Сентябрь 1945 г. — подготовил и представил в Правительство десятилетнюю программу строительства ВМФ, включавшую производство авианосцев — больших и малых, крейсеров с 9-дюймовой артиллерией, новых подводных лодок и эсминцев с универсальной артиллерией, и вызвавшую споры, которые явились одной из основных причин снятия Н.Г. Кузнецова с должности. Строительство кораблей осуществлялось после его ухода «в ином духе».
1946 г.
12 января — направил доклад за № 50сс Председателю СНК СССР о том, что опыт войны показывает необходимость иметь единую организацию всех Вооруженных Сил. Доклад нигде не рассматривался и не обсуждался.
Январь — избран депутатом ВС СССР (2-го созыва) по Севастопольскому избирательному округу Крымской области (деп. билет № 188). Газета «Красный черноморец» писала, что «в т. Кузнецове каждый член экипажа видел своего воспитателя, который учил военному делу и морской культуре, порядку и был сам образцом военного моряка».
28 января — родился сын Владимир.
Конец января — по решению И.В. Сталина Балтийский флот был разделен на два. Категорическое возражение и несогласие с таким решением также явилось одной из причин снятия Н.Г.Кузнецова с должности.
25 февраля — вышел Указ Президиума ВС СССР об упразднении наркомата ВМФ (был вновь воссоздан в 1950 г.).
С 21 марта 1946 г. по 19 февраля 1947 г. — работал в должности заместителя министра Вооруженных Сил и главнокомандующего ВМС в соответствии с постановлением СМ СССР № 629.
21 мая награжден орденом «Крест Грюнвальда» 1-го класса (№ 11870) Президиумом Национального Общепольского Совета (Крайовой Рады Народовой), также награжден орденом «Комендорский Крест» (ПНР).
8 июня награжден орденом «Партизанская Звезда 1-й степени» (№ 890) Президиумом Народной Скупщины ФРЮ и орденом «Народного освобождения» (№ 356) ФРЮ.
19 сентября — поставлено на вид за недостаточное внимание к руководству по переводу конвоев из Германии в Советский Союз (пост. СМ СССР № 2138 —868 ГК ВМФ).
30 сентября — направил письмо И.В. Сталину, в котором писал, что ВМФ ведет работу по созданию методов защиты от атомной бомбы, что, возможно, она идет параллельно соответствующим исследованиям в Академии наук СССР, в других видах Вооруженных Сил. В связи с этим Н.Г. Кузнецов предлагал создать специальный единый руководящий орган в Министерстве Вооруженных Сил. Указывал, что для флотов исследования в области ядерной энергии имеют особое значение. Предлагал создать при Главкоме ВМС специальный Совет по противоатомной защите и применению внутриядерной энергии для движения. (ЦВМА. Ф. 14. Оп. 2 Д. 8. Л. 16. См. также: A.M. Золототрубов. Тревожный колокол. М.: Патриот, 1995. С. 517).
14 октября — во вступительном слове на совещании конструкторов, поставил вопрос о необходимости разработки новых проектов кораблей для ВМФ с учетом использования последних достижений в области науки и техники: кибернетики, электроники и атомной энергии. 23 октября — в заключительном слове на совещании конструкторов говорил о создании при главкоме ВМС-Управления со специальными подразделениями — «атомными» группами.
7 ноября — выступил на совещании ВВС ВМФ по вопросам коренного улучшения организации работы в ВВС ВМФ после войны, устранения недостатков с учетом будущего.
Конец года — выступил перед профессорско-преподавательским составом вмузов в Ленинграде по вопросам подготовки офицерских кадров для настоящего и будущего ВМФ.
В течение года:
поднял вопрос о защите флота и военно-морских баз от атомного оружия;
по указанию И.В. Сталина комиссия под председательством маршала Л. Говорова проверила деятельность главкома ВМС и ГМШ. Освобожден от должности.
1947 г.
с 19 февраля по 8 ноября 1947 г. — работал начальником Управления вмузов в Ленинграде (приказ ВМС № 0153).
Избран депутатом Ленгорсовета 2-го созыва по избирательному округу 195 Дзержинского района Ленинграда.
8 ноября — отозван в Москву вместе с адмиралами Л.М. Галлером, В.А. Алафузовым и ГА. Степановым. Главком ВМС Юмашев И.С. и начальник штаба ВМФ Головко А.Г сообщили, что бывшему руководству наркомата предъявлены обвинения в незаконной передаче союзникам во время войны секретной документации на парашютную торпеду; основанием явилось письмо офицера минно-торпедного управления ВМФ капитана 1 ранга В. Алферова.
11 декабря — на совещании у Маршала Н.А. Булганина принято решение судить четверых адмиралов «судом чести».
12 декабря принято постановление СМ СССР, подписанное И.В. Сталиным, о предании бывших руководителей ВМФ «суду чести». Приказом маршала Н.А. Булганина определен состав суда.
1948 г.
12–15 января — состоялся «суд чести» над адмиралами в клубе Главного штаба ВМФ. «Обвинения в адрес «подсудимых» сыпались, как из дырявого ведра. Выступавшие требовали как можно строже наказать адмиралов, «потерявших бдительность» и «опозоривших советский флот». Все указания суду шли от И.В. Сталина через Н.А. Булганина. «Свое суждение иметь» судьи не решились.
Несмотря на все это, вина адмиралов не была доказана», — вспоминали впоследствии адмиралы В.А. Касатонов, Ю.А. Пантелеев, Н.Д. Сергеев и другие присутствовавшие на процессе. Тем не менее было принято решение передать дело в Военную коллегию Верховного суда СССР.
16 января — И.В. Сталин подписал постановление СМ СССР об утверждении решения «суда чести», о подготовке дела к рассмотрению Военной коллегией Верховного Суда СССР, которое поручалось военному прокурору Вооруженных Сил СССР. Был утвержден состав суда во главе с Ульрихом. Дело слушалось в закрытом судебном заседании коллегии без обвинения и защиты.
18 января — Главная военная прокуратура возбудила уголовное дело и начала допрос адмиралов.
29 января — вынесено постановление о привлечении адмиралов к уголовной ответственности. С них снимаются допросы уже как с обвиняемых.
31 января — следствие закончено. Вынесено обвинительное заключение с требованием придать всех обвиняемых суду и направить дело в Военную коллегию Верховного суда СССР.
2 февраля (в 12.45) — открытие судебного заседания.
3 февраля(в 00.30) — оглашение приговора.
В.А. Алафузов и ГА. Степанов приговорены к 10 годам лишения свободы, Л.М. Галлер — к четырем. Кроме того, они лишены всех воинских званий и государственных наград, Н.Г. Кузнецов признан виновным, «однако, учитывая большие заслуги Кузнецова Н.Г. перед Союзом ССР в деле организации военно-морского флота как в данный период, так и особенно в период Великой Отечественной войны, Военная коллегия Верховного суда, руководствуясь ст. 8 УК РСФСР, постановила не применять к Кузнецову Н.Г. уголовного наказания, постановила ходатайствовать перед СМ СССР о снижении Кузнецова Н.Г. в воинском звании до контр-адмирала».