В историческом плане следует отметить исключительную роль Дзержинского в организационном укреплении чекистских органов Украины. Он стоял у истоков создания украинских ЧК, внес колоссальный вклад в их строительство и укрепление, установление и развитие делового сотрудничества с ними, настойчиво добивался тесной координации совместных действий в борьбе со спецслужбами противника и другими враждебными элементами, неоднократно посещал республику по вопросам деятельности украинских органов ЧК, способствовал их укреплению подбором кадров. Феликс Эдмундович считал огромной помехой в борьбе с контрреволюцией отсутствие профессиональных чекистов из украинского населения. В письме к Ленину он отмечал: «На Украине будут достигнуты успехи в борьбе с контрреволюцией, если из центра будут направлять украинцев-чекистов».
В связи с нависшей угрозой наступления иностранных интервентов и войск Врангеля для укрепления тыла Юго-Западного фронта, мобилизации сил на борьбу с бандитизмом и оказания помощи украинским коллегам Дзержинский в мае 1920 года направляется на Украину. Вместе с ним прибывает отряд чекистов и войск внутренней охраны в 1400 человек. Эта помощь Советской Украине была весьма своевременной.
В апреле 1921 года Дзержинский совмещает должности председателя ВЧК и наркома путей сообщения. Первую поездку в этой должности он предпринял в Харьков для восстановления железнодорожного транспорта. Пребывание председателя ВЧК на Украине явилось важным фактором укрепления сотрудничества органов безопасности двух республик, их перестройки в связи с переходом к мирному строительству. 27 мая вместе с украинскими чекистами он обсудил задачи усиления борьбы с бандитизмом, хищениями на железнодорожном транспорте.
Дзержинский проявлял заботу не только о центральных органах ВУЧК, но доходил до территориальных, низовых чекистских подразделений. С тревогой он отмечал, что сотрудники ЧК Донецкой губернии одеты «в рубища», крайне изнурены. В письме к В. Балицкому он обратил внимание на тяжелые материальные условия работы украинских ЧК, у которых не хватает «ни средств передвижения, ни канцпринадлеж-ностей, ни мебели».
В мае 1920 года Дзержинский направил своему заместителю И. Ксенофонтову письмо, в котором изложил положение органов госбезопасности на Украине, дал оценку трудам украинских чекистов и высказал свои пожелания для повышения эффективности работы. В связи с наступлением поляков вся Украина превратилась в кипящий котел, вспышки восстаний стали повсеместными. «Органам ЧК приходится в общем работать здесь, как в чужой стране. Местные заскорузлые коммунисты стараются выжить приезжих, наблюдают за каждым их шагом», — отмечал Дзержинский. Он считал, что общим недостатком власти было отсутствие исполнительных аппаратов, тогда как планов и проектов было бесконечное количество, рабочие фабрик голодали при изобилии всего на вольном, «спекулятивном рынке». Поэтому надо «преодолевать изо дня в день расхлябанность и прожектерство, а не давать только хорошие советы, указания, распоряжения. Украину нужно и можно завоевать только ударным повседневным трудом работников из центра, приезжающих сюда не на короткий срок». Дзержинский отметил большую работу Манцева, который направил часть сил на места, но все же главной задачей оставалось укрепление центрального управления, «иначе нельзя руководить ни организационными, ни боевыми действиями местных ЧК», а также обеспечивать единство в руководстве борьбой всех местных ЧК. Для этого необходим работоспособный состав, которого до сих пор не было. Предлагались следующие меры: создание секретно-оперативного отдела, постановка разведки в деревне, без чего «военный разгон банд является вредной операцией, ибо бандиты разгоняются и все приставшее к ним население восстанавливается против нас».
28 мая 1920 года Дзержинский писал: «Украина сейчас — это наша база, нельзя ее потерять, она должна стать «чисто советской».
25 июня 1920 года телеграммой из Харькова он потребовал от ЦК не менее ста ответственных работников из России для уездных органов Украины, потому что «вся контрреволюция здесь в деревне… Иначе контрреволюция затянется бесконечно». Он также обратил внимание на то, чтобы не присылали «негодных сотрудников на Украину», ибо это тормозит всякую работу, а «негодный элемент Великороссии на Украине… только развращается и гибнет здесь». 26 июня Дзержинский писал Ленину из Харькова: «…положение здесь внутреннее в общем идет в гору. Можно с уверенностью сказать, что если из центра будут безустанно нажимать и посылать работников, то и Украина станет скоро честной, советской. В деревне устали от банд и тоскуют за твердой властью. В области моей специальности здесь обильный урожай. Громадная помеха в борьбе — отсутствие чекистов-украинцев…»
Через четыре дня Дзержинский пишет Манцеву о том, что «Украина теперь важнее, чем когда-либо. Определенно создается новая кампания против нас, двинут Румынию и других для создания фронта на всем юге — от Румынии до Грузии включительно». Поэтому в Украину в течение недели прибудет с Кубани 20–30 батальонов. Председатель ВЧК рекомендует Манцеву «заняться организацией тыла, связаться с фронтом и держать постоянную связь с Москвой».
В 1920 году на органы госбезопасности Украины были возложены дополнительные обязанности по охране государственных границ с Румынией, Польшей, на Черном и Азовском морях. С этого времени начинается усиленное формирование пограничных частей ВУЧК, объединенных в Украинскую пограничную дивизию. Сотрудникам ВУЧК приходилось не только охранять государственную границу от различных враждебных происков и нарушений, но и вести напряженную борьбу с контрабандой.
В 1921 году в центре внимания украинских чекистов было не только усиление охраны границы, а, как и ранее, проведение операций по раскрытию и пресечению антисоветских заговоров на Украине, разгрому банд, разоблачению агентуры спецслужб противника, ликвидации диверсионных и террористических групп на Украине. При этом важнейшее внимание уделялось борьбе с польским шпионажем и петлюровцами, которые проявляли большую активность в районе Киева и в правобережной Украине. 19 января 1921 года Дзержинский писал Манцеву о том, что «польская разведка на Правобережье работает великолепно. Сведения у нее точные и быстро получаемы».
Особого накала достигла борьба с петлюровцами. ЦК КП(б) Украины 24 июня 1921 года вынес специальное решение: предложить ВУЧК продолжить со всей энергией борьбу с петлюровщиной, мобилизовать на помощь коммунистов из других силовых органов. Это распоряжение свидетельствовало о крайней ожесточенности борьбы всех политических сил и участников Гражданской войны, из которой Россия и Украина вышли с тяжелым наследием: только в 1920 году органами ЧК Украины было расстреляно 3879 человек. И действия многих органов на местах подтвердили слова председателя ВУЧК Лациса: «Чрезвычайные комиссии все время старались так поставить работу и так отрекомендовать себя, чтобы одно напоминание о комиссии отбило всякую охоту саботажников вымогать и устраивать заговоры, но чтобы всякий честный гражданин видел в них защиту своих прав и завоеваний Октябрьской революции».