Деникин решил приструнить, зарвавшегося атамана. 28 мая он встретился с ним в станице Манычской и потребовал полного подчинения донских частей единому командованию. Однако Краснов стал в позу и дал понять, что такого тона он не потерпит. Он соглашался подчиниться Деникину только при условии, если он двинет все войска на Царицын, на соединение с восставшими чехословаками и атаманом Оренбургского казачьего войска А. И. Дутовым. Деникин и Алексеев обещали это сделать только после взятия Екатеринодара и потребовали от Краснова выдачи 6 млн. рублей, обещанных еще Калединым, превратить Дон в базу снабжения Добровольческой армии. Краснов заявил: "Хорошо. Дон даст средства, но тогда Добровольческая армия должна подчиниться мне". Деникин однозначно и твердо ответил: "Добровольческая армия не нанимается на службу. Она выполняет общегосударственную задачу и не может поэтому подчиниться местной власти, над которой довлеют областные интересы".
Возникла тупиковая ситуация. Разлад вскоре, по определению Милюкова, вылился в склоку, а ее режиссерами выступали Деникин и Краснов. Добровольцы публично теперь именовали донцов не иначе, как "всевеселым войском", находящимся на содержании германцев. Донская армия, заявил в ответ генерал С. В. Денисов, ее командующий, считается с фактом захвата немцами территории и не покидает ее, ибо она - "не странствующие музыканты как Добровольческая армия". Высказался и сам острый на язык Краснов: "Да, да, господа! Добровольческая армия чиста и непогрешима. Но ведь это я, донской атаман, своими грязными руками беру немецкие снаряды и патроны, омываю их в волнах тихого Дона и чистенькими передаю Добровольческой армии! Весь позор этого дела лежит на мне!". И атаман знал, что говорил. За каких-то полтора месяца, с середины мая по конец июня, он передал Деникину из полученных от немцев третью часть снарядов и четверть патронов.
Атаман Всевеликого войска Донского учитывал также и слабость позиций Деникина в собственном его стане. Неудача за неудачей болезненно сказывались на внутреннем состоянии Добровольческой армии. Большинство ее офицеров требовали теперь открытой демонстрации приверженности монархизму, что повлекло бы за собой немедленную политическую смерть.
Деникин предпринял ряд решительных шагов по упрочению своих позиций. Первый среди них - широковещательная декларация целей и задач возглавляемой им организации. В собственноручно написанном им наказе агитаторам, разосланным по городам и весям Юга России, говорилось: "I. Добровольческая армия борется за спасение России путем 1) создания сильной дисциплинированной и патриотической армии; 2) беспощадной борьбы с большевизмом; 3) установлением в стране единства государственного и правового порядка. II. ...Добровольческая армия не может принять партийной окраски... III. Вопрос о формах государственного строя является последующим этапом и станет отражением воли русского народа... IV. Никаких сношений ни с немцами, ни с большевиками".
Отсутствие в наказе упоминания о монархии ни о чем еще не говорило. Алексеев тогда доверительно объяснял Щербачеву: "Добровольческая армия не считает возможным теперь же принять определенные политические лозунги ближайшего государственного устройства, признавая, что вопрос этот недостаточно еще назрел в умах всего русского народа и что преждевременно объявленный лозунг может лишь затруднить выполнение широких государственных задач".
Чтобы разрядить политические страсти, Алексеев и Деникин провели в станице Егорлыкской совещание всех командиров, включая взводных. Первый разъяснил политику в отношении к немцам, второй - проблему монархии. "Паша единственная задача,- говорил Деникин,- борьба с большевиками и освобождение от них России. Но этим положением многие не удовлетворены. Требуют немедленного поднятия монархического флага. Для чего? Чтобы тотчас же разделиться на два лагеря и вступить в междоусобную борьбу? Чтобы те круги, которые если и не помогают армии, то ей и не мешают, начали активную борьбу против нас? ...Армия не должна вмешиваться в политику. Единственный выход - вера в своих руководителей. Кто верит нам - поедет с нами, кто не верит - оставит армию. Что касается лично меня, я бороться за форму правления не буду".
С трудом Алексеев и Деникин консолидировали свое войско. Они понимали, что полное его выздоровление произойдет только в боях за реализацию поставленных ими целей. Они также осознали важность овладения определенной территорией. Таковой представлялась им, прежде всего, Кубань. Туда и устремили они свои взоры, связывая с нею дальнейшую судьбу своей армии. И 9 июня 1918г. Добровольческая армия двинулась во второй поход на Кубань. В своих рядах она насчитывала 8,5-9 тыс. штыков и сабель при 21 орудии. Вместе с нею выступил также отряд в 3,5 тыс. донских ополченцев при 8 орудиях под командованием полковника Быкадорова. Сила этого, в общем-то, незначительного контингента заключалась в его составе - в обученных бою офицерах и казаках, охваченных ненавистью к революции, лишившей их привилегий и привычного благополучия. Поэтому она сравнительно легко разбила Красную армию Кубано-Черноморской советской республики, превосходившую ее по численности в 8-9 раз, но преимущественно состоявшую из необученных военному делу и неорганизованных иногородних и коренных крестьян. 3 августа 1918г. Добровольческая армия после ожесточенных боев овладела Екатеринодаром. Она была восторженно встречена жителями. Менее чем за четыре месяца Деникин захватил почти всю Кубанскую область, Ставропольскую и Черноморскую губернии (последнюю - без Сочинского округа, оккупированного тогда же меньшевистской Грузией). Численность Добровольческой армии за это время возросла до 35-40 тыс. человек.
Но не успел Деникин вздохнуть с облегчением, почувствовав себя правителем столь громадного и, главное, богатого во всех отношениях региона, как оказался перед новым и неожиданным для него фронтом взбунтовавшихся казачьих правителей Кубани. Все они до этого тихо отсиживались в обозе его армии, теперь же дружно заголосили о суверенности своей области и ее независимости от добровольческого командования. Укрощая их, Деникин распространил на контролируемую им территорию "Положение о полевом управлении" 1915 г., ставившее местные власти в подчинение военным органам. Но тем самым, оказалось, лишь подлил масла в огонь разгоравшегося костра политических страстей. Но сами кубанцы, однако, раскололись на две группы, главным образом, по признаку внешнеполитической ориентации. Черноморцы, возглавлявшиеся Л.Л.Бычем, Н.С.Рябоволом и С.Шахим-Гиреем, ударились в украинофильство и сепаратизм. Преобладая численно, они захватили ключевые посты в раде и правительстве Кубани и укрепились в ее столице Екатеринодаре. Линейцы, сгруппировавшиеся вокруг атамана А. П. Филимонова и вынужденные довольствоваться лишь провинциальным Армавиром, стояли на позициях русских централистов и автономистов, связывали свою судьбу с Добровольческой армией. Это был единственный результат, которым мог довольствоваться Деникин. Но он еще и не предполагал, в какой он втягивается омут длительной борьбы, изнуряющей и разрушающей тыл его армии.