: австро-венгерский военный агент, князь Готфрид Гогенлоэ-Шиллингсфюрст; германский военный агент, барон фон Лютвиц; японский военный агент, подполковник Мотодзиро Акаши; служащий Департамента торговли и мануфактур, коллежский секретарь Сергей Васильев; начальник 9-го отделения Главного интендантского управления, действительный статский советник Петр Есипов. Особое внимание Лаврова было сосредоточено на организации наблюдения за деятельностью японского военного агента и его подозрительных связей.
Сорокалетний Мотодзиро Акаши не был новичком на военно-дипломатическом поприще. После окончания военного Колледжа и Академии в Токио он служил на Тайване и в Китае, а перед назначением в Россию занимал пост военного представителя страны восходящего солнца во Франции. Это был сильный противник. «Под колпак» контрразведки он будет взят с ноября 1903 года.
В отчете указано: «Подполковник Акаши работает усердно, собирая сведения, видимо по мелочам и ничем не пренебрегая». В ходе проведения оперативных мероприятий будет получена нить, которая выведет «охотников за шпионами» на активно действующего японского агента.
26 декабря 1903 года Акаши получил по городской почте письмо на русском языке загадочного содержания «Буду на другой день, тоже время. Ваш И.» Поскольку как показывали данные наблюдения за квартирой Акаши, никто из неизвестных лиц ее не посещал, то внимание контрразведки переключилось на атташе посольства капитана Тано, часто встречавшегося с Акаши. Собранные сведения о контактах Тано, позволили установить, что квартиру последнего регулярно посещал неизвестный русский капитан в адъютантской форме. Как правило, такие визиты происходили по субботам в 4–5 часов дня. Ко времени прихода русского офицера к Тано приезжал и сам японский военный агент.
Утром в субботу 7 января Тано получил письмо на русском языке. Текст его был коротким: «Завтра в 4 часа буду у Вас. Ваш предан. И.» Почерк корреспондента, фактура бумаги и конверт были идентичны перехваченному ранее письму на имя Акаши.
Контрразведчикам осталось организовать «встречу» неизвестному, который, по всей видимости, и был тем «капитаном», на которого обратила внимание внутренняя агентура, приобретенная в окружении Тано.
В назначенное в письме время разведка зафиксировала появление у Тано офицера, по приметам схожего с описанием его внешности имеющейся в отделении. Личность неизвестного была установлена. Им оказался исполняющий делами Штаб-офицера по особым поручениям при Главном интенданте ротмистр Николай Иванович Ивков. На следующий день 18 января 1904 года он вновь посетил Тано, причем извозчика, на котором приехал, за несколько домов отпустил и пришел к дому японца пешком. Дальнейшим наблюдением было установлено, что ротмистр Ивков контактирует и с французским военным агентом, полковником Мулэном и еще с каким-то неизвестным лицом, которого он два раза поджидал на Варшавском вокзале.
На основании полученных данных, в том числе собранных сведений об образе жизни Ивкова, Лавров принял решение о его задержании. 26 февраля 1904 года Ивкову в помещении Санкт-Петербургского охранного отделения было предъявлено обвинение в государственной измене.
Собранные улики оказались неопровержимыми. Ивков, как писал в своем отчете Лавров «после некоторого колебания, признал себя виновным, показав протоколярно, что он передавал подполковнику Акаши на квартире капитана Тано различные секретные сведения военного характера, частью почерпнутые из мобилизационного плана, частью же составленные по случайным данным и собственному соображению…» Ивков также показал на допросе, что он продавал сведения и германскому военному агенту фон Лютвицу. Именно с ним он встречался на Варшавском вокзале столицы и в Варваринской гостинице. Обыск на квартире Ивкова подтвердил его показания, так как здесь были обнаружены еще не переданные немцам выписки из секретных документов военного характера.
«В последствии, — писал Лавров, — при формальном дознании Ивков, допрошенный по имевшимся заграничным агентурным сведениям, сознался и в том, что ранее он вел такие же преступные сношения и с австрийским военным представителем». Ко времени окончания предварительного следствия Ивков, находясь под арестом покончил жизнь самоубийством. Архивное дело не сообщает об этом никаких подробностей. Не исключено, что ротмистр-шпион, просто попросил дать ему в камеру револьвер с одним патроном…
К этому времени его «куратор» Акаши, уже обосновался в Стокгольме, где искал пути к развертыванию подрывной работы против России. Человеческий материал для этого он будет, не без успеха, искать в кругах политэмигрантов-националистов. Действия масштабно мыслящего японского самурая не пройдут незамеченными для агентов русской тайной полиции. Начнется новый раунд незримого поединка.
Дело Ивкова, совпавшее с началом русско-японской войны стало своеобразным импульсом для развертывания борьбы с японским шпионажем всего аппарата секретной полиции империи. В Петербурге наряду с «разведочным отделением» Лаврова по японской линии стала действовать и агентура столичного охранного отделения. В конце весны 1904 года, по примеру военных руководство Департамента полиции приняло решение об учреждении в структуре Особого отдела ДП собственного специального контрразведывательного подразделения — «Совершенно секретного отделения дипломатической агентуры». Задачи — «розыск международного шпионства» и постановка «наблюдения за пребывающими в столице представителями некоторых держав, сочувствующих Японии». Идея получила поддержку шефа жандармов, министра внутренних дел Плеве. Как показали дальнейшие события Военное ведомство не было поставлено об этом в известность.