Корпус Кутузова охранял государственную границу, участвовал в осаде Очакова. Под Очаковом генерал вновь был ранен в голову и остался жив. После занятия крепости русскими генерал Кутузов возглавил войска, расположенные между Бугом и Днестром. Он участвовал в бою под Каушанами, содействовал взятию Гаджибея. Его войска штурмовали Аккерман, Бендеры, а организованная им летучая разведка способствовала победе эскадры Ф. Ф. Ушакова над турецким флотом у острова Тендры.
Кутузов стал одним из наиболее видных военачальников русской армии, на него возлагались все более ответственные задачи. Особенно отличился он при штурме Измаила. А. В. Суворов поручил своему ученику командование шестой колонной, которая должна была наносить удар через Килийские ворота и овладеть Новой крепостью – одним из сильнейших опорных пунктов обороны.
Турки оказывали ожесточенное сопротивление и смогли остановить колонну. Михаил Илларионович лично повел воинов на штурм. Дважды они были отброшены, но в третьей атаке опрокинули противника и ворвались в крепость. Здесь войска Кутузова соединились с другими колоннами и в жестоком бою истребили гарнизон Измаила. А. В. Суворов высоко оценил действия своего соратника: «Генерал Кутузов шел у меня на левом крыле, но был правой моей рукой». Михаил Илларионович был произведен в генерал-поручики, получил орден св. Георгия 3-й степени. Однако судьба не была к нему благосклонной: пришло известие о смерти его единственного сына Николая. Герой Измаила был потрясен.
Война с Турцией продолжалась еще год. Князь Репнин, возглавивший русскую армию после Г. А. Потемкина в 1791 году, одобрил предложение Кутузова разгромить группировки турецких войск в Бабадаге и Мачине до прихода войск визиря из Шумлы. Операция тщательно готовилась, первый удар нанесен был Кутузовым по турецкому лагерю в Бабадаге 15 июня 1791 года. Успех был полный. Не успели турки опомниться от этого поражения, как 9 июля на них обрушился еще более сильный удар у Мачина. В этом сражении Михаил Кутузов вновь проявил себя искусным тактиком. Применив различные боевые порядки, совершив обходный маневр, его войска нанесли сокрушительный удар по противнику. За победу под Мачином Кутузов был награжден орденом св. Георгия 2-й степени.
В декабре 1791 года в Яссах был подписан мирный договор. Россия прочно закрепилась на Черном море.
Участие М. И. Кутузова в войнах с Турцией имело важное значение в его дальнейшей военной деятельности. Он приобрел большой и всесторонний боевой опыт, познал в деталях военное дело, сформировался как и талантливый военачальник.
В ноябре 1792 года жизнь Михаила Илларионовича резко изменилась. Он был назначен послом в Турцию. Решение Екатерины II назначить боевого генерала на дипломатический пост вызвало недоумение в придворных кругах. Однако императрица хорошо понимала правильность предпринятого шага: Кутузов хорошо знал турок, пользовался у них уважением, умел делать верные выводы.
Полководец превосходно справился с ответственнейшим поручением. Ему удалось успешно разрешить в пользу России ряд спорных вопросов, нейтрализовать влияние западных держав на внешнюю политику Турции и значительно улучшить русско-турецкие отношения. Кутузов добился права для русских судов плавать в районе архипелага и заходить в турецкие порты. Завершив миссию, Михаил Илларионович 26 марта 1794 года выехал в Санкт-Петербург.
26 сентября 1794 года Екатерина II назначила М. И. Кутузова директором Сухопутного кадетского корпуса, основного военно-учебного заведения, готовившего офицерские кадры для русской армии. Боевой генерал провел коренную реорганизацию корпуса: воспитанников свели в пять рот (четыре мушкетерские и одна гренадерская), преподавание военных дисциплин получило более практический уклон. Навел Михаил Илларионович должный порядок и в хозяйственной части. Умудренный боевым опытом, разносторонне образованный генерал Кутузов проявил себя талантливым военным педагогом.
Помимо директорских обязанностей Михаил Илларионович имел и много других: командовал сухопутными войсками в Финляндии, занимался возведением оборонительных сооружений на границе со Швецией, участвовал в проведении общеармейских маневров в сентябре 1797 года. В декабре этого года Кутузов получил указание отправиться в Берлин с дипломатическим поручением. Он пробыл в столице Пруссии два месяца, беседовал с королем, обедал и ужинал с членами королевской фамилии, встречался с видными государственными деятелями. И вновь генерал проявил недюжинные дипломатические способности. Он сумел успешно решить одну из первостепенных внешнеполитических задач России – создать условия для привлечения Пруссии к антифранцузской коалиции. Император Павел I пожаловал Кутузову чин генерала от инфантерии.
В царствование Павла Петровича М. И. Кутузов занимал высокие посты и ему доверялось выполнение ответственных государственных поручений. Однако это были для него тяжелые годы. Император изгонял из армии все лучшее, передовое. Смириться с этим Михаил Илларионович не мог, а поэтому на него нередко обрушивался гнев венценосца.
Положение не изменилось и после того, как на российский престол вступил Александр I. Правда, первое время новый царь стремился приблизить к себе известного генерала. 30 июня 1801 года М. И. Кутузов был назначен санкт-петербургским военным губернатором, а затем и инспектором войск, расположенных в Финляндии. Большую работу вел он и в Воинской комиссии, занимавшейся улучшением организации армии. В сентябре 1802 года неожиданно последовал указ Сената об отставке генерала от инфантерии Кутузова от всех должностей. Причиной отставки называлась болезнь, но дело было в ином. Император догадывался об осведомленности Михаила Илларионовича о событиях ужасной мартовской ночи 1801 года и поспешил удалить его из столицы. М. И. Кутузов тяжело переживал вынужденное бездействие, но продолжал интересоваться военными делами, надеялся вернуться в армию. И в 1805 году Александр I вспомнил об опальном генерале. В жизни Михаила Илларионовича наступил важный период: ему предстояло возглавить русскую армию в заграничном походе и впервые встретиться на поле боя с прославленным Бонапартом.
К сожалению, Кутузова с самого начала поставили в весьма трудное положение. Он подчинялся австрийскому командованию и был обязан согласовывать с австрийцами все свои планы.
Русской армии предстояло совершить длительный марш от юго-западных границ России (из Подолии) в Австрию (900 км). Войска двигались шестью колоннами по 8–8,5 тысячи человек в каждой, удаленными друг от друга на расстояние одного перехода. Общая численность Подольской армии доходила до 50 тысяч воинов при 377 орудиях и 16 тысячах лошадях. Расстояние от Радзивиллова до Тешена, равное 700 км, было пройдено за 28 дней. Если учесть трудности, вызванные осенней ненастной погодой и отсутствием хороших дорог, то можно считать эту скорость довольно высокой.