Результаты рассмотрения этого дела ошеломили власти — 42 человека были судом оправданы, 25 — приговорены к тюремному заключению от 1,5 лет до 2 месяцев либо аресту от двух недель до 7 дней, один к 7 годам заключения, несколько человек — ссылке в Сибирь и лишь трое к каторге.
Император Александр II откровенно сказал управляющему Министерством юстиции О. В. Эссену (в отсутствие графа К. И. Палена): «Просто срам, как решено дело». Министр юстиции граф Пален, также получивший нагоняй от императора, был просто в отчаянии, буквально чуть не плакал от досады на «миндальничанье председателя суда и обоих обвинителей».
Государь распорядился срочно представить ему соображения о том, какие меры следует предпринять для «предупреждения подобных неудовлетворительных приговоров». Граф Пален уже в марте 1872 года внес предложение в Государственный совет об изменении некоторых статей Судебных уставов и создании Особого Присутствия Правительствующего сената для рассмотрения политических дел, которое было принято и утверждено императором 7 июня 1872 года.
Вскоре после процесса В. А. Половцов вынужден был покинуть свой пост. Прокурором Санкт-Петербургской судебной палаты стал Александров. В 1874 он назначается товарищем обер-прокурор уголовного кассационного департамента Правительствующего сената.
Блестяще начатая прокурорская деятельность Александрова оборвалась неожиданно. В конце 1875 года он давал заключение по делу Суворина и Ватсона, обвинявшихся в клевете в печати. Прокурор, заняв принципиальную позицию, решительно высказался в защиту независимости прессы. Это вызвало недовольство руководства Министерства юстиции. Как бы в отместку, его фамилия была вычеркнута из наградного списка. Всегда безразличный к наградам и чинам, на этот раз он расценил действия начальства как оскорбление и покушение на его нравственную независимость, и подал рапорт об отставке, указав лишь, что желает оставить службу «по домашним обстоятельствам». 16 января 1876 года отставка была принята.
Хорошо зарекомендовавший себя и успешно продвигавшийся по служебной лестнице прокурор вынужден был начинать юридическую карьеру с «чистого листа». Он вступил в сословие присяжных поверенных округа Санкт-Петербургской судебной палаты. Первое время дел у него было мало, и он испытывал серьезные материальные затруднения, но никогда не падал духом, так как верил в свою звезду.
И действительно, вскоре в Санкт-Петербурге состоялся грандиозный процесс по так называемому делу «ста девяносто трех». Заседание Особого Присутствия Правительствующего сената открылось 17 октября 1877 года под председательством сенатора К. К. Петерса. Основное обвинение поддерживал прокурор В. А. Желеховский. Защиту подсудимых на этом процессе осуществляли лучшие адвокаты столицы: Г. В. Барковский, A. Л. Боровиковский, В. Н. Герард, М. Ф. Громницкий, Н. П. Карабчевский, А. Я. Пассовер, В. Д. Спасович, Д. В. Стасов и другие. Всего было 35 адвокатов. Кроме того, защитником выступил и профессор уголовного права Санкт-Петербургского университета, ученый с мировым именем Н. С. Таганцев. В этой блестящей компании оказался и начинающий присяжный поверенный П. А. Александров. И надо отдать ему должное. Он не затерялся среди корифеев, хотя Александров, по мнению современников, не блистал выдающимися ораторскими данными, говорил несколько гнусавым и не слишком громким голосом, без особой жестикуляции, но достаточно уверенно и смело. Чего стоит только одна заключительная фраза его речи по поводу устроителей этого процесса, записанная петербургским полицмейстером А. И. Дворжицким и приведенная в его докладе для императора: «Вспомнит их история русской мысли и свободы и в назидание потомству почтит бессмертием, пригвоздив имена их к позорному столбу».
Тот же полицмейстер в своей записке проклинал «расходившихся говорунов», которые, по его словам, произносили «невозможные защитительные речи, представляющие, в сущности, беспощадное обвинение властей». Особенно его возмутила речь Александрова, и он жалел, что адвоката за нее нельзя «упечь в ссылку».
Демократические круги России оценивали поведение адвокатов на процессе как превосходное. И среди других особо выделялись «блестящие громовые» речи Александрова.
Результат рассмотрения дела тоже впечатляющий. 90 человек судом были оправданы, 70 — приговорены к различным срокам лишения свободы и ссылке и только 28 — к каторжным работам. Власти были настолько недовольны приговором, что даже оставили «без внимания» просьбу суда о смягчении наказания лицам, осужденным на каторгу.
Но настоящий триумф Александрова был еще впереди.
6 декабря 1876 года на площади Казанского собора в Петербурге студенты и молодежь впервые открыто провели антиправительственную демонстрацию. Полиция с помощью извозчиков и приказчиков из ближайших магазинов быстро разогнала небольшую толпу «господ и девок в платках», осмелившихся даже поднять красный флаг. Были арестованы 32 человека. Дознание провели быстро, и уже в конце декабря 21 участник демонстрации были преданы суду Особого Присутствия Правительствующего сената. В январе 1877 года пятерых подсудимых, в их числе и Боголюбова, приговорили к каторге, троих оправдали, а остальных — отправили в ссылку.
13 июля 1877 года дом предварительного заключения, где содержались осужденные, посетил градоначальник Ф. Ф. Трепов, человек малообразованный, деспотичный и грубый. Ему что-то не понравилось, и он стал распекать тюремное начальство, а затем накинулся на Боголюбова, вздумавшего пререкаться с ним. Кончилось все тем, что Трепов приказал посадить Боголюбова в карцер, а спустя несколько часов, получив предварительно разрешение министра юстиции графа К. И. Палена, дал указание высечь арестанта. Эта незаконная и унизительная экзекуция вызвала возмущение не только в столице, но и за ее пределами. В доме же предварительного заключения начался настоящий бунт. Чтобы прекратить беспорядки, администрация приняла самые жесткие меры.
Последствия событий, происшедших в доме предварительного заключения, не заставили себя ждать. 24 января 1878 года в приемной петербургского градоначальника раздался выстрел. Двадцативосьмилетняя дворянка Вера Ивановна Засулич стреляла в Ф. Ф. Трепова, причинив ему тяжелое ранение.
Несмотря на явно политическую подоплеку этого преступления, дело велось как обычное уголовное и было передано на рассмотрение суда присяжных. Заседание по делу открылось
31 марта 1878 года, под председательством А. Ф. Кони, только недавно севшего в кресло председателя Санкт-Петербургского окружного суда.