К концу 1916 года в монастыре уже чувствовался недостаток в жизненно необходимых вещах, однако это не стало поводом для отказа в помощи пострадавшим от войны. До минимума были сокращены собственные потребности, но беженцам из Польши и Белоруссии была отдана одна из гостиниц, для больных тифом — больничный корпус, затем еще гостиница — для приюта осиротевшим детям.
В 1918 году был издан декрет Совнаркома об отделении Церкви от государства. Это означало и закрытие Оптиной как монастыря. И только благодаря практической сметливости и духовной мудрости оптинского настоятеля Исаакия обитель кое-как еще оставалась жива под видом сельскохозяйственной артели. Многие отчаявшиеся, потерявшие родных и близких, обездоленные люди нашли здесь бескорыстную помощь. В этой неописуемой сумятице настоятель никогда не позволял себе суетиться: он полагался во всем на Бога.
Драгоценным духовным сокровищем Оптиной на протяжении последних ста лет было старчество. Сколько мог, берег это сокровище и о. Исаакий: в скиту еще принимали два старца — Анатолий (Младший) и Нектарий. Более всего за эту духовную помощь народу от духоносных старцев терпели от советской власти монахи во главе со своим настоятелем. Аресты и высылки не прекращались.
Первый раз о. Исаакия арестовали в 1919 году и поместили в Козельскую тюрьму, однако через некоторое время отпустили. В 1923 году настоятель вновь был заключен под стражу. В тюрьму была превращена монастырская хлебня с ее кельями. После второго освобождения о. Исаакию было запрещено ведение монастырских дел и приказано немедленно покинуть обитель вместе со всей старшей братией.
Изгнанные монахи расселились по квартирам в Козельске и пытались продолжать монастырскую жизнь, относясь к о. Исаакию как к своему настоятелю, испрашивая у него благословения и духовных советов. В Козельске еще оставался действующим Георгиевский храм. Чудесным образом так устроилось, что все должности в нем заняли оптинские иноки. Бывший оптинский благочинный и уставщик о. Феодот создал небольшой хор из живущих в Козельске монахов во главе с самим настоятелем Исаа-кием. Жителям нравилось служение по монастырскому уставу, и Георгиевский храм всегда был полон прихожан.
Сосредоточение в Козельске монахов и инокинь из упраздненных монастырей обратило на себя внимание властей, которые шаг за шагом целенаправленно подкапывались под народные святыни и уничтожали цвет монашества и священства. В 1929 году в Козельске были закрыты 7 храмов одновременно — кроме Благовещенской церкви. Большинство иеромонахов было отправлено в ссылку. О. Исаакий по благословению Калужского епископа в эти годы радел о том, чтобы достойных монахов и иеродиаконов посвящать в священномонахов, дабы отправлять их в приходы, чтобы не прекращалось служение в сельских храмах.
Из оптинцев в Козельске осталось всего несколько престарелых и молодых монахов, продолжала свою подвижническую жизнь небольшая община сестер. Все они окормлялись у своего старца — настоятеля Исаакия — до его третьего ареста в 1929 году. В 1930-м он был снова освобожден и отправлен в Белев Тульской области. В это время там собралось множество монашествующих из закрытых монастырей Тульской и Калужской епархий. Все тяжести изгнания разделил со своей паствой и настоятель Оптиной пустыни. К нему в Белев приезжали его духовные чада. Но вот в 1932 году снова арест и осуждение «за незаконную валютную операцию», ибо о. Исаакий был арестован при покупке иконы. Снова тюрьма. После пяти месяцев заключения власти предложили 67-летнему архимандриту покинуть Белев. Он знал о тысячах мученических смертей своих собратьев по вере, но твердо решил до конца оставаться верным своей участи: «От креста своего не побегу».
1937 год, запомнившийся миллионами казней, был на исходе. Но в самом конце его архимандрит Исаакий был опять арестован вместе с Белевским епископом Никитой, четырьмя священниками, одиннадцатью монашествующими и тремя мирянами. Владыке Никите, как старшему, было предъявлено обвинение в том, что он, «являясь организатором и руководителем подпольного монастыря, систематически давал установку монашествующему элементу и духовенству о проповеди контрреволюционной деятельности среди населения и распространении явно провокационных слухов о сошествии на землю антихриста, приближающейся войне и гибели существующего советского строя». Мучители добивались от арестованных признания в предъявленных ложных обвинениях. Но поскольку они молчали, как Иисус перед Пилатом, то заключенных подвергли жестоким пыткам. Пять человек не выдержали и подписали протоколы, подтверждающие их «контрреволюционную деятельность». О. Исаакий на все отвечал: «В состав подпольного монастыря не входил, антисоветской деятельностью не занимался». В душе же молился за врагов, ибо «не ведали, что творят». Из Белева обвиняемых перевели в Тулу. 30 декабря 1937 года «тройка» вынесла всем приговор — расстрел. 8 января 1938 года на Собор Пресвятой Богородицы приговор был приведен в исполнение.
В Тесницких лагерях под Тулой, на 162-м километре Симферопольского шоссе, в лесу тайно были похоронены тела новомучеников. Верующие люди знали и всегда чтили это святое место.
65 лет стояла в поругании благословенная Оптина пустынь. Никто из ее насельников в страшные годы не отверг мученического креста, ибо все имели в сердце слова, подобные сказанным одним из последних старцев — Анатолием (Младшим): «Бойся Господа, сын мой, бойся потерять уготованный венец, быть отвергнутым от Христа во тьму кромешную и муку вечную, мужественно стой в вере и, если нужно, с радостью терпи изгнания и другие скорби, ибо с тобой будет Господь… и святые мученики и исповедники, они с радостью будут взирать и на твой подвиг. Но горе будет в те дни монахам, которые обязались имуществом и богатством и ради любви к покою готовы подчиняться еретикам. Они будут усыплять свою совесть, говоря: «Мы сохраним и спасем обитель, и Господь нас простит». Несчастные и ослепленные совсем не помышляют о том, что с ересью войдут в обитель бесы, и будет она тогда уже не святой обителью, а простыми стенами, откуда отступит благодать…»
Молитвами преподобных старцев Оптина пустынь снова возрождается. Еще не все разорительные ураганы пронеслись над страной, но Оптина уже излучает святость во все Российские пределы. Есть надежда на возрождение старчества, как и предсказано преподобным Нектарием, и в обители будет еще семь светильников.
В мирные годы появились в монастыре новые мученики за веру: пасхальная утреня 1993 года унесла жизни трех молодых монахов, погибших от руки сатаниста. Они приняли добровольно свой венец, находясь на послушании. Могилы их находятся за восстановленным Владимирским храмом. К ним тянутся паломники, и рассказывают уже об исцелениях, случившихся по молитве к убиенным. Мощи четырнадцати святых старцев лежат в главном Казанском храме. Восстановлено книгопечатание, налажена паломническая служба. Правда, в скит еще разрешено заходить женщинам-экскурсанткам. Не восстановить тайны «клинописи» посаженных старцем Макарием сосен — они уничтожены. Но воля Божия к существованию монастыря выражена явно: ровно через год после долгожданного открытия замироточила икона преподобного Амвросия Оптинского. Рассказывают о других чудесах по молитвам к старцам оптинским. И, во всяком случае, не затерялась в смутном времени молитва оптинских старцев, которая все более и более приобретает святую известность:
