На базе оперативной группы была сформирована рабочая группа по разработке штатов нового полигона и его организационной структуры. Возглавлял группу начальник полигона Алексей Иванович Нестеренко. Разработанные проекты штатов полигона и его организационной структуры 24 мая 1955 года были представлены в Генеральный штаб на утверждение. В предложениях на создание штатной структуры полигона первоначально было указано 20 частей и отдельных подразделений и собственно управление полигона. После рассмотрения штаты были утверждены директивой начальника Генерального штаба от 2 июня 1955 года. Впоследствии эта дата приказом министра обороны СССР от 3 августа 1960 года, в ознаменование начала формирования полигона, была объявлена днем ежегодного праздника НИИП-5 МО и входящих в его штат на день издания приказа воинских частей.
В апреле 1955 года Алексей Иванович приступил к подбору кадров и формированию полигона. В первую очередь необходимо было подобрать начальника штаба, начальника политотдела и заместителей по спецслужбам (опытно-испытательных работ, научно-исследовательских работ и измерений, строительства, тыла, главного инженера, службы режима, начальника отдела кадров, начальников медицинской и финансовой служб). На должность начальника штаба Главным управлением кадров МО СССР были рекомендованы Н. С. Васендин, А. Г. Захаров и А. С. Буцкий. Васендин и Захаров согласия не дали.
Беседа с Буцким была основательнее. Он вначале заявил следующее: «Я не могу с ходу дать согласие, так как не знаю ни характера, ни объема работы, не знаю, справлюсь ли я с ней. Если можно, прошу подробнее сообщить мне о характере и объеме работы». Нестеренко ответил: «Вы были начальником штаба артдивизии, поэтому я считаю, что опыт у вас есть и, судя по личному делу, на всех участках работы, куда вас назначали, вы справлялись хорошо. Может быть вас пугает место?» Буцкий сказал, что место его не пугает и семья этого не боится, что он офицер и куда прикажут, туда он и поедет, но хотел быть уверенным, что оказанное ему доверие он сможет оправдать. Нестеренко дал Буцкому сутки на размышление. На второй день разговор был кратким. Алексей Саввич дал согласие. Алексей Иванович был доволен — Буцкий сразу произвел на него хорошее впечатление скромностью, тактичностью, как серьезный офицер. После этого, в апреле 1955 года, А. С. Буцкий был назначен начальником штаба полигона (приказ МО от 9 апреля 1955 года № 0060). Время показало, что его назначение было серьезной помощью в организационных делах.
Полковник Буцкий проделал исключительно большую работу в начальный период организации полигона. Своим трудолюбием и добросовестным отношением к делу он завоевал большое уважение и доверие у коллектива. Однако случилось непонятное. Когда Алексей Иванович вернулся из командировки с «Камы» (Камчатки) и докладывал маршалу Неделину о состоянии развертывания строительных работ и условиях жизни гарнизонов, то в конце беседы маршал сказал, что Буцкого придется заменить, так как он не имеет достаточного опыта руководства штабом полигона.
Нестеренко в ответ заявил: «Может быть, целесообразно заменить начальника полигона, а не начальника штаба, поскольку считаю, что Буцкий своей должности вполне соответствует». Неделин ответил: «Это вы зря, товарищ Нестеренко. Мы вам подберем достойного начальника штаба, например полковника Карася». На это Нестеренко сказал, что полковника Карася хорошо знает еще по Великой Отечественной войне как одного из лучших командиров гвардейских минометных полков, смелого и храброго офицера, но нет никакого основания для того, чтобы заменять Буцкого. На этом разговор был окончен.
Через некоторое время был получен приказ, которым полковник Буцкий освобождался от занимаемой должности. На эту должность назначался начальник штаба ГЦП полковник А. Г. Карась, а на место Карася назначался полковник Буцкий — их поменяли местами. Чтобы как-то сгладить обиду того и другого, они оба были награждены ценными подарками за хорошую работу.
Как потом стало известно, эта замена произошла по требованию С. П. Королева. Буцкий не понравился Королеву лишь по той причине, что Сергей Павлович был включен в состав первого рейса самолета Ан-2, отлетающего из Джусалы в Москву, а не в состав четвертого, тогда Королеву не пришлось бы ждать других, летящих в Москву. Списки составлял генерал А. Г. Мрыкин. В то время Буцкий еще не знал главных конструкторов и других чиновников и не знал, кому какая принадлежит роль в распределении мест «за барским столом». Мрыкин же прекрасно знал эту бюрократическую субординацию и непростой характер Королева, но не предупредил Буцкого и не нашел в себе мужества сказать, что списки составлял он, а не Буцкий.
Так что эта замена ничем не была оправданна и принесла только лишние трудности. По своим деловым качествам эти офицеры были совершенно равноценны. Оба были переведены без особого желания, и самолюбие их было сильно ущемлено. Не слишком здоровому полковнику Карасю не хотелось ехать в более суровые климатические условия (кстати, через год он был освобожден от занимаемой должности по состоянию здоровья и назначен на должность консультанта в НИИ-4).
Такое решение задело и самолюбие Нестеренко, так как не было принято во внимание его мнение. Стало также ясно, что маршал Неделин находится в зависимости от С. П. Королева.
Кроме начальника штаба полковника А. С. Буцкого заместителями начальника полигона были назначены: по опытно-испытательным работам — подполковник А. И. Носов, по научно-испытательной работе и службе измерений — полковник А. А. Васильев, главным инженером — подполковник А. П. Метелкин, заместителем по строительству — подполковник Н. Н. Васильев, начальником тыла — полковник В. А. Лебедев, заместителем по режиму и охране — полковник Н. Д. Силин, заместителем начальника штаба — полковник Д. П. Ковель, начальником оперативного отдела — подполковник А. М. Войтенко.
Все заместители были участниками Великой Отечественной войны, удостоены высоких правительственных наград. Даже склонный к покровительственно-задиристому поведению по отношению к военным заместитель Королева Л. А. Воскресенский всегда вел разговор с замами начальника полигона в уважительно-корректном тоне.
Основным органом управления космодрома являлся штаб. В 1955 году он состоял из шести отделов. Отдел планирования и обеспечения научно-испытательных работ и испытательных полей (подполковник А. М. Войтенко) с первого дня своего существования стал организующим и планирующим органом штаба, осуществляющим постоянную связь и взаимодействие со всеми службами полигона. А. С. Буцкий вспоминал: «Главная роль в организации постоянного и действенного контроля принадлежала оперативному отделу штаба. Полковник Войтенко, с присущей ему настойчивостью и требовательностью к себе и подчиненным, успешно справлялся с возложенными на отдел задачами, настойчиво обучал и требовал от подчиненных добиваться изучения истинного положения дел на контролируемом участке, умело использовал опыт работы штаба полигона Капустин Яр, не стеснялся учиться и набираться опыта у своих товарищей».
