Тем не менее с 25 июля 1935 года Еропкин и Козырев отправились на два месяца в Таджикистан в Сталинабадскую астрономическую обсерваторию (ныне обсерватория в Душанбе). Директор Сталинабадской обсерватории В. П. Цесевич[82] без Козырева и Еропкина не был способен вести эти спектральные исследования. Приказ об их командировании подписал заместитель директора ГАО Н. И. Днепровский (директор находился в заграничной командировке). В конце сентября им продлили срок командировки до 15 ноября. Кроме наблюдений зодиакального света Еропкин и Козырев стали заниматься влиянием ультрафиолетовой радиации Солнца на запылённость атмосферы. Работы шли настолько успешно, что их результатами по второй теме очень заинтересовались в Наркомздраве Таджикской ССР. В результате для выполнения работ по заданию Наркомздрава республики Еропкин и Козырев были временно зачислены в штат Таджикской базы АН СССР. Об их важной и полезной деятельности писала газета «Коммунист Таджикистана».
По возвращении Еропкина и Козырева в Пулково Герасимович собрал материал об их «инициативных действиях» в Таджикской экспедиции и 6 февраля 1936 года направил «дело Козырева и Еропкина» на семнадцати листах непременному секретарю Академии наук Н. П. Горбунову с представлением незадачливых инициаторов к отчислению от занимаемых ими должностей. Санкция из Президиума АН СССР была получена, и 8 марта 1936 года появился приказ по ГАО такого содержания: «На основании распоряжения непременного секретаря АН СССР, за использование экспедиции, полностью оплаченной ГАО, для выполнения посторонних для обсерватории работ и сокрытие получения на ту же экспедицию вторых средств от другого академического учреждения (Таджикская база АН СССР), учёные специалисты Еропкин Д. И. и Козырев И. А. увольняются с сего числа из состава сотрудников ГАО». Приказ подписал директор Б. П. Герасимович. Одновременно он направил в народный суд дело о «незаконном получении» дополнительных денег по ранее оплаченной экспедиции.
Рассмотрение дела состоялось на судебном заседании 25 мая 1936 года. Свидетельские показания против обвиняемых давал астроном, директор Сталинабадской обсерватории И. П. Цесевич, однако суд отклонил его свидетельства, поскольку счёл Цесевича заинтересованным лицом, указав на его вину в приёме на работу пулковских сотрудников без согласия дирекции ГАО (нарушение правил о совместительстве).
В защиту Еропкина и Козырева решительно выступили профессор В. А. Амбарцумян и научный сотрудник ЛГУ Л. И. Лебединский. Академик В. Г. Фесенков[83] сделал письменное заявление, что выполнение второй работы нисколько не повредило выполнению первой. В результате суд постановил: «делопроизводство прекратить» и при этом вынес частное определение руководству обсерватории ввиду «ненормальных отношений» в коллективе ГАО. Незаконных действий со стороны Козырева и Еропкина судом не было установлено.
Далее начались хлопоты по восстановлению их на работу в Пулковскую обсерваторию. Теперь был суд по иску Еропкина и Козырева. Детскосельский народный суд от 7 августа 1936 года принял решение — «предложить восстановить Еропкина и Козырева на работе». В сентябре должен был состояться суд по иску Герасимовича. Во дворе суда находились многие астрономы, в том числе и Амбарцумян, пришедшие, чтобы выступить в защиту Козырева и Еропкина. После долгого ожидания (слушалось другое дело) судья объявил, что их дело затребовал к себе Генеральный прокурор Советского Союза А. Я. Вышинский, который в эти годы выступал с обвинительными речами, разоблачая «предателей» и «вредителей».
В это время в Пулкове произошло ещё одно событие. Герасимович, которого обвиняли в уходе Амбарцумяна из обсерватории, преследовании Козырева и Еропкина и, вообще, в низком уровне научных исследований учреждения, с целью укрепления научного престижа руководимой им обсерватории пригласил на работу некоего Н. М. Воронова. Распространился слух, что будто Воронов переработал теорию движения больших планет на основе новых наблюдений. Считалось, что ожидаемая работа совершит переворот в теории движения планет. Заведующему отделом небесной механики обсерватории Н. И. Идельсону[84] было поручено отредактировать и опубликовать работу Воронова. Однако Воронов продолжал тянуть время, не представляя результатов. Летом 1936 года стало ясно, что у Воронова нет новой обещанной теории, и в «Ленинградской правде» в июне и в июле появились две статьи — «Лестница славы» и «Рыцари раболепия», посвящённые этой истории и нездоровой атмосфере в ГАО. Герасимович, направляя обе статьи в Академию наук, утверждал, что они инспирированы Козыревым и Еропкиным. Однако сам авантюрист Воронов, «астрономический Бендер», как его прозвали впоследствии, через год был также уволен.
Страсти бушевали в Пулковской обсерватории ещё семь месяцев. Была назначена комиссия Президиума АН СССР по обследованию ГАО под председательством наркома юстиции Е. Б. Пашуканиса (расстрелян в 1937 году как «враг народа»). В решении комиссии досталось всем без исключения. Тем не менее, комиссия рекомендовала восстановить Н. А. Козырева на работе в ГАО после возвращения неправильно полученных им денег, ограничившись выговором в приказе. Относительно Д. И. Еропкина было выражено пожелание предоставить ему возможность работы где-либо в другой обсерватории или геофизическом учреждении. Президиум АН СССР на заседании 5 октября 1936 года выразил согласие с рекомендациями комиссии, кроме пункта, касающегося Козырева и Еропкина, по которому решение было отложено. Уволенных ожидало дальнейшее судебное разбирательство.
Тем временем в Ленинграде начались аресты учёных, преподавателей вузов, научных работников. В числе арестованных оказались многие физики, математики, геофизики, астрономы. В ноябре 1936 года Козырев был арестован и приговорён к лишению свободы на 10 лет. Однако угроза расстрела преследовала его все эти 10 лет. Находившийся в одном лагере с Козыревым Л. Н. Гумилёв (сын известных поэтов Николая Гумилева и Анны Ахматовой) предсказал приговорённому, пользуясь хиромантией, что ему не быть расстрелянным. Предсказание Гумилёва оказалось пророческим.
Амбарцумян, одним из первых узнав об аресте Козырева (сразу после ареста к нему домой пришла сестра Козырева и сообщила об этом), направил довольно смелое для того времени заявление в ленинградское отделение Наркомата внутренних дел. В письме на основе фактов доказывалось, что Козырев не занимался какой-либо подпольной деятельностью, что он учёный, держать которого в тюрьме означает только приносить вред государству. Так часто поступали многие крупные учёные, но тогда Амбарцумяну было всего 28 лет, и в глазах властей он не имел никакого авторитета. Вслед за этим были арестованы астрономы Еропкин, Балановский, Перепёлкин, Яшнов и многие другие. Еропкин был расстрелян. Впоследствии был расстрелян Бронштейн. Сам Герасимович в возрасте 48 лет был арестован 30 июня 1936 года, и след его простыл. В дальнейшем по восстановленным документам выяснили, что «смерть наступила 30 ноября 1937 года». В графе «причина смерти» стоит прочерк.
