В мае 1919 года в составе ВУЧК создаются Особые отделы — специальные органы военной контрразведки, которые вели активную борьбу с контрреволюцией на фронте и шпионажем в вооруженных частях. Военные контрразведчики руководили работой разведчиков за границей, в тылу белогвардейских войск, на оккупированной иностранными государствами украинской территории.
В 1919 году подрывная деятельность внутренней и внешней контрреволюции приняла особо опасный характер. Об этом свидетельствует телеграмма правительства Украины Ленину, в которой сообщалось о принимаемых мерах по беспощадной борьбе с «бандитизмом… и советским безвластием». В телеграмме также говорилось, что «…без энергичной поддержки Москвы нам придется потратить много времени и затратить больше сил». Украина искала спасения и помощи у России от иностранной интервенции. ВУЧК вела напряженную борьбу против белогвардейского и петлюровского шпионажа, вооруженного бандитизма, по существу, обеспечивала крепость новой советской власти. С учетом этих обстоятельств, а также дальнейшего обострения классовой борьбы правительство обратилось к Ленину с просьбой направить на Украину опытных работников московской и петроградской чрезвычайных комиссий. «Отпустите, — говорилось в телеграмме, — если можете, Лациса, а также направьте отряд опытных чекистов». Ленин с большим вниманием отнесся к этой просьбе. В конце марта на Украину с группой чекистов прибыл, по оценке Владимир Ильича, «один из лучших, испытанных коммунистов» Мартин Лацис, член коллегии ВЧК. 2 апреля правительством Украины он был назначен председателем ВУЧК. Перед отъездом Лациса на Украину Ленин нашел время для встречи и обстоятельного разговора с ним. Для характеристики мировоззрения одного из создателей ВЧК достаточно привести цитату из статьи Лациса в журнале «Красный террор», издаваемом ВЧК: «Мы не ведем войны против отдельных лиц. Мы истребляем буржуазию как класс. Не ищите на следствии материалов и доказательств того, что обвиняемый действовал делом или словом против советской власти. Первый вопрос, который мы должны ему предложить: к какому классу он принадлежит, какого он происхождения, воспитания, образования или профессии. Эти вопросы и должны определить судьбу обвиняемого. В этом — смысл и сущность красного террора».
В мае 1919 года правительство Украины обратило внимание Лациса на необходимость строгого соблюдения чекистскими органами законоположений советской власти.
Деятельность ВУЧК ориентировалась на беспощадность и решительность в пресечении враждебных действий против власти народа, вооруженных выступлений, заговоров и мятежей. Одновременно применялся дифференцированный подход к заблуждающимся лицам, втянутым в преступные действия, по словам Лациса, «из-за недоразумения, из-за науськивания контрреволюционных элементов».
Большое значение придавалось профилактической работе, предупреждению контрреволюционных преступлений. «Перед сотрудниками ЧК ставилась в качестве главной задачи, — говорил Дзержинский, — предупреждение преступлений, что, разумеется, в смысле эффекта производит меньше впечатления, по существу же дает несравненно большие результаты».
В своем первом циркулярном письме Всеукраинской ЧК Лацис потребовал от украинских чекистов применять в борьбе с контрреволюцией более глубокий, классовый подход при определении меры наказания, строго соблюдать социалистическую законность. Он предпринял ряд существенных мер по завершению создания боеспособной ВУЧК, совершенствованию ее деятельности, упразднил уездные ЧК, где было много случайных и малопригодных сотрудников, улучшил подбор кадров из преданных советской власти морально устойчивых красноармейцев, рабочих и крестьян. «ЧК так должна поставить свою работу, чтобы население ее не пугалось, а нуждалось в ней. Каждый честный гражданин должен найти для себя в лице ЧК защитницу от всяких насилий и контрреволюционных опасностей», — отмечал Лацис.
В правовом отношении ВУЧК являлась самостоятельным органом в республиканском механизме исполнительной власти и подчинялась правительству УССР. Назначение руководителей ВУЧК и губернских органов осуществлялось только по решению правительства Украины.
Общие задачи борьбы с внешней и внутренней контрреволюцией порождали необходимость самого тесного сотрудничества российских и украинских спецслужб в интересах единого фронта борьбы с врагами советской власти. Специальным решением украинского правительства ВУЧК получила право оказывать помощь российским органам ВЧК. Наиболее серьезные операции они разрабатывали и осуществляли совместно. Так, когда украинские органы безопасности арестовали верхушку анархистов-махновцев, окончательное расследование по этому делу велось в российской ВЧК.
Летом 1919 года стала создаваться правовая база сотрудничества ВЧК и ВУЧК. Основой для этого стали, прежде всего, договоры братских советских республик России и Украины о военно-политическом союзе от 1 июня 1919 года, а позже — и союзный рабоче-крестьянский договор от 28 декабря 1920 года.
На Украине самым широким образом был использован опыт организации чекистских органов, соответствующие директивные и нормативные материалы повседневной оперативно-служебной деятельности ВЧК. ВУЧК систематически пользовалось нормативными и методическими документами ВЧК, в частности инструкциями, научными и практическими пособиями по вскрытию подрывной деятельности, выявлению шпионажа, производству процессуальных следственных действий. Следует иметь в виду, что в условиях Гражданской войны, по мере обострения классовой борьбы, исключавшей какие-либо компромиссы, ВЧК переходит к крайним мерам — обширной агентурной работе, заложничеству, концентрационным лагерям, красному террору. Безусловно, многие подобные методы стали использоваться и сотрудниками ВУЧК в борьбе с внутренней контрреволюцией.
Став во главе ВУЧК, Манцев в организации оперативной деятельности был вынужден выступать против провокационных методов украинских чекистов использования агентов «для подталкивания обывателей и пассивного антисоветского элемента на активную работу». В своем служебном приказе он предупреждал, что методы «провокации» неприемлемы и недопустимы.
С точки зрения выработки методов работы ВЧК — ВУЧК в качестве примера можно привести замечание Дзержинского, который в 1921 году указывал на недопустимость арестов квалифицированных специалистов в важнейших отраслях промышленности страны, обвиняя их в контрреволюционных деяниях во время пребывания в Белой армии, чем парализуется производственная созидательная работа. Предлагалось прекратить аресты специалистов по обвинению в «старых делах», немедленно освободить арестованных по этим мотивам.
