Цитируя слова Китарры о том, что он «в самых крайних случаях прибегает к розгам» для вразумления своих воспитанников, Добролюбов в противовес ему приводит целый ряд «простых и сильных рассуждений» Пирогова, доказывающего в своей статье «безнравственность» розги. «Мы не ставам г. Пирогова на пьедестал непогрешимости, — пишет он далее — мы не с тем на него указываем, чтобы его авторитетом унизить кого-нибудь. Вовсе нет; у г. Пирогова могут быть, конечно, и увлечения, и погрешности, как у всякого другого… Но мы видим в нем ту смелость и беспристрастие взгляда, ту искренность в признании недостатков, ту независимость в отношении к обществу, которые у других находим в гораздо слабейшей степени…»
Но вот в № 11 «Журнала для воспитания» были перепечатаны из № 8 «Циркуляров по Киевскому округу» за 1859 год «Правила о проступках и наказаниях учеников», и Добролюбов увидел, как сумел Пирогов выдержать до конца свою «независимость в отношении к обществу». В январской книге «Современника» за 1860 год Добролюбов напечатал статью под названием «Всероссийские иллюзии, разрушаемые розгами», где бичует реакционную сущность либерального попечителя с тем большей суровостью, что сам неоднократно утверждал авторитет Пирогова. Поставив эпиграфом к своей статье слова Цезаря «И ты, Брут!», Добролюбов на всем протяжении ее кается в своем былом увлечении доблестями Пирогова, хотя для вдумчивого читателя ясно из предыдущего, что критик никогда не увлекался им безоглядно. Дойдя до того места «Правил», где «почтенный педагог» излагает «свои теоретические и практические соображения относительно телесного наказания», Добролюбов увидел «такое неловкое и неуклюжее балансирование на розгах, что невольно сердце замирает со страха за шаткое положение балансирующих». Дальше критик отмечает «изумительную путаницу понятий, самый странный разлад противоречащих мыслей» там, где Пирогов после «красноречивых доказательств гнусности и возмутительности розог вдруг поражает нас крутым поворотом: «но нельзя еще у нас вдруг вывести розгу из употребления». Указав на «изумительнейшую несообразность с здравыми педагогическими началами» киевских «Правил», которые в рукописи Добролюбова названы «грязным и темным омутом», критик жалеет, что сам «создал тот пьедестал мудрости, на котором возвышается теперь г. Пирогов», и больше всего скорбит о тяжелых последствиях «Правил» для дела воспитания именно в виду авторитета попечителя. «Нужно судить только о деле, несмотря на то, кем оно защищается, следует воздержаться от всякого увлечения блестящею формою, в которую иной умеет облечь темное дело».
В мартовской книге «Современника», в № 4 «Свистка», Добролюбов дополнил свою статью об иллюзиях, разрушенных розгами, стихотворением Конрада Лилиеншвагера под названием «Грустная дума гимназиста лютеранского исповедания и не Киевского округа», представляющим собой подражание популярному стихотворению Лермонтова «Выхожу один я на дорогу»:
Выхожу задумчиво из класса,
Вкруг меня товарищи бегут,
Жарко спорят их живая масса,
Был ли Лютер гений или плут?
Говорил я нынче очень вольно, —
Горячо отстаивал его…
Что же мне так грустно и так больно?
Жду ли я, боюсь ли я чего?
Нет, не жду я кары гувернера
И не жаль мне нынешнего дня…
Но хочу я брани и укора,
Я б хотел, чтоб высекли меня…
Но не тем сечением обычным,
Как секут повсюду дураков,
А другим, какое счел приличным
Николай Иваныч Пирогов.
Я б хотел, чтоб для меня собрался
Весь педагогический совет
И о том, чтоб долго препирался, —
Сечь меня за Лютера иль нет?
Чтоб потом, табличку наказаний
Показавши молча на стене,
Дали мне понять без толкований,
Что достоин порки я вполне,
Что б узнал об этом попечитель, —
И, лежа под свежею лозой,
Что б я знал, что наш руководитель
В этот миг болит о мне душой…
Статья об иллюзиях и стихотворение вызвали сильный шум в либеральной печати, старавшейся под видом защиты Пирогова облить помоями «мальчишек», позволяющих себе учить старших и перестраивать жизнь. Пирогов напечатал в своих «Циркулярах» «Отчет о следствиях введения правил…», где заявляет, что правила «были не поняты, искажены и представлены в превратном виде». Не прячась за своих директоров и педагогов, он берет вину на себя и откровенно говорит об умеренности своих общественно-политических взглядов, о своем примирении с существующим строем, которому он полностью подчиняется, хотя и не сочувствует:. «Никто не давал нам права преобразовывать наши школы и заменять в них бюрократизм другим, более рациональным началом воспитания… Мог ли я созывать комитет для составления правил, противоречащих господствующему началу в наших учебных заведениях, тогда как изменить его не имею никакого права?.. Читая журнальную полемику и возражения, сделанные и публицистами, и педагогическими советами, и некоторыми наставниками (по моему требованию), я, удивляясь, спрашивал себя: Кого хотят удивить крайностью убеждений, идеальностью взглядов, тонкостью логического анализа?». Оправдывая своих педагогов их «неприготовленностью», Пирогов пишет, что он смотрел на правила, как на подготовительную меру к лучшему порядку вещей, что он хотел «только регулировать систему известных и употребительных уже наказаний в наших школах, применяясь к существующему еще порядку вещей», так как изменить этот порядок он не мог: «на то у нас не было ни права, ни средств». Пространно рассуждая о правилах и предлагая педагогам применять их разумно, Пирогов не касается в своем обширном отчете принципиальной стороны вопроса, выдвигаемой Добролюбовым на первый план, и только в заключительной части с удовольствием пишет: «Опыт показал, что вражды между учениками, которую предсказывали журнальные статьи, не было и следа, и виновные безропотно подчинялись приговорам суда».
Так отчитался Пирогов перед обществом в связи с полемикой, вызванной его «Правилами». Добролюбов счел излишним снова выступать против Пирогова. В Петербурге было уже известно желание правительства расстаться с знаменитым попечителем, конечно, не по тем причинам, которые вызывали недовольство Добролюбова.
Александр II всегда считал Пирогова человеком вредным во всех отношениях. Затея с воскресными школами, которые поддерживал Пирогов, прямо-таки ужасала царя. Жандармы перехватили письмо революционера Митрофана Муравского, который с группой товарищей преподавал в таких школах. В январе 1861 года Муравский писал из Киева: «У нас все мерзость, кроме Пирогова. Это человек в полном смысле слова». А киевский попечитель, вместо надзора за такими лекторами, предлагал предоставить сыновьям податных классов, в том числе и крестьянам, доступ в университеты.