Среди других доносов были обвинения Пирогова в отпадении от христианства…
В результате этих доносов Пирогову было предложено вернуть газету в ведение генерал-губернатора, а 18 июля 1858 года состоялся указ о переводе его попечителем в Киевский округ. «Язык до Киева доведет», сострил генерал-губернатор по этому поводу. Но раньше, чем попечитель выехал из Одессы, графу Строганову пришлось пережить не мало огорчений. В 50-е годы по всякому поводу устраивались в России банкеты с речами. По случаю отъезда Николая Ивановича было устроено в Одессе несколько таких банкетов. Отчеты о них печатались в местной газете, которая фактически находилась еще в ведении Пирогова, и перепечатывались во всех тогдашних журналах и газетах с нелестными для генерал-губернатора пояснениями. Популярность Пирогова возросла еще более.
В Киеве Пирогов продолжал свою прежнюю педагогическую деятельность. Статьями в общих журналах и в основанных им печатных «Циркулярах» по округу Николай Иванович, как и в Одессе, по словам современников, «вечевым колоколом будил спящих». Много внимания уделял попечитель развитию в педагогах духа коллегиальности. Предлагал обсуждать в общих собраниях педагогических советов новые методы преподавания; устраивал литературные беседы в средней школе и т. п.; энергично содействовал открытию воскресных и вечерних школ для взрослых; добился в министерстве разрешения специального журнала для евреев.
Как говорил сам Пирогов, в должности попечителя он старался быть миссионером — просветителем. В автобиографическом письме к доктору И. В. Бертенсону Николай Иванович заявляет, что он «преимущественно заботился о соглашении школы с жизнью, о возбуждении в учащих и учащихся уважения к человеческому достоинству и истине».
В Киеве были написаны, или продуманы, основные труды Николая Ивановича о высшем образовании, в том числе его книга «Университетский вопрос». Намеченные Пироговым пути университетской реформы были для тогдашней России недостижимым идеалом. «Выборы профессоров должны быть гласные, по состязанию (конкурсу), — писал Пирогов. — Профессор должен занимать кафедру не долее 15 лет, после чего служба для него возможна лишь по новому состязанию, пусть покажет он, что не отстал от движения вперед. Пусть докажет, что он не хуже, а опытнее юных сил, стремящихся к кафедре. Профессор должен помнить, что книгопечатание открыто еще в XV веке. Ему незачем говорить на своих чтениях о том, что каждый легко может прочесть в учебнике. Чтения следует посвящать лишь наиболее трудному и сложному, путем сократовского разговорного способа. Вся университетская жизнь должна служить задаче высокой и ответственной — проливать свет в тьму общественной жизни, а для сего нужно знакомить общество с наукой, должно гласно обсуждать то, что читается в университете».
В своей попечительской деятельности Николай Иванович заботился между прочим, о введении в школьную программу преподавания основных начал гигиены и о психофизическом исследовании учащихся. Он предлагал искать леность, рассеянность, невнимательность, учащихся не в злой воле детей, а в строении их организма, в состоянии здоровья школьников. В этой области так же, как и в области высшей школы, требования и пожелания Пирогова были неприемлемы для официальной педагогики царской России и только при советской власти они проводятся в жизнь с изменениями и улучшениями в соответствии с развитием науки о воспитании.
В киевский период своей деятельности Пирогов старался смягчать национальную вражду в юго-западном крае, раздувавшуюся царским правительством ради своих жандармски обрусительных целей. Стремление сглаживать шероховатости межнациональных отношений сопровождалось увещаниями к учащимся избегать резкостей, не раздражать начальство, т. е. жандармов и генерал-губернатора, проявлять «такт» и т. п. Здесь отразился либерализм политических взглядов Пирогова, но и это не спасло его от столкновения с высшей администрацией. В Киеве, как и в Одессе, против Пирогова ополчился генерал-губернатор, кн. И. И. Васильчиков. В первом своем всеподданнейшем отчете после перевода Николая Ивановича в Киев генерал-губернатор писал, что «киевские студенты требуют особенного за собою наблюдения: между ними заметен дух вольнодумства и стремление заводить порядки, не чуждые патриотических замыслов; в учениках гимназий тоже заметны вольнодумство и легкомыслие; к сожалению, попечителем учебного округа, в целях развития в учащихся понятия о чести и добре, были приняты меры, которые могли питать вредное направление молодежи». Васильчиков доказывал, что такое вредное влияние Пирогова может быть устранено, если учебное начальство обратит особенное внимание на выбор преподавателей.
Педагогов и администраторов Одесского округа тайный советник Пирогов изумил своим простым обращением и демократическим методом. Киевские учителя и генералы пришли в ужас от явно неуважительного отношения попечителя к высшим властям. Митрополита Исидора он обидел упорным нежеланием сделать ему визит. А когда генерал-губернатор упросил Николая Ивановича поехать с ним к «владыке», то и сам не рад был, что взялся за это. Привел Васильчиков попечителя к митрополиту и рекомендует: «Известный профессор Пирогов». Николай Иванович сразу нахмурился. «А-а, вот и кстати, — обрадовался владыка, — у меня к вам просьба есть». «В чем дело?», — спросил Пирогов отрывисто. — «У вас имеется вакансия цензора, а у меня есть в виду достойный кандидат на эту должность — Кулжинский». Пирогов уже слышал о Кулжинском. Это был воспитанник черниговской семинарии, товарищ многих профессоров Медико-хирургической академии, вынужденный еще до приезда Николая Ивановича в Киев оставить службу по ведомству просвещения за невыносимое после Крымской войны оголтелое мракобесие. На заявление митрополита попечитель ничего не ответил, посмотрел на потолок, на висящие по стенам портреты архиереев, сделал два шага назад и, не попрощавшись, вышел.
Еще хуже вышло в доме самого генерал-губернатора. Уговорил он Пирогова притти к нему на вечер: «княгиня-де желает познакомиться с ученым профессорам и педагогом, хочет спросить у него совета». Пирогов явился в своем сюртуке-халате, в том самом, в котором был у владыки и посещал гимназии; из-под манжет сомнительной чистоты видны рукава красной фуфайки. Вошел в гостиную, поздоровался с княгинею, остальным гостям кивнул головой и уселся в кресло. Княгиня старается вовлечь его в разговор. Пирогов отвечает отрывисто. Видно, что недоволен. Посидел минуту и резко обращается к хозяйке: «Ну, что, княгиня, хотели вы от меня?» — «Я хотела просить у вас совета, как мне воспитывать своего мальчика. Вот вы написали «Вопросы жизни», говорите там о воспитании. Но это для многих. А мне бы хотелось воспитать своего сына так, чтобы он с честью носил имя князей Васильчиковых и чтобы в то же время он шел в уровень с веком». Слушавший княгиню с явным нетерпением Пирогов прервал ее я сказал, что «в деле воспитания, в деле обучения детей и юношества не должно быть привилегий».
