Когда Ломоносов писал эти гневные строки в адрес внешних противников России, которые при звуках труб и литавр огласили 28 июня 1741 года манифест об объявлении войны России («Гремит Стокгольм трубами ярко»), «поправ» тем самым Ништадтский мир, заключенный Петром I со шведами в 1721 году и провозглашенный тогда «вечным, истинным и неразрывным», у него к этому государственному гневу неизбежно примешивалось личное негодование и на внутренних ее противников в Академии, которые, поступив на русскую службу, получая русские деньги, работали во вред русской науке. Война с Шумахером назревала неотвратимо.
Впрочем, летом и осенью 1741 года Ломоносов продолжал, помимо работы в Кунсткамере, выполнять различные задания Академии. Так, 6 октября в «Примечаниях к Ведомостям» был опубликован ломоносовский перевод большой статьи его бывшего учителя Крафта «О сохранении здравия». В октябре же он часто встречается с поэтом Юнкером, с которым познакомился еще во Фрейберге и переводил его саксонские отчеты. За месяц-полтора до смерти Ломоносов писал в «Справке о работах по соляному делу»: «Оный Юнкер... послан в Германию осмотреть все тамошние соляные заводы для пользы здешних, откуда он в 1739 году возвращаясь, был в Саксонии, в городе Фрейберге для рудных дел, где прилучились тогда российские студенты для научения металлургии, в коих числе был Михайло Ломоносов. Помянутый Юнкер употреблял его знание российского и немецкого языка и химии, поручая ему переводить с немецкого нужные репорты и экстракты о соляном деле для подания в Санктпетербурге по возвращении... Когда Ломоносов в 1741 году в Россию возвратился, нашел здесь Юнкера в полном упражнении о исполнении соляного дела в России, в чем он с реченным Ломоносовым имел потому частое сношение и сверх того поручал переводить на российский язык все свои известия и проекты о сем важном деле». Как мы номним, Юнкер был историографом графа Миниха во время русско-турецкой войны («был при нем для содержания журнала», писал Ломоносов). В 1737 году Миних получил именной указ, предписывавший ему «осмотреть и поправить соляное дело» на Украине. Фельдмаршал поручил исполнение этого своему поэту и историографу, что тот и сделал, исправно и основательно. Затем Юнкер был послан в командировку для изучения постановки соляных дел в Германии. Как явствует из слов Ломоносова, и во Фрейберге и в Петербурге Юнкер использовал его не только как переводчика, но и как специалиста-химика.
Тогда же Ломоносов делает переводы еще двух больших работ Крафта («Продолжение о твердости разных тел» и «О варении селитры»), а несколько раньше начинает трудиться над самостоятельным исследованием «Элементы математической химии» (закончено в декабре).
Наконец, в начале ноября Ломоносов завершает составление «Каталога камней и окаменелостей Минерального кабинета Кунсткамеры Академии наук». 10 ноября профессор Амман сообщает в Канцелярию: «Я уже просмотрел все каталоги минералов, составленные г. Ломоносовым, за исключением каталога янтарей, в котором не нахожу нужным делать изменения, тем более что он переписан начисто».
Казалось бы, еще одно препятствие к производству Ломоносова теперь было устранено. Тут Шумахер наконец вспомнил, что уже с августа (то есть почти четыре месяца) две ломоносовские диссертации ходят по рукам профессоров, а общей оценки им все еще не вынесено. 17 ноября он предлагает членам Академического собрания дать отзыв на работы Ломоносова и еще одного студента — Григория Николаевича Теплова (1711–1779), который впоследствии станет одним из влиятельнейших деятелей Петербургской Академии и о котором будет говорено не однажды. Шумахер писал, что отзыв «необходим и ему и студентам, чтобы сделать распоряжения о их положении в Академии наук». 20 ноября Академическое собрание постановило проэкзаменовать студентов для выдачи им аттестатов об их успехах.
Однако ж этим дело и ограничилось. 25 ноября произошел дворцовый переворот. Шумахеру и академикам стало не до экзаменов. Ломоносов же продолжал выполнять академические поручения и собственные исследования, находясь в полнейшей неизвестности относительно своего служебного положения. В начале декабря он перевел с немецкого поздравительную оду «для восшествия на всероссийский престол» Елизаветы Петровны, написанную Якобом (Яковом Яковлевичем) Штелином (1709–1785), посредственным поэтом, профессором элоквенции, сменившим в этой должности куда более способного поэта Юнкера. (Штелин был в хороших отношениях с Шумахером, но умел оценить талант — прежде всего поэтический — Ломоносова, долгое время близко общался с ним и оставил о нем содержательные записки.) Впоследствии Ломоносов станет по обязанности постоянным переводчиком «должностных» од и надписей Штелина.
В декабре же 1741 года, переведя штелинскую оду, он завершает работу над «Элементами математической химии». Здесь он впервые реализует свой замысел применить «к химии и физике мельчайших частиц» методы математики, о чем еще за год до того писал из Марбурга в письме к Шумахеру (см. выше). «Элементы» представляют собою введение к обширному труду, план которого был дан в самом конце рукописи. В первом параграфе «Элементов» Ломоносов впервые в истории естествознания определяет химию как науку, а не искусство: «Химия — наука об изменениях, происходящих в смешанном теле, поскольку оно смешанное». Понимая, что такое утверждение не всеми будет принято, он в пояснении к своему определению пишет: «Не сомневаюсь, что найдутся многие, которым это определение покажется неполным и которые будут сетовать на отсутствие начал разделения, соединения, очищения и других выражений, которыми наполнены почти все химические книги; но те, кто проницательнее, легко усмотрят, что упомянутые выражения, которыми весьма многие писатели по химии имеют обыкновение обременять без надобности свои исследования, могут быть охвачены одним словом: смешанное тело. В самом деле, обладающий знанием смешанного тела может объяснить все возможные изменения его, и в том числе разделение, соединение и т. д.; грубые и органические, каковы раздробление и размалывание злаков, произрастание растений, обращение крови в живом теле, могут быть исключены», Определяя химию как науку, уточняя ее предмет, по-новому осмысляя ее методы, Ломоносов вместе с тем предостерегал химиков от возможного здесь крена в сторону одних практических, лабораторных исследований и специально подчеркивал, что представитель «истинной химии» — это не только хороший лаборатор, но и мыслитель, стремящийся к «философскому познанию изменений, происходящих в смешанном теле». Впрочем, эта работа при жизни Ломоносова не была напечатана (как и многие другие его труды), и все эти обращения к химикам оставались подспудно в его чувствах и уме.