К сожалению, Кутузова с самого начала поставили в весьма трудное положение. Он подчинялся австрийскому командованию и был обязан согласовывать с австрийцами все свои планы.
Русской армии предстояло совершить длительный марш от юго-западных границ России (из Подолии) в Австрию (900 км). Войска двигались шестью колоннами по 8–8,5 тысячи человек в каждой, удаленными друг от друга на расстояние одного перехода. Общая численность Подольской армии доходила до 50 тысяч воинов при 377 орудиях и 16 тысячах лошадях. Расстояние от Радзивиллова до Тешена, равное 700 км, было пройдено за 28 дней. Если учесть трудности, вызванные осенней ненастной погодой и отсутствием хороших дорог, то можно считать эту скорость довольно высокой.
Пока войска М. И. Кутузова двигались по дорогам Моравии, австрийцы решили начать кампанию, не дожидаясь русских. Закончилось все это для них весьма печально. Наполеон с 200-тысячной армией стремительными переходами двинулся к Рейну. Гофкригсрат (придворный военный совет) и император Франц забеспокоились и потребовали от Кутузова ускорить движение русской армии. В конце октября 1805 года русская армия перешла баварскую границу, подошла к реке Инн у города Браунау.
Армии Кутузова, прошедшей более 1000 километров, оставалось еще несколько переходов для того, чтобы соединиться с австрийцами. Однако к этому времени армия генерала Макка уже капитулировала в Ульме. Узнав о поражении союзников, Кутузов начал быстро отступать на Линц, Мельк и Вену правым берегом Дуная. Эта трудная операция была проведена им блестяще: как ни старался Наполеон «зацепить» русскую армию, чтобы навалиться на нее всеми силами, это ему не удавалось.
Русский полководец всякий раз успешно избегал слишком неравного боя, и русские арьергарды геройски задерживали превосходящие силы французов. Переправившись через Дунай у Кремса, Кутузов разбил корпус генерала Мортье, который находился на левом берегу реки. Русские захватили пять орудий, знамена и много военного имущества. Переправа через Дунай и блестящая победа под Кремсом создавали благоприятные условия для движения войск Кутузова на соединение с армией Буксгевдена, ибо русские уничтожили за собой мост. Следующая мостовая переправа была лишь в Вене и охранялась крупными силами австрийцев.
Однако союзники вновь подвели русского генерала. Наполеон двинул на Вену войска Мюрата, Ланна, Сульта, Удино с целью перерезать пути отхода русской армии. Мюрат захватил Вену и смог убедить австрийского офицера, который должен был взорвать мост при появлении французов, в том, что заключено перемирие, и перевел свои войска на левый берег. Далее французский военачальник устремился на Цнайм, во фланг и тыл тянувшейся туда же крайне утомленной армии М. И. Кутузова. Мюрат попытался обмануть и русских сообщением о «перемирии».
Вся беда для французов была в том, что русской армией командовал Кутузов – хитрейший из полководцев. Генерал сделал вид, что поверил Мюрату. Продолжая игру, он сделал французу ряд предложений, столь выгодных, что были посланы курьеры к Наполеону с сообщениями о переговорах. Пока курьеры скакали на лошадях по осеннему бездорожью в Вену и обратно, русская армия благополучно миновала цнаймскую западню.
Наполеон был взбешен, Мюрат бросился в погоню за ускользнувшим Кутузовым. С ним было 30 тысяч человек, но под Шенграбеном французов встретил 6-тысячный отряд П. И. Багратиона. 16 ноября начался неравный бой, длившийся весь день. Потеряв половину отряда, Багратион и его герои штыками проложили себе дорогу сквозь массы врагов. Шенграбенское дело окончательно спасло русскую армию.
Марш-маневр армии Кутузова коренным образом изменил военную обстановку. Если в районе Браунау Наполеон, имея 150-тысячную армию, обладал трехкратным превосходством в силах, то к Оломоуцу он смог сосредоточить только 50 тысяч. Остальные войска были либо потеряны в боях, либо разбросаны для охраны захваченной территории. В то же время Кутузов после соединения его армии с войсками Буксгевдена, гвардией и 15-тысячным австрийским отрядом имел до 86 тысяч человек. Теперь, по мнению русского полководца, надлежало задержать наступление французской армии.
Михаил Илларионович был близок к достижению цели, но ему сильно мешали Александр I, Франц I и их военные советники. Они недооценивали силы противника и преувеличивали собственные возможности, требовали немедленного разгрома Наполеона. Гатчинские и венские «стратеги» фактически оттеснили Кутузова от руководства армией. Закончилось это разгромом союзников 2 декабря под Аустерлицем.
Несмотря на все обвинения в поражении, М. И. Кутузов проявил себя в войне 1805 года как полководец большого масштаба, умело применявший весь арсенал тактических и стратегических способов борьбы. И если бы не грубое вмешательство в дела главнокомандующего царственных особ, результаты кампании были бы иными. М. И. Кутузов вновь оказался в опале. Его отстранили от командования войсками и назначили военным губернатором в Киев. Это была, как тогда говорили, почетная ссылка. Однако полководца, равного Кутузову, в России в те годы не было. В наиболее сложные и кризисные моменты царю приходилось обращаться к помощи генерала от инфантерии М. И. Голенищева-Кутузова.
В 1811 году, когда военные действия на Дунае зашли в тупик, а внешнеполитическая обстановка требовала успешного завершения войны с Турцией, Александр I вынужден был назначить Михаила Илларионовича главнокомандующим Молдавской армией. 13 апреля 1811 года Кутузов прибыл в Бухарест.
Положение в районе боевых действий было сложным. Молдавская армия была немногочисленна, ее резервы весьма ограниченны. Кроме того, часть войск располагалась в крепостях Никополь, Силистрия и Рущук, расположенных на южном (правом) берегу Дуная. Видимо, неслучайно план, рекомендованный Кутузову Александром I, предусматривал в основном оборонительные действия. Однако русский полководец понимал, что обстановка требовала от него в короткий срок разгромить турецкую армию.
На Дунайском фронте во всей полноте проявились блестящий полководческий талант и дипломатическое искусство Михаила Илларионовича. Его идея заключалась в том, чтобы, отведя свои войска на северный берег Дуная (за исключением рущукского гарнизона) и собрав их в кулак, привлечь турецкую армию к Рущуку и далее на северный берег, обескровить ее в боях, а затем всеми силами перейти в решительное наступление и разгромить противника. Кутузов держал свой план в тайне. Более того, он поощрял распространение слухов о слабости русской армии. Используя противоречия между визирем и видинским пашой, Михаил Илларионович получил сведения о расположении войск противника и его планах.