Как утверждают очевидцы, Октавиан, хоть и был крайне раздосадован смертью Клеопатры, таким образом, избежавшей участия в его триумфе, но не мог не подивиться ее благородству и, дабы не высказывать своего неудовольствия произошедшим, повелел с надлежащей пышностью похоронить тело царицы рядом с Антонием. Кроме того, с почетом были погребены по приказу Октавиана и обе доверенные служанки Клеопатры, умершие вместе с ней. Древнеримский историк Дион Кассий в своих текстах утверждает, что перед погребением тела как Марка Антония, так и Клеопатры были забальзамированы. Спустя 16 веков Уильям Шекспир написал: "Земля не знала // Могил с такой великою четой".
Клеопатра прожила тридцать девять лет, из которых двадцать два года она была царицей. Из них четырнадцать лет она царила совместно с Марком Антонием. После смерти Клеопатры и Антония его статуи и изображения были сброшены в Александрии и других местах с цоколей и уничтожены. Такая участь должна была постичь и статуи Клеопатры, но их спасла (на время) жадность Октавиана: один из немногих сохранившихся друзей умершей царицы, Архибий, предложил римскому диктатору две тысячи талантов, и тот, взяв деньги, оставил статуи в покое. Помимо этого это решение было Октавиану на руку — по мнению историков, статуи Клеопатры часто бывали неотличимы от изображений богини Исиды. А разрушать статуи одной из самых могущественных египетских богинь в захваченной римлянами Александрии и других местах означало вызвать недовольство жителей осквернением святилищ. По всей видимости, статуи Клеопатры могли просуществовать еще несколько столетий…
Заблаговременно, следуя традициям родной земли, Клеопатра в течение нескольких последних лет жизни строила себе мавзолей (гробницу) и погребальный храм, где жрецы должны были приносить жертвы ее духу. Именно на втором этаже этого мавзолея египетская царица и находилась под стражей после входа в Александрию войск Октавиана. Здесь же она и покончила с собой…
Поиски этого мавзолея (который, если верить записям Плутарха, был окружен другими постройками, очевидно, приготовленными для членов царской семьи и придворных) продолжаются до сих пор. По мнению Артура Вейгалла, эти строения были возведены не на территории царского некрополя Семы, который располагался на одной стороне улицы Канопус, а "рядом с храмом Исиды-Афродиты, который высился на восточном берегу мыса Лохиас. Из замечаний Плутарха я делаю вывод, что гробница царицы в реальности была частью храмовых построек, и если так, то Клеопатра, вероятно, подразумевала, что ее останки будут покоиться на территории святилища богини, с которой ее отождествляли. Таким образом, после ее смерти верующие в храме Исиды будут возносить свои молитвы к собственному духу Клеопатры, а ее бренные останки станут священными реликвиями богини-покровительницы. Мавзолей поражал своей высотой и прекрасным мастерством исполнения. Вероятно, он был построен из ценных пород мрамора и состоял из нескольких камер. На первом этаже мое воображение рисует зал с колоннами, в который можно было войти через двойные украшенные двери из кедра и который вел во внутреннюю усыпальницу, где стоял саркофаг, готовый принять тело царицы. Из этого зала каменная лестница, вероятно, вела в верхние помещения, пол которых был сделан из огромных гранитных плит, являвшихся потолком для нижнего зала. Возможно, там был и третий уровень, помещения которого, подобно камерам на первом этаже, были предназначены для приготовления ладана, жертвоприношений и хранения облачений, используемых жрецами при соответствующих церемониях. Большие оконные проемы в стенах этих верхних помещений, вероятно, выходили на море с одной стороны и во двор храма Исиды — с другой. Но, как было принято в египетских постройках, в нижнем зале и святилище не было вообще никаких окон, а свет, проникая сюда, попадал внутрь через дверной проем и маленькие отверстия под потолком. Июльская жара не проникала в этот каменный мавзолей; верхние помещения, наверное, постоянно продувались прохладным ветром с моря, а яркий солнечный свет снаружи здесь приглушался и смягчался, отражаясь от мраморных стен. Ритмичные удары прибоя о каменную набережную под окнами, выходящими на восток, и пронзительные крики чаек эхом отдавались в комнатах усыпальницы, в то время как с западной стороны в прохладные укромные уголки этих продуваемых ветром залов вторгались, как звуки покинутого мира, пение жрецов в прилегающем храме и отдаленный городской шум. Здесь Клеопатра решила поселиться, как только Октавиан начнет штурм стен города. Она решила, что в случае поражения она убьет себя, и ввиду этой перспективы распорядилась перенести в мавзолей свои сокровища: золото, серебро, эбеновое дерево, слоновую кость, корицу, а также украшения с жемчугом, изумрудами и другими драгоценными камнями, где их сложили на погребальный костер, сооруженный на каменном полу одного из верхних залов. Если понадобится положить конец своим несчастьям, она решила подвергнуть себя смертельному укусу змеи и, собрав последние силы, поджечь костер, огонь которого поглотит и ее тело, и ее богатства…"
Но мавзолей легендарной египетской царицы поглотил не огонь, а всесильное время и всевозможные катаклизмы — землетрясения и цунами, многочисленные нашествия и восстания" сопровождающиеся пожарами и разрушениями, на месте других древних сооружений возникли новые постройки.
При этом возник парадокс — по мере того как в наше время образ Клеопатры становился все популярнее, обретая "вторую", несвойственную ему жизнь, в том числе в искусстве (и в большей степени — в его коммерческих разновидностях), археологических данных о возможном расположении гробницы легендарной египетской царицы не прибавилось.
Уже несколько раз появлялись обнадеживающие интервью исследователей, что найдены сооружения, которые можно идентифицировать как руины гробницы Клеопатры, и останки как самой Клеопатры, так и Марка Антония. Но в дальнейшем ни одно из этих заявлений так окончательно и не подтвердилось, оставшись на уровне так и доказанных учеными гипотез.
Многое из древних сооружений оказалось под водой, в том числе и то, что за три века царствования возводила династия Птолемеев. Поэтому поиски гробницы Клеопатры уже несколько десятилетий продолжаются на дне морском (где находятся и многие постройки старой Александрии), причем используется самая передовая техника.
В начале 90-х годов прошлого столетия французский исследователь Франк Годдио, один из самых знаменитых и удачливых археологов подводного мира, опытный охотник за подводными сокровищами, обладатель громкого прозвища Морской Индиана Джонс, возглавил экспедицию созданного им Европейского института подводной археологии, начавшую раскопки на дне Средиземного моря. Исследования (в том числе затопленных царских кварталов Острова Антиродос, где находился дворец Клеопатры) и последующая обработка данных, включая детальные топографические обзоры с применением сложного электронного оборудования, и раскопок в Восточной Гавани, заняли четыре года. Со дна морского были подняты огромные каменные сфинксы, гигантские плиты для мощения улиц, гранитные колонны и канители, а на карту учеными были нанесены затонувшие части античной Александрии с ее пирсами и эспланадами. По мнению участников экспедиции, из-за землетрясений царские кварталы Александрии постепенно опустились ниже уровня моря, и примерно в IV столетии н. э. царский район города оказался полностью затопленным. Франк Годдио, представивший свои находки, на основании данных раскопок утверждал, что Александрия на протяжении,300 лет являлась крупнейшим городом мира. Город по праву считался одним из культурных и религиозных центров Древнего мира и был известен своей знаменитой библиотекой (содержащей 700 000 уникальных свитков), привлекавшей ученых из разных стран.